A finales de los años 80 el gobierno mexicano tomó la decisión de cerrar su Consulado en Amberes y de concentrar todas las actividades diplomáticas en la Embajada de Bruselas. Sin embargo, el Consulado disponía de una biblioteca bien documentada que abarcaba unos mil títulos.
Con el afán de encontrarle un destino apropiado a esta valiosa colección, los responsables mexicanos se pusieron en contacto con la UFSIA (Universidad de Amberes), gracias a la mediación de Guy Posson, crítico literario del periódico De Standaard. El Rector Jean Van Houtte aceptó esa atractiva oferta sin vacilar.
La Biblioteca Central de la Universidad se declaró dispuesta a integrar los libros mexicanos en su fondo, pero se mostró preocupada por el hecho de que 'por su carácter único' esta importante donación no recibiera la atención ni la difusión requeridas. Así surgió la idea de considerar este fondo mexicano como punto de arranque y de concederle una dimensión y una dinámica suplementarias en la forma de un auténtico centro de estudios y de documentación mexicanos. Desde el principio, el Lic. Alfredo del Mazo, Embajador de México en Bélgica en aquella época, concedió todo su apoyo a esta iniciativa y se esforzó por llevar a cabo la creación oficial del Centro de Estudios Mexicanos (CEM) en 1990.
En el 2010 el CEM celebró su vigésimo aniversario, ocasión que fue celebrada con el coloquio internacional "Encuentro de Mexicanistas 2010: Educación, Ciencia y Cultura” (20-22 de septiembre de 2010). Más de trescientos investigadores y científicos de México y Europa participaron en dicho coloquio, realizado con la intención principal de estimular el diálogo, la colaboración y el intercambio de conocimiento e información entre Europa y México.
Con el coloquio "México en Bélgica" (23-24 de mayo de 2016) el Centro de Estudios Mexicanos celebró veinticinco años de productiva existencia y, especialmente, el 90 aniversario del Dr. Miguel León-Portilla, de quien nuestra Cátedra de Estudios Mexicanos porta orgullosamente el nombre.