THEMA 3: Analyse van DNA/RNA moleculen

Tal van geneesmiddelen, meer specifiek chemotherapeutica, werken via de vorming van covalente adducten op DNA. Deze covalente adducten zorgen voor een malfunctie in de cel en resulteren in celdood. Ondanks uitgebreid onderzoek naar deze DNA-adducten, op niveau van nucleotiden en nucleosiden, bleef de studie van intacte DNA-adducten tot op heden vrij beperkt.

De recente ontwikkeling van cutting edge technologieën in het veld van de massa- spectrometrie, schept de mogelijkheid voor de uitgebreide analyse van biomacromoleculen. Het gebruik van ion mobility gekoppeld aan massaspectrometrie maakt het mogelijk naast de massa/lading ook informatie te verkrijgen over de vorm en flexibiliteit van de moleculen. De verandering in vorm of structuur van het DNA of RNA, ten gevolge van bijvoorbeeld covalent bindende moleculen zal bestudeerd worden. Daarnaast beschikt ons labo over de mogelijkheid om gebruik te maken van een recent ontwikkelde fragmentatietechniek, electron transfer dissociation, die de identificatie van bindingsplaatsen mogelijk maakt. Deze fragmentatietechniek wordt gekenmerkt door een meer specifieke fragmentatie en het behoud van posttranslationele modificaties of in dit geval de binding van covalente adducten.

Dit project zal na optimalisatie van de verschillende parameters en staalvoorbereiding, focussen op de analyse verschillende DNA/ RNA-adducten.