Berghmans Eline

Immuun-checkpoint-inhibitoren (ICI) zijn een veelbelovende behandeling voor onder andere niet-kleincellige longkankerpatiënten. Deze dure immuuntherapie kent ernstige nevenwerkingen en slaat slechts aan bij 25-30% van de behandelde patiënten. Om dit te vermijden, is er nood aan betrouwbare (proteïne) biomerkers om respons op deze behandeling te voorspellen. Proteoom-analyse, voornamelijk met gebruik van massaspectrometrie, heeft in het verleden al meermaals zijn belang bewezen in de zoektocht naar nieuwe biomerkers. Biomerkers kunnen een indicator zijn voor bijvoorbeeld het stellen van diagnoses of het voorspellen van de reactie op een bepaalde behandeling, met als doel een meer efficiënte selectie van therapie. Dit kan leiden tot een betere levenskwaliteit voor de patiënt en een verbetering van de gezondheidszorg. Onze focus ligt op het gecombineerd gebruik van massaspectrometrische beeldvorming (imaging; MSI) met top-down proteoom-analyse op longkankerweefselstalen. Het doel hiervan is om de communicatie tussen natuurlijke afweercellen en longkankercellen beter te begrijpen en op deze manier nieuwe, belangrijke pathogene inzichten te verwerven. Door de anti-tumor activiteit van de eiwitten te ontrafelen, wordt hun gebruik als biomerker versterkt en kunnen de moleculen ook geëvalueerd worden als potentiële lead voor kankerbehandeling.

Techniek

Proteoom-analyse Tumor cel cultuur Histologische kleuringen

Gebruikers

Oncologen Klinisch experten Pathologen Artsen Proteoom-analysten

Trefwoorden

Longfunctie

Bervoets Lieven

Sinds meer dan 30 jaar voer ik vooral veld-ecotoxicologisch onderzoek uit naar de bio-beschikbaarheid en de effecten van micropolluenten op zowel aquatische als terrestrische organismen. We kijken daarbij vooral naar de effecten van omgevingsfactoren zoals pH, temperatuur, zoutgehalte etc. op de opname en accumulatie van metalen en organische micropolluenten. Bijzondere aandacht gaat sinds een aantal jaren naar perfluorverbindingen (PFAS). In het laboratorium hebben we de capaciteit om metalen en PFAS te meten, tot zeer lage concentraties, zowel in omgevingsstalen (water, bodem, sediment) als in biota (allerhande terrestrische en aquatische organismen). Effecten worden bestudeerd voornamelijk op het organismaal niveau en op het niveau van de levensgemeenschap. Voor de studie naar andere micropolluenten (bv PCB's, vlamvertragers, pesticiden,..) werken we samen met andere laboratoria binnen en buiten de UAntwerpen. Recent zijn we gestart met onderzoek naar de verspreiding en de effecten van microplastics in het aquatische milieu. Tenslotte wordt ook naar de effecten van "natuurlijke" componenten zoals nutriënten, gekeken op het niveau van aquatische levensgemeenschappen.

Techniek

Voor metaalanalyses; ICP-OES; ICP-MS en HR-ICP-MS Voor PFAS analyse: UPLC-MS allerhande materiaal is aanwezig voor de bemonstering van omgevingsstalen en biota; zowel voor het aquatische als het terrestrische milieu

Gebruikers

Andere onderzoeksgroepen Overheidsdiensten (VMM, OIVAM) Industrie

Trefwoorden

Visgemeenschappen, Macro-ongewervelden, Milieubewaking, Veldecotoxicologie, Ecotoxicologische evaluatie

Blust Ronny

- Moleculaire, cellulaire en organismale toxiciteitstesten - Karakterisatie van de werkingsmechanismen milieuschadelijke stoffen - Analyse van anorganische en organische contaminanten - Chemische en biologische monitoring en diagnostiek - Ontwikkeling en toepassing van biomerkers en sensoren - Modellering van biobeschikbaarheid, accumulatie en toxiciteit

Techniek

- Metaal analyse (AAS, ICP-OES, ICP-MS) - Organische analyse (GC-MS, LC-MS) - Radioisotopen bepaling (gamma en beta scintillatie) - Genexpressie analyse (macro en microarrays, RT-PCR) - In vitro toxicologie en flow cytometrie - Bepaling van biomerkerresponsen en fysiologische conditie - In situ effectevaluatie

Gebruikers

- Milieudiagnostiek - Afvalverwerking - Chemische nijverheid - Farmaceutische industrie - Voedingsnijverheid

Trefwoorden

Toxicogenomica, Metalen verontreiniging, Milieubewaking, Toxiciteitstesten, Voorspellende toxicologie, Biomerker, Risicoanalyse, risicobeoordeling, Organische analyse

Burskaia Valentina

Tijdens mijn recente PhD heb ik twee projecten gerealiseerd op het gebied van Evolutionaire Genomics. Het eerste project was gefocused de studie van buitengewone adaptieve radiatie van het Baikalmeer Amphipoda, een soortenzwerm bestaande uit meer dan 340 morfologisch en ecologisch diverse soorten, variërend van kleine planktonvoeders, grote visroofdieren tot diepwateraangepaste soorten die leven op meer dan 500 (tot 1600) meter diepte. Ik analyseerde transcriptomisch data van 67 soorten amfipoden en ontdekte een extreme hoeveelheid parallelle adaptieve evolutie op het niveau van het hele genoom in deze groep, die nog nooit eerder zijn waargenomen in een andere natuurlijke systemen. Om er zeker van te zijn dat ik een echt biologisch fenomeen observeerde en om mogelijke vooroordelen uit te sluiten, heb ik een uitgebreide reeks controles uitgevoerd, waaronder analyses van het hele genoom op grote biologische datasets van cichlide vissen en zoogdieren, evenals uitgebreide individuele simulaties. Dit onderzoek leidde tot een eerste auteurspublicatie in Genome Biology and Evolution (GBE). De resultaten zijn intrigerend, maar riepen ook een lange lijst vragen op, waarvan de belangrijkste gerelateerd zijn aan adaptieve hybridisatie. In een tweede project tijdens mijn doctoraat volgde ik mijn levenslange passie voor vogels die parallelle evolutie van hun mitochondriën bestuderen in combinatie met fenotypische eigenschappen. Het was een goede aanvulling op mijn proefschrift, omdat het nieuwe methodologieën op verschillende groepen soorten implementeerde, maar vergelijkbare vragen opriep. Ik heb meer dan 800 vogelsoorten geclassificeerd op basis van hun ecologische adaptaties: basisvliegvaardigheden, vermogen om op grote hoogte te leven, duiken, overwinteren op hoge breedtegraden en lange afstanden migratie capaciteiten; 400 van die soorten werden gebruikt in het onderzoek. Dit onderzoek, resulterend in een andere publicatie van de eerste auteur in GBE, bewees dat op grote fylogenetische afstanden moleculaire evolutie niet dezelfde trajecten "kiest" om vergelijkbare aanpassingen te vormen. Sinds september 2021 ben ik aangesloten bij de groep van Prof. Hannes Svardal in het Departement Biologie van de Universiteit Antwerpen als Postdoctoraal Onderzoeker. In deze eenjarige functie bestudeer ik de genomica van hybridisatie en snelle diversificatie van cichliden, wat een perfecte basis biedt voor het onderzoeken van de rol van hybridisatie in de adaptieve straling van Baikal-amfipoden.

Techniek

Mijn professionele basisvaardigheden liggen op het gebied van computationele biologie en bioinformatica. Ik gebruik programmeertalen (R, Perl, Python) en diverse bioinformatica-software. Verder, heb ik ook ervaring in moleculaire laboratoriumtechnieken en in zoölogisch veldwerk.

Gebruikers

Deze expertise wordt vooral gebruikt in de fundamentele wetenschap, met name door specialisten in evolutionaire genomica en soortvorming. Het kan ook van beperkt gebruik zijn door de conservatiebiologie.

Trefwoorden

Evolutionaire genomica, Speciatie, Bio-informatica

Dardenne Freddy

Ecotoxicologisch onderzoek met focus op het aquatische milieu overheen alle niveaus van biologische organisatie en met zowel biotische als abiotische stressoren. Vanuit vroegere professionele activiteiten, onderlegd in porcesmicrobiologie en humane diagnostiek. Vanuit mijn carriere als IOF manager expertise in samenwerkingsovereenkomsten, licentie-overeenkomsten, ...

Techniek

in vitro and in vivo ecotoxicological assays, biochemical assays, microbiology

Gebruikers

Academia en bedrijven die op zoek zijn naar gepaste oplossingen binnen de brede milieuproblematiek en humane en dierlijke microbiele ecologie .

Trefwoorden

Waterbeleid, Diversiteit van de soorten, Ecosysteem functie, Sensormaterialen, Probiotica, Licentiering, Verontreinigende stoffen

De Boeck Gudrun

Belangrijkste expertise: Toxicologie en ecofysiologie van mariene en zoetwater organismen in veranderende milieu omstandigheden (onder natuurlijke en athropogene druk) met een focus op stressfysiologie, energiemetabolisme en ionoregulatie op verschillende niveaus van biologische organisatie: moleculair, cellulair en organismaal. Vergelijkende dierenfysiologie. Technieken: Toxicologische tests: bioaccumulatie, biomagnificatie en werkingsmechanismen Fitness tests: zwemvermogen en gedrag, challenge tests Brandstofverbruik: Respiratie en energievoorraden, (an)aeroob metabolisme, metabolomics Ionenhomeostase: opnamemechanismen van ionen en toxische stoffen, bloedelektrolyten en zuur-base-balans Biomerkers: oxidatieve stress, stresseiwitten en beschermende eiwitten (bv. metallothioneïnen) en enzymes Regulatie: stresshormonen, transcriptomics, proteomics.

Techniek

Toxicologische testen: overleving, groei, fitness en performance, bioaccumulatie, biomagnificatie Challenge testen: temperatuur, hypoxie, blootstellingen... Aeroob energiemetabolisme in aquatische organismen (respirometrie ) Zwemgedrag (spontaan zwemgedrag) Zwemcapaciteit (zwemtunnels, raceways) Analyse weefsels (waterpercentage, eiwitten, vetten, suikers, electrolyten, toxicanten) Analyse plasma metabolieten (melkzuur, glucose, ammoniak, ureum, electrolyten...) Analyse stress hormonen (cortisol) Analyse biomerkers (metaalbindende eiwitten, oxidatieve stress...) Trancriptomics-genexpressie Proteomics-eiwitten Metabolomics-metabolieten

Gebruikers

Aquacultuur Industrie Overheid Onderzoekers

Trefwoorden

Visfysiologie, Aquacultuur, Aquatische organismen, Biomerker, Stress (milieu), Toxicologie

De Keyzer Els

Mijn voornaamste expertise is evolutionaire genoomanalyse van whole-genome sequencing data en RAD sequencing data. Ik heb ervaring in populatie-genomics analyse en metabarcoding studies. De huidige focus van mijn werk is de rol van hybridisatie en genetische uitwisseling in diversificatie en adaptatie. In het bijzonder onderzoek ik hoe hybridisatie adaptieve radiaties van vissoorten beïnvloedt.

Techniek

Mijn belangrijkste professionele vaardigheden liggen in de computationele biologie en bioinformatica. Ik gebruik programmeertalen (R, Python) en verschillende bioinformatica software voor sequencing read kwaliteitscontrole en uitlijning, variant detectie, kwaliteit filtering, en verschillende analyses. Ik heb uitgebreide ervaring in moleculaire laboratoriumtechnieken en in zoölogisch veldwerk, voornamelijk in tropische gebieden.

Gebruikers

Deze deskundigheid wordt vooral gebruikt in de fundamentele wetenschap, met name door specialisten op het gebied van evolutionaire genomica en soortvorming. Zij is ook van nut voor beleidsmakers en wetenschappers in het kader van de conservatie biologie.

Trefwoorden

Evolutionaire genomica, Speciatie, Bio-informatica

Diedericks Genevieve

Ik ben een postdoctoraal onderzoeker aan het Svardal lab, Universiteit van Antwerpen (België). Mijn onderzoeksinteresse gaat uit naar populatiegenetica, en het raakvlak tussen genetica en ecologie. Om deze vragen te beantwoorden heb ik gewerkt aan een scala van organismen, waaronder hagedissen, vissen en kikkers en heb ik DNA geëxtraheerd uit zowel oude, formaline gefixeerde als verse weefselmonsters. Ik heb verschillende methodologische technieken gebruikt zoals lineaire morfometrie, geometrische morfometrie en omgevingsvariabelen om morfologische informatie te verkrijgen. Mijn huidige postdoc tracht de genomische link te onderzoeken van een functionele significante eigenschap, osteoderm, met een hagedis als modelorganisme. Hiertoe zal een referentiegenoom worden geconstrueerd en zal de differentiële genexpressie van verschillende weefsels worden onderzocht.

Techniek

DNA-extracties en amplificatie, RNA-extracties en library preparaten, Hi-C-extracties en library preparaten, fylogenetische analyses

Gebruikers

Biologen

Trefwoorden

Erfelijk, Genotype-fenotype correlatie, Chromatine configuratie, Populatiegenetica

Groffen Thimo

Ik heb een achtergrond in biologie en ecologische toxicologie. Mijn interesses focussen voornamelijk op de biomonitoring van per- en polyfluoralkyl stoffen (PFAS) in terrestrische en aquatische ecosystemen en de ecologische en humane risico's die zij met zich meebrengen. Momenteel onderzoek ik vooral de verspreiding van PFAS in zowel terrestrische en aquatische ecosystemen en de ecologische en humane gezondheidsrisico's die hieraan verbonden zijn. In het terrestrische milieu ligt de focus van mijn onderzoek vooral op de biomonitoring van PFAS in de terrestrische voedselketen (bodem, ongewervelden, planten, vogels). Ik bestudeer de biobeschikbaarheid vanuit de bodem naar biota en de mogelijke effecten van PFAS accumulatie in deze organismen. Bovendien ben ik bezig met het ontwikkelen en optimaliseren van analytische methodes om PFAS in verschillende matrices te kunnen meten. In het aquatisch milieu ligt mijn focus ook op de verspreiding van PFAS in de voedselketen, de toxiciteit van PFAS in aquatische organismen, en het onderzoeken van factoren die de biobeschikbaarheid kunnen beïnvloeden. Daarnaast onderzoek ik of verschillende monitoring technieken geschikt zijn om PFAS in het aquatisch milieu te analyseren. In mijn vorige onderzoeken ontwikkelde ik een analytische methode voor de detectie van PFAS in diverse abiotische en biotische stalen. Daarnaast onderzocht ik de verspreiding van PFAS in bodem, ongewervelden en zangvogels in de buurt van een PFAS hotspot en de associaties tussen deze PFAS concentraties, oxidatieve stress en diverse reproductieve parameters in de zangvogels. Mijn vorige onderzoeken naar PFAS in het aquatisch milieu focusten zich vooral op de verspreiding van PFAS in aquatische ecosystemen in Afrika.

Techniek

- Ontwikkeling en uitvoering van analytische methodes voor de analyse van PFAS in biotische en abiotische stalen. - Onderzoeken van biobeschikbaarheid, bioaccumulatie en toxiciteit van PFAS in aquatische en terrestrische ecosystemen.

Gebruikers

Iedereen (overheidsinstellingen, universiteiten, industrie, etc.) met interesse in de beschikbaarheid, bioaccumulatie en toxiciteit van PFAS in het milieu.

Trefwoorden

Ecosysteem (aards), Milieuvervuiling, Milieutoxicologie, Perfluorverbindingen, Aquatische ecosystemen

Lopez Antia Ana

Mijn expertisedomeinen zijn ecotoxicologie, beoordeling van milieurisico’s en conservatie. Eén van de lijnen binnen mijn onderzoek spitst zich toe op de risico’s van pesticide behandelde zaden voor vogels. Behandeling van zaden is een algemeen gebruikte methode om gewassen te beschermen, maar vormen tevens een risico voor vogels en zoogdieren die zaden hebben als voorname voedselbron. In mijn doctoraatsproject beschreef ik de toxicologische effecten van verteerde zaden die behandeld werden met pesticiden (insecticiden en fungiciden) op de gezondheid en reproductief succes van rode patrijzen (Alectoris rufa). Een tweede doel was om het risico in te schatten van blootstelling van patrijzen aan behandelde zaden in het veld. Momenteel onderzoek ik de negatieve effecten van perfluoralkyl componenten op vogels. Deze componenten hebben een brede waaier aan toepassingen zoals oppervlaktelagen van tapijten, textielkleuringen, afweermiddelen, inpakpapier en brandvertragers. Het frequent gebruik van perfluoralkyl componenten, samen met hun hoge persistentie, heeft geresulteerd in een globale contaminatie van zowel omgeving, dieren als mensen. De alomtegenwoordigheid van deze componenten staat is scherp contrast met de beperkte hoeveelheid informatie van hun effecten op organismen. Met dit project willen we zowel het toxiciteitsmechanisme van perfluoralkyl componenten begrijpen, alsook de biologische gevolgen nagaan van blootstelling aan de dosis in de hedendaagse omgeving. Voor mijn doctoraal onderzoek werkte ik vijf jaar in de Ebro Delta als ornitholoog en vogelringer.

Techniek

Gebruikte veldtechnieken: Vogels vangen (mistnetten, fuiken, nestkasten), biometrie, ringen, bloed / vet / stuitklier olie bemonsteren (niet destructief) / uitwerpselen / braakballen verzamelen. Gebruikte laboratorium technieken: chromatografie (HPLC-MS, GC-MS), spectroscopie (AA), ELISA, genetische analyses (PCR), genomics en transcriptomics (RT-PCR). Deze technieken werden gebruikt om de volgende analyses uit te voeren: Toxicologische analyses: pesticiden, PFAAs, rodenticiden, metalen. Antioxidanten en oxidatieve stress parameters: totaal niet-enzymatisch antioxidant capaciteit (TAC), glutathione peroxidase (GPX) / superoxide dismutase (SOD) / catalase (CAT) activiteit / proteïne carbonylen, vet peroxidase (MDA), gereduceerd (GSH) en geoxideerd glutathion (GSSG), vitaminen (retinol, α-tocopherol) en carotenoïden (zeaxanthine en luteine). Immuun parameters: aangeboren immuun parameters (agglutinatie, lysis, haptoglobine concentraties en nitraatoxide concentraties), cellulaire immuunrespons (phytohemagglutinine (PHA) huidtest), humorale immuunrespons (haemagglutinatie test na injecteren van een antigen, SRBC). Plasma biochemie: alkaline fosfatase (ALP), alanine aminotransferase (ALT), aspartaat aminotransferase (AST), lactaat dehydrogenase (LHD), creatine fosfokinase (CPK), albumine, totaal proteïne, glucose, cholesterol, triglyceriden, calcium, magnesium, fosfor, creatinine, urea en urinezuur. Hormoon concentraties: geslachtshormonen (testosteron en oestradiol) en thyroidhormonen (thyroxine T4), triiodothyronine (T3)). Transcriptomics: RNA extractie, RT-PCR, high throughput sequencing. Andere metingen: moleculaire geslachtsbepaling bij vogels, acetylcholinesterase activiteit (AChE).

Gebruikers

Andere onderzoekers. Industrie (chemische industrie om studies uit te voeren over de effecten van verontreinigende stoffen bij vogels).

Trefwoorden

Wildlife, Toxicologie, Conservatie, Risicoanalyse, risicobeoordeling

Svardal Hannes

Analyse van de sequencinggegevens van het hele genoom.

Techniek

Sequencing kwaliteitscontrole en -uitlijning. Variantendetectie (enkel nucleotide, SNP, en inbrengen/verwijdering, INDEL, polymorfisme. Kwaliteitsfiltering. Opzetten van geautomatiseerde analysepijpleidingen

Gebruikers

Onderzoekers, overheidsinstanties en bedrijven die genoomsequentiegegevens gebruiken voor alle soorten toepassingen, bijvoorbeeld fundamenteel en toegepast biologisch en medisch onderzoek, met inbegrip van instandhoudingsbiologie, enz.

Trefwoorden

Genomica, Genetische adaptatie, Moleculaire genomica, Computationele biologie, Populatiegenetica, Evolutionaire genetica, Genenstroom

Town Raewyn

fysische chemie, elektrochemie, reactiviteit van nanodeeltjes, modellering van dynamische chemische speciatie, biobeschikbaarheid en bioaccumulatie

Techniek

Modellering, elektrochemie, DGT, micro-extractie in vaste fase

Gebruikers

(eco)toxicologen, milieurisicobeoordelaars en regelgevers

Trefwoorden

Reactiviteit van nanodeeltjes, Dynamische chemische speciatie, Biologische beschikbaarheid