Onderzoeksgroep

ADReM Data Lab (ADReM)

Datamining van multi-omics interactiedata om de determinanten en evolutie van gastheer-pathogeeninteracties bloot te leggen. 01/10/2018 - 30/09/2020

Abstract

De relatie tussen ziekteverwekkers en hun gastheer is vaak complex en hun evolutionaire wapenwedloop ingewikkeld. Subklinische infecties komen vaak voor; host-organismen worden geïnfecteerd door een normaal ziekteverwekkende pathogeen, maar er worden geen symptomen vertoond. Op deze manier beschikken ziekteverwekkers over natuurlijke reservoirs van asymptomatische dragers die kunnen helpen in de transmissie naar gevoelige gastheren. Het doel van dit fundamentele onderzoek is inzicht te verwerven in de algemene moleculaire mechanismen die ten grondslag liggen aan waarom sommige diersoorten - of zelfs sommige individuen - na infectie met specifieke ziekteverwekkers meestal asymptomatisch blijven, terwijl anderen evolueren naar een symptomatische ziekte. Hiertoe zal een grote collectie van pathogeen-gastheer interactie netwerken worden opgezet voor zowel symptomatisch als asymptomatisch gastheren. State-of-the-art datamining methoden zullen worden toegepast om de regels en patronen te ontdekken in de interactie netwerk die geassocieerd zijn met ziektegevoeligheid. Tot slot zullen deze patronen worden gefilterd en gevalideerd met behulp van geïntegreerde multi-level 'omics informatie afkomstig van zowel de ziekteverwekker en de gastheer soorten. De resultaten van dit project zullen leiden tot zowel nieuwe methodologie om eerder gekarakteriseerde gastheer-pathogeen interacties te bestuderen, alsook tot fundamentele nieuwe inzichten in de biologische drivers van ziektegevoeligheid.

Onderzoeker(s)

Onderzoeksgroep(en)

Datamining van multi-omics interactiedata om de determinanten en evolutie van gastheer-pathogeeninteracties bloot te leggen. 01/10/2016 - 30/09/2018

Abstract

De relatie tussen ziekteverwekkers en hun gastheer is vaak complex en hun evolutionaire wapenwedloop ingewikkeld. Subklinische infecties komen vaak voor; host-organismen worden geïnfecteerd door een normaal ziekteverwekkende pathogeen, maar er worden geen symptomen vertoond. Op deze manier beschikken ziekteverwekkers over natuurlijke reservoirs van asymptomatische dragers die kunnen helpen in de transmissie naar gevoelige gastheren. Het doel van dit fundamentele onderzoek is inzicht te verwerven in de algemene moleculaire mechanismen die ten grondslag liggen aan waarom sommige diersoorten - of zelfs sommige individuen - na infectie met specifieke ziekteverwekkers meestal asymptomatisch blijven, terwijl anderen evolueren naar een symptomatische ziekte. Hiertoe zal een grote collectie van pathogeen-gastheer interactie netwerken worden opgezet voor zowel symptomatisch als asymptomatisch gastheren. State-of-the-art datamining methoden zullen worden toegepast om de regels en patronen te ontdekken in de interactie netwerk die geassocieerd zijn met ziektegevoeligheid. Tot slot zullen deze patronen worden gefilterd en gevalideerd met behulp van geïntegreerde multi-level 'omics informatie afkomstig van zowel de ziekteverwekker en de gastheer soorten. De resultaten van dit project zullen leiden tot zowel nieuwe methodologie om eerder gekarakteriseerde gastheer-pathogeen interacties te bestuderen, alsook tot fundamentele nieuwe inzichten in de biologische drivers van ziektegevoeligheid.

Onderzoeker(s)

Onderzoeksgroep(en)