Aanmoedigingsbeurs 2021 - Stichting Rosa Blanckaert: Exacte en Toegepaste Wetenschappen. 01/12/2021 - 31/12/2023

Abstract

Geweld tegen vrouwen is een urgent wereldwijd probleem, aangezien meer dan een derde van de vrouwen wereldwijd tijdens hun leven het slachtoffer is geworden van fysiek en/of seksueel geweld. En opmerkelijk genoeg leidt slechts 25% van de gemelde verkrachtingszaken in Europa uiteindelijk tot een veroordeling, vaak vanwege de moeilijkheid om bewijs te leveren. Recente ontwikkelingen op het gebied van microbiële profilering hebben aan het licht gebracht dat elk individu de thuisbasis is van complexe microbiële gemeenschappen. Deze gemeenschappen bewonen alle oppervlakken van het menselijk lichaam (bijvoorbeeld het maag-darmkanaal, de luchtwegen, het urogenitale kanaal, de huid) en vertegenwoordigen samen de menselijke microbiota, waarbij hun microbiële DNA-handtekeningen het microbioom vormen. Recent onderzoek suggereert dat het microbioom forensisch onderzoek enorm kan helpen als een veelbelovend hulpmiddel om traditionele forensische onderzoeksmethoden te versterken en gerelateerde kennislacunes op te vullen. Grootschalige microbioomstudies geven aan dat microbiële vingerafdrukken forensisch kunnen helpen op gebieden zoals sporenbewijs, bronopsporing, geolocatie en omstandigheden van overlijden. Het doel van dit project is om het potentieel van het vrouwelijke microbioom te onderzoeken als een aanvullend forensisch hulpmiddel in strafrechtelijke onderzoeken, met een focus op gevallen van seksueel geweld. Dit willen we op drie manieren doen. Ten eerste willen we een grote, samengestelde dataset opzetten met 16S rRNA en (shallow) shotgun-sequenties van vaginale, huid- en speekselstalen. Ten tweede willen we forensisch relevante stalen (ookwel mock crime scenes genoemd) zoals mengsels, langdurig opgeslagen sporen, stalen na seksuele betrekking, enz. opnieuw creëren in een gecontroleerde omgeving. Deze voorbeelden zullen een cruciale toegevoegde waarde hebben voor de samengestelde dataset die als trainingsset zal dienen. Ten slotte willen we onze hypothesen en het ontwikkelde classificatiemodel valideren in samenwerking met het Instituut voor Forensische Geneeskunde van de Universiteit van Zürich. Deze tool zal in staat zijn: i) sporen van lichaamslocaties/vloeistoffen afkomstig van andere lichaamslocaties/vloeistoffen te voorspellen of, met andere woorden, "puur" te onderscheiden van mengselstalen; ii) aan de hand van een vaginaal staal te voorspellen of er recentelijk seksuele betrekking heeft plaatsgevonden. Voor de validatie van dit model streven we ernaar om het microbioom van minstens 100 vaginale, huid- en speekselstalen te sequensen van echte seksueel geweldsdelicten die plaatsvonden in het arrondissement Antwerpen. Dit is niet alleen zeer gunstig maar ook noodzakelijk om een robuuste dataset te hebben om hypothesen te testen en die als solide testset kan functioneren. In staat zijn om 100 monsters van aanranding te sequensen, zou een sterke kans bieden om onze hypothesen en classificatiemodel te valideren.

Onderzoeker(s)

Onderzoeksgroep(en)

Niche specificiteit en niche flexibiliteit van lactobacilli: focus op adhesie mechanismen 01/10/2018 - 30/09/2022

Abstract

In dit project willen we d.m.v. een combinatie van bio-informatica en labo-experimenten het gedrag van model Lactobacillus stammen onderzoeken, met focus op Lactobacillus rhamnosus/casei. Deze behoren tot de melkzuurbacteriën, een diverse groep van bacteriën die terug te vinden zijn in planten, dieren (vooral vlees en melk) en mensen (o.a. in het maagdarmkanaal, het urogenitaal stelsel en melk). Het Lactobacillus genus vormt de grootste groep binnen de melkzuurbacteriën, maar er is weinig geweten over de niche-flexibiliteit van dit bacteriële genus. De niches waarop we in dit project zullen focussen, zijn nog maar weinig onderzocht (o.a. gefermenteerde wortels, de bovenste luchtwegen en urogenitaal kanaal). Experimenten omvatten niche-swap, experimentele evolutie en functionele analyse via knock-out mutanten. Speciale aandacht gaat naar de rol van adhesines in niche kolonisatie. Zo werd in voorbereidend onderzoek een nieuw type fimbriae ontdekt dat verder onderzocht zal worden.

Onderzoeker(s)

Onderzoeksgroep(en)