DNA sequencen en data verzamelen...
Bedankt voor zoveel verschillende staaltjes! De waaier aan kleurtjes, geurtjes en hier en daar brokjes suggereert alvast een boeiende dataset!
Terwijl je dit leest, zijn we hard aan het werken om DNA-sequenties te verzamelen en te analyseren om te weten te komen wat er precies in elke pot leeft. Om die resultaten echt nuttig te maken en te begrijpen welke factoren de microbiële gemeenschap in een fermentatie beïnvloeden, hebben we meer informatie nodig over de fermentaties en de genomen stalen.
Neem je laboschrift erbij; we willen ALLES weten over je potje (en ook een beetje over jou).
Jouw antwoorden zijn erg belangrijk voor dit experiment. Alles wat je weet, is nuttige informatie. Als je iets níet weet, zeg je dat beter eerlijk. Gaten in de data leiden hooguit tot wat minder zekerheid. Foute informatie leidt tot foute conclusies. Bewust verzonnen of verwrongen informatie heet zelfs wetenschappelijke fraude - daar wordt niemand vrolijk van.
De vragenlijst over jullie stalen vind je hier.
Alvast een paar sfeerbeeldjes van de DNA-extractie:
Het extraheren van het DNA uit de staaltjes duurt ongeveer 100min voor 12 staaltjes:
Uit alle staaltjes werd DNA geïsoleerd, enkele staaltjes (de lichtere streepjes) wat minder. Niet erg, mocht het niet genoeg blijken, dan hebben we genoeg sap om het nog eens te proberen.(wakkere deelnemers valt het wellicht op: we zijn de ladder vergeten kleuren met GelGreen.):
Uit 2 x 12 staaltjes maken we 0,2 mL library mix: informatie uit 24 potjes zit nu in 1 klein proefbuisje:
De library mix wordt heel voorzichtig (zonder belletjes!) op 'n sequencing cel ("Flongle") gepipetteerd. Door een membraantje kleiner dan de nagel van je pink wordt in 1 etmaal zo'n half miljard basenparen uit 24 verschillende staaltjes gelezen.
