Abstract
Uitgezaaide colorectale kanker (mCRC) is de op één na grootste oorzaak van kankersterfte, met therapieresistentie als grote uitdaging. Recente bevindingen suggereren dat DNA methylatie kan bijdragen aan therapieresistentie. Dit project ontwikkelt een kosteneffectieve, vloeibare biopsie-gebaseerde biomarkertest die methylatie- en mutatieprofielen integreert voor longitudinale monitoring en therapiebegeleiding in mCRC. Via epigenoom-wijde analyse zal ik differentieel gemethyleerde CpG sites (DMC's) identificeren die geassocieerd zijn met tumorgroei. Met Oxford Nanopore Technology (ONT) sequencing, dat gelijktijdige detectie van mutaties en methylatie veranderingen mogelijk maakt, zal ik nieuwe resistentie-geassocieerde biomarkers ontdekken. Geselecteerde DMC's zullen worden geïntegreerd in de IMPRESS-technologie met single-molecule Moleculaire Inversie Probes (smMIP's), naast smMIP's voor gekende resistentie mutaties. Daarnaast zal ik een gestandaardiseerde methylatie waarde ontwikkelen om tumorgroei te volgen. De assay zal worden geoptimaliseerd en gevalideerd met plasma stalen uit de FOLICOLOR-studie, een goed gekarakteriseerde, longitudinale patiëntencohort. Dit zal verder worden aangevuld met stalen van het James Cancer Center (Ohio, VS). Met onze directe toegang tot patiënten stalen van hoge kwaliteit is dit project gericht op de ontwikkeling van een schaalbare en betaalbare biomarkertest om gepersonaliseerde geneeskunde in mCRC te bevorderen en zorgkosten te verlagen.
Onderzoeker(s)
Onderzoeksgroep(en)
Project type(s)