Abstract
Pleuraal mesothelioom (PM) is een agressieve vorm van kanker die meestal in een vergevorderd stadium wordt gediagnosticeerd, wat resulteert in een slechte prognose. Vroege opsporing blijft een grote klinische uitdaging. Analyse van circulerend tumor-DNA (ctDNA) biedt een veelbelovende, niet-invasieve aanpak, maar huidige strategieën zijn afhankelijk van patiëntspecifieke, tumor-geïnformeerde sequencing. Dit is een zeer kostbaar tweestapsproces dat grootschalige screening in de bevolking beperkt.
In recente whole-genome sequencing (WGS)-studies hebben we onverwacht de aanwezigheid van terugkerende structurele variant (SV)-junctions geïdentificeerd in onafhankelijke PM-stalen. Deze ontdekking vormt de basis voor universele biomarkers, waardoor betaalbare ctDNA-tests met hoge sensitiviteit mogelijk worden. Een dergelijke test zou een doorbraak kunnen betekenen in de diagnose van PM.
Dit project heeft als doel om systematisch terugkerende SV-junctions in kaart te brengen met behulp van gepubliceerde WGS-datasets en een multiplex cfDNA-test te ontwikkelen voor hun detectie. Single-molecule molecular inversion probes (smMIPs) zullen worden ontworpen om deze verbindingen in een high-throughput formaat te detecteren, waardoor sensitieve en specifieke detectie van SV's in cfDNA mogelijk wordt. De test zal worden gevalideerd in PM-weefsel en plasma van PM patiënten, asbest-blootgestelde individuen en gezonde vrijwilligers.
Door meerdere terugkerende junctions in één paneel te integreren, willen we een tumor-naïeve, niet-invasieve screeningtool ontwikkelen voor vroege opsporing van PM. Succesvolle implementatie zou de klinische praktijk kunnen revolutioneren door nauwkeurige diagnose en screening mogelijk te maken bij risicopopulaties.
Onderzoeker(s)
Onderzoeksgroep(en)
Project type(s)