Prof. Spacova onderzoekt nuttige micro-organismen op het grensvlak tussen het menselijk lichaam en het milieu, en hoe zij de menselijke gezondheid kunnen bevorderen. Een belangrijk doel is het ontwikkelen van duurzame, op het microbioom gebaseerde oplossingen voor stedelijke gezondheidsproblemen, zoals ademhalingsvirussen. De methodologie van haar team omvat klinische studies in samenwerking met artsen, immunologische en microbiologische tests op menselijke stalen en bacteriële isolaten, immuuninductie in menselijke ademhalings- en immuuncellijnen, en op fluorescentie gebaseerde technieken.