Functionele validatie van miRNA varianten gerelateerd aan miRNA expressie niveaus. 01/02/2013 - 31/12/2013

Abstract

MicroRNAs zijn één van de voornaamste genexpressie regulatoren betrokken bij belangrijke cellulaire processen, zoals apoptose, celdifferentiatie en celcyclus controle, maar zijn ook betrokken bij regulatie van processen in specifieke celtypes, zoals synaptische transmissie en synaptogenese. Veranderingen in de functie of expressie van een miRNA beïnvloeden de regulatoire capaciteit van het miRNA en kunnen leiden tot deregulatie van mRNA genen die belangrijk zijn in normale celfunctionering. Varianten gelegen in of in nabijheid van de mature miRNA-sequentie kunnen een effect hebben op de maturatie van het miRNA door wijzigen van secundaire structuur en/of op het doelwitspectrum van het miRNA door baseveranderingen in de seed region. In dit project stellen we voor 5 recent geïdentificeerde miRNA varianten functioneel te valideren met een eerder opgezet platform dat gebruikt maakt van SH-SY5Y cellen als neuronaal model. miRNA varianten werden geïdentificeerd via mutatiescreening van 66 hersengeëxpresseerde miRNA genen in 1128 psychiatrische patiënten en 1140 controles door middel van multiplex PCR gevolgd door massief parallele sequencing. De varianten werden geselecteerd op basis van een hogere frequentie in patiënten en gewijzigde secundaire structuurpredicties van de miRNAs. Met deze experimenten willen we het effect van de geïdentificeerde varianten op miRNA maturatie onderzoeken en het opgezette platform voor functionele studie van miRNA varianten verder valideren.

Onderzoeker(s)

Onderzoeksgroep(en)