Onderzoek Mojca Strazisar

Abstract

MicroRNAs zijn één van de voornaamste genexpressie regulatoren betrokken bij belangrijke cellulaire processen, zoals apoptose, celdifferentiatie en celcyclus controle, maar zijn ook betrokken bij regulatie van processen in specifieke celtypes, zoals synaptische transmissie en synaptogenese. Veranderingen in de functie of expressie van een miRNA beïnvloeden de regulatoire capaciteit van het miRNA en kunnen leiden tot deregulatie van mRNA genen die belangrijk zijn in normale celfunctionering. Varianten gelegen in of in nabijheid van de mature miRNA-sequentie kunnen een effect hebben op de maturatie van het miRNA door wijzigen van secundaire structuur en/of op het doelwitspectrum van het miRNA door baseveranderingen in de seed region. In dit project stellen we voor 5 recent geïdentificeerde miRNA varianten functioneel te valideren met een eerder opgezet platform dat gebruikt maakt van SH-SY5Y cellen als neuronaal model. miRNA varianten werden geïdentificeerd via mutatiescreening van 66 hersengeëxpresseerde miRNA genen in 1128 psychiatrische patiënten en 1140 controles door middel van multiplex PCR gevolgd door massief parallele sequencing. De varianten werden geselecteerd op basis van een hogere frequentie in patiënten en gewijzigde secundaire structuurpredicties van de miRNAs. Met deze experimenten willen we het effect van de geïdentificeerde varianten op miRNA maturatie onderzoeken en het opgezette platform voor functionele studie van miRNA varianten verder valideren.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Strazisar Mojca

Onderzoeksgroep(en)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

De Genetische Service Faciliteit (GSF) is een centrale kernfaciliteit in het VIB Departement voor Moleculaire Genetica die aan de onderzoekers snel en professioneel, hoge doorvoer genetische analyses aanbiedt via een robotica platform. De aangeboden diensten omvatten onder meer DNA/RNA extracties, DNA sequenties, geno-typeringen van genetische merkers in patiënten/controle groepen en genoom-wijde segregatieanalyses in families. Hiertoe beschikt de GSF over een Biomek FX en twee Biomek NX robotplatformen (Beckman) voor de automatisering van en het samenstellen van PCR -reacties, drie "3730XL DNA analyzers" (Applied Biosystems) voor DNA sequentiebepaling en de analyse van microsatellieten (STR-merkers), en een SEQUENOM platform voor "high throughput mass array" spectrometrische bepaling van SNP-merkers . Voor de automatische extractie van DNA/RNA beschikken we over een Magtration System8Lx en Magtration System 12GCplus (PSS). Recenter heeft de GSF een ABI5500XL SOLiD toestel aangekocht voor ultra hoge doorvoerapplicaties zoals genoom sequentieanalyses. Ook de isolatie van DNA en RNA uit verschillende bronnen en de aanmaak van EBV lymfoblast cellijnen zijn gecentraliseerd in de GSF. Dankzij een geoptimaliseerd databanksysteem LIMS (Laboratory Information Management System), het gebruik van ELN ( Electronic Lab Notebooks) en GLP ("good laboratory practice"), gebeurt de dataverwerking voornamelijk automatisch en in optimale condities. Ook voorziet de GSF capaciteit voor genetische services aan derde gebruikers van de Universiteit van Antwerpen, het VIB en extern. Door de erkenning van de GSF als centrale kernfaciliteit van de Universiteit Antwerpen en van het VIB krijgen hun onderzoekers de aangeboden diensten aan marginale prijzen.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Rademakers Rosa
• Promotor: Van Broeckhoven Christine
• Co-promotor: Del-Favero Jurgen
• Co-promotor: Strazisar Mojca

Onderzoeksgroep(en)

• VIB CMN - Toegepaste en Translationele Neurogenomica

Project type(s)

• Onderzoeksproject