Abstract
Isovormexpressie is zeer celtype-specifiek, bepaalt het lot van de cel, beïnvloedt de reactie op medicijnen en ontregeling ervan kan ziekten veroorzaken. Al richt het onderzoek zich traditioneel op alternatieve splicing, het gebruik van alternatieve transcriptie start sites (TSSs) en terminatie sites (TTSs) is grotendeels verantwoordelijk voor de transcriptionele diversiteit bij de mens. Toch is er weinig bekend over wat de keuze van alternatieve TSS- en TTS-isovormen bepaalt. Uit onze resultaten blijkt dat de organisatie van het chromatine, via 3D interacties, mogelijks een cruciale rol speelt, maar er is nog geen grondig onderzoek gedaan. Onze hypothese is dat de organisatie van chromatine een centrale coördinator is van de isovormkeuze. Gezien het brein de grootste isovormdiversiteit bevat, is ideaal om deze vraag te beantwoorden. Ik zal experimentele methoden gebruiken waaronder onze gepatenteerde chromatine organisatie methode, de enige methode in staat om 3D chromatine organisatie interacties op isovorm-level te detecteren in zeldzame celpopulaties met hoge resolutie, alsook computationele methoden voor integratieve regelgevende netwerk inferentie om de aandrijvers van isovormkeuze te identificeren. Dit project zal de grondregels van isovormkeuze bepalen, wat doorslaggevend kan zijn voor het begrijpen van de rol van isovormen in gezondheid en ziekte en het regelgevingsparadigma zal verschuiven van gencentrisch naar isovormcentrisch.
Onderzoeker(s)
Onderzoeksgroep(en)
Project type(s)