Onderzoeksgroep
Expertise
In een vorige positie zette ik een database van ribosomale RNA sequenties en structuur op. Ik schreef software voor het opzetten en onderhouden van deze databank, en voor de predictie en vizualisatie van RNA secundaire structuur. Ik gebruikte deze databank ook voor phylogentische analyse. Mijn huidige werk omvat de design, ontwikkeling en implementatie van work-flows en software om het (genetisch) onderzoek naar complexe ziekten te verbeteren. Een belangrijk deel hiervan is de ontwikkeling van het in-house LIMS (Laboratory Information Management System), waarmee de volledige data-flow in het center beheerd wordt, gaande van sample management en klinische data tot experimentele resultaten en analyses. In dit kader ontwikkelde ik ook software voor de set-up en analysis van een diverse set aan genotyping technologies, gaande van STR analyse en Sanger sequencing tot next gen sequencing, en recent ook 3de generatie sequencing. Tijdens de analyse van enkele van de eerste volledige humane genoom sequenties ontwikkelde ik genomecomb: software om genomen te vergelijken, annoteren, filteren en valideren. Deze wordt nu nog verder gebruikt en ontwikkeld voor de analyse van sequentie data van volledige genomen, exomen en specifieke ziekte panels, en includeert nu alle stappen, gebruik makende van zowel state of the art publiek beschikbare tools als locale verbeteringen en ontwikkelingen. We zoeken hierbij altijd naar nieuwe mogelijkheden om an varianten te onderzoeken. Zo maakte ik bv. software om nieuwe miRNA genen te vinden, en om het effect van genomische varianten op de structuur en biogenese van deze miRNAs te voorspellen.
Ontwikkeling van de BioGraph-technologie voor valorisatie in de levenswetenschappen.
Abstract
BioGraph is een aan de Universiteit Antwerpen ontwikkelde dataminingtechnologie voor ongesuperviseerde biomedische kennisvergaring via het geautomatiseerd ontdekken van hypothesen in geïntegreerde kennisdatabanken. We onderzoeken business-development-mogelijkheden en werken deze technologie uit naar een specifieke off-the-shelf-toepassing voor de interpretatie van microarraystudies.Onderzoeker(s)
- Promotor: Del-Favero Jurgen
- Co-promotor: De Rijk Peter
- Co-promotor: Goethals Bart
- Co-promotor: Liekens Anthony
Onderzoeksgroep(en)
Project type(s)
- Onderzoeksproject
Ontwikkeling van analysemethoden voor grote datasets en toepassing ervan op niet-coderende genetische informatie betrokken bij psychiatrische ziekten.
Abstract
Dit project kadert in een onderzoeksopdracht tussen enerzijds UA en anderzijds IWT. UA levert aan IWT de onderzoeksresultaten genoemd in de titel van het project onder de voorwaarden zoals vastgelegd in voorliggend contract.Onderzoeker(s)
- Promotor: Del-Favero Jurgen
- Co-promotor: De Rijk Peter
- Mandaathouder: Aelterman Bart
Onderzoeksgroep(en)
Project type(s)
- Onderzoeksproject
Identificatie van causale varianten voor psychiatrische ziekten via massief parallel resequencing methoden.
Abstract
Het doel van dit project is de identificatie van al dan niet zeldzame varianten die bijdragen tot de ontwikkeling van SZ en BP stoornis, door middel van een uitgebreide massief parallelle resequencing aanpak. Tijdens dit project zullen we belangrijke expertise opbouwen in zowel het genereren van grote sequentie datasets als de analyse van deze datasets. De mijlpalen van het project zijn: ¿ Exon-gebaseerde kandidaat gen resequencing ¿ Regio-specifieke resequencing ¿ Volledige menselijk genoom resequencingOnderzoeker(s)
- Promotor: Del-Favero Jurgen
- Co-promotor: De Rijk Peter
Onderzoeksgroep(en)
Project type(s)
- Onderzoeksproject
Text Mining met heterogene databanken. Een toepassing op de optimale ontdekking van genetische varianten relevant voor ziekten.
Abstract
Het project introduceert een methodologie voor "text mining" met heterogene informatiebronnen en de toepassing ervan in moleculaire genetica en kennismanagement. Bestaande tekstanalyse en graaf-gebaseerde data mining technieken zullen worden uitgebreid om deze methodologie mogelijk te maken. De methodologie wordt toegepast in een biomedische toepassing (ordening van kandidaat ziekte veroorzakende genen) en een kennismanagement toepassing (bepalen van profiel van personen op basis van www informatie).Onderzoeker(s)
- Promotor: Daelemans Walter
- Co-promotor: Del-Favero Jurgen
- Co-promotor: De Rijk Peter
- Co-promotor: Paredaens Jan
Onderzoeksgroep(en)
Project website
Project type(s)
- Onderzoeksproject
Moleculaire genetica/genomica van psychiatrische ziekten in een geïsoleerde populatie.
Abstract
Algemene doelstellingen van het project: A. Identificatie van nieuwe genen voor psychiatrische ziekten in een geïsoleerde noord Zweedse populatie. B. Identificatie van nieuwe chromosomale loci voor psychiatrische ziekten. C. Invoeren van een Neurofenomica onderzoekslijn. D. Ontwikkelen van genetische en genomische Multiplex PCR applicaties.Onderzoeker(s)
- Promotor: Del-Favero Jurgen
- Co-promotor: De Rijk Peter
Onderzoeksgroep(en)
Project type(s)
- Onderzoeksproject
Detectie, identificatie en classificatie van genen in de analyse van genoomsequenties;
Abstract
De volledige genoomsequentie is reeds gekend voor verschillende organismen, en deze van verscheidene andere bijna. De bedoeling van dit project is het zoeken en classifi'ren van mogelijke coderende stukken, en de opheldering van hun structuur en functie. De gelijkenis tussen de verschillende gepostuleerde coderende sequenties kan worden berekend met behulp van verschillende score methoden. De bekomen scores zullen gebruikt worden voor de detectie van groepen of families van genen. Met behulp van alignementen en andere sequentie-analyse methoden zal de structuur en functie van deze families nader onderzocht worden.Onderzoeker(s)
- Promotor: Van Broeckhoven Christine
- Mandaathouder: De Rijk Peter
Onderzoeksgroep(en)
Project type(s)
- Onderzoeksproject
Detectie, identificatie en classificatie van genen in de analyse van genoomsequenties.
Abstract
De volledige genoomsequentie is reeds gekend voor verschillende organismen, en deze van verscheidene andere bijna. De bedoeling van dit project is het zoeken en classifieren van mogelijke coderende stukken, en de opheldering van hun structuur en functie. De gelijkenis tussen de verschillende gepostuleerde coderende sequenties zal worden berekend met behulp van verschillende score methoden. De bekomen scores zullen met behulp van boomconstructie en andere classificatie methoden gebruikt worden voor de detectie van groepen of families van genen. Met behulp van alignementen en andere sequentie-analyse methoden en zal de structuur en functie van deze families nader onderzocht worden.Onderzoeker(s)
- Promotor: De Wachter Rupert
- Mandaathouder: De Rijk Peter
Onderzoeksgroep(en)
Project type(s)
- Onderzoeksproject
Optimalisatie van een gegevensbank voor ribosomale RNA structuur en toepassing op structureel en evolutionair onderzoek.
Abstract
De ribosomale RNA sekwenties van verschillende organismen worden gealigneerd. Door in de alignementen te zoeken naar compenserende subsituties, kan de secundaire structuur van deze molecule onderzocht worden. Een alignement wordt tevens gebruikt om de verwantschap tussen de verschillende organismen te onderzoeken op moleculaire basis.Onderzoeker(s)
- Promotor: De Wachter Rupert
- Mandaathouder: De Rijk Peter
Onderzoeksgroep(en)
Project type(s)
- Onderzoeksproject
Optimalisatie van een gegevensbank voor ribosomale RNA structuur en toepassing op structureel en evolutionair onderzoek
Abstract
De ribosomale RNA sekwenties van verschillende organismen worden gealigneerd. Door in de alignementen te zoeken naar compenserende subsituties, kan de secundaire structuur van deze molecule onderzocht worden. Een alignement wordt tevens gebruikt om de verwantschap tussen de verschillende organismen te onderzoeken op moleculaire basis.Onderzoeker(s)
- Promotor: De Wachter Rupert
- Mandaathouder: De Rijk Peter
Onderzoeksgroep(en)
Project type(s)
- Onderzoeksproject
Optimalisatie van een gegevensbank voor rRNA structuur en toepassing op structureel en evolutionair onderzoek.
Abstract
Onderzoeker(s)
- Promotor: De Wachter Rupert
- Mandaathouder: De Rijk Peter
Onderzoeksgroep(en)
Project type(s)
- Onderzoeksproject