Onderzoek Sarah Ahannach

Abstract

Goed gevoed—dat zijn we liefst niet alleen fysiek, maar ook mentaal en sociaal. Samen eten ondersteunt onze fysieke en mentale gezondheid, en versterkt sociale verbondenheid. Voedselrituelen—symbolische voedselpraktijken met een sociaalculturele betekenis—brengen mensen samen rond gedeelde maaltijden en tradities. Toch weten we weinig over hoe deze voedselrituelen kunnen bijdragen aan onze gezondheid en sociaal leven. Dit project onderzoekt zal dit onderzoeken. We bestuderen hoe de 8-daagse kerst/nieuwjaar periode, Pesach (8d), Chinees Nieuwjaar (15d) en de ramadan (30d) vrouwen beïnvloeden op vlak van sociale verbondenheid, mentaal welzijn en microbioomgezondheid—de bacteriën in ons lichaam die bijdragen aan immuniteit en mentaal welzijn. We volgen vrouwen voor, tijdens en na deze rituelen via diepte-interviews, longitudinale dagboekstudies en microbioomanalyse. We focussen op vrouwen omdat zij vaak de hoofdverantwoordelijken zijn voor voeding en ondervertegenwoordigd blijven in gezondheidsonderzoek. Met een citizen science-aanpak helpen deelnemers het onderzoek mee vorm te geven. De resultaten zullen ons inzicht verdiepen in de samenhang tussen cultuur, voeding en verbinding, en waardevolle input bieden voor volksgezondheid en gemeenschapswelzijn. We delen onze bevindingen via wetenschappelijke publicaties en publieke voedselevenementen waar burgers en onderzoekers elkaar ontmoeten aan tafel. We eten allemaal—maar hoe voeden we onszelf en elkaar? Tijd om dat uit te zoeken.

Onderzoeker(s)

• Promotor: De Backer Charlotte
• Co-promotor: Ahannach Sarah

Onderzoeksgroep(en)

• Media, ICT en interpersoonlijke relaties in Organisaties en Samenleving (MIOS)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Het humaan papillomavirus (HPV) is de onderliggende oorzaak van de meeste baarmoederhalskankers. Dit virus infecteert vrijwel alle seksueel actieve vrouwen minstens één keer in hun leven. Hoewel de meeste HPV-infecties vanzelf verdwijnen zonder langdurige gevolgen, blijft een subset persistent, wat maligne transformatie kan veroorzaken. De mechanismen die bepalen of een infectie persistent blijft, zijn nog onvoldoende bekend. Dit vormt een aanzienlijke uitdaging bij de diagnose van HPV-infecties, die vaak een psychologische belasting vormt door zorgen over kankerrisico en prognose. Hoewel de immuunrespons van de gastheer essentieel is voor het verwijderen van het virus, er is groeiend bewijs dat het vaginale microbioom een cruciale rol speelt bij het beïnvloeden van deze uitkomsten. Een Lactobacillus-dominant microbioom wordt geassocieerd, worden geassocieerd met een lager risico op persistentie, terwijl een divers microbioom correleert met chronische infecties. De causale mechanismen waardoor het microbioom de HPV-dynamiek beïnvloedt, zijn echter grotendeels ongekend. Dit project heeft als doel de mechanistische basis van de microbieel aangedreven HPV-opruiming te ontdekken, waardoor het microbioom zowel als diagnostisch als therapeutisch doelwit kan worden beschouwd. Allereerst streven we ernaar verder te gaan dan beschrijvende associaties en beschermende taxa te identificeren die bijdragen aan de eliminatie van het virus. Het vaginale microbioom van vrouwen met transiente versus persistente HPV-infecties zal worden gekarakteriseerd. Shotgun-metagenomics levert profielen van microbiële diversiteit en dominantie op. Dit zal inzicht geven in microbiële biomarkers voor transiënte en persistentie van de infectie, en de ontwikkeling van een voorspellend model sturen om te bepalen of een infectie waarschijnlijk zal verdwijnen of aanhouden. Vervolgens zullen gastheer-virus-microbioom functionele interacties worden onderzocht met metatranscriptomics. Dit stelt ons in staat om de transcriptie-activiteit van zowel epitheelcellen als de aanwezige bacteriën tijdens de infectie in kaart te brengen. Bijzondere aandacht zal uitgaan naar immuun pathways zoals type I- en III-interferonsignaal, cytokine-expressie (bijv. IFN-γ, IL-17, IL-10) en de integriteit van de epitheelbarrière, evenals bacteriële metabole routes voor de productie van melkzuur en andere metabolieten. Het correleren van microbiële activiteit met gastheer-genexpressie geeft inzicht in hoe gunstige stammen een antivirale mucosale omgeving bevorderen. De vaginale stammen met een beschermende functie zullen worden geïsoleerd, gesequenced en gekarakteriseerd. Deze isolaten zullen vervolgens worden getest in geavanceerde HPV-infectiemodellen, waaronder HeLa-cellen geïnfecteerd met pseudovirussen, E6/E7-expresserende celsystemen en 3D cervicovaginale weefsel- of organ-on-chip-platforms, om mechanismen achter immuunmodulatie, antivirale metabolietproductie of epitheliale adhesie te onderzoeken. In deze modellen onderzoeken we hoe specifieke bacteriestammen virale replicatie, immuunsignaal en epitheliale homeostase beïnvloeden. Door klinische expertise, gastheer-transcriptomics en mechanistische validatie te integreren, gaat dit project verder dan correlatie en vestigt het causale mechanismen in microbiome–HPV-onderzoek. De verwachte resultaten omvatten de identificatie van klinisch relevante microbiële en gastheer-biomarkers die voorspellend zijn voor transiënte HPV, karakterisering van gastheer-virus–microbioomroutes die mucosale antivirale immuniteit reguleren, en mechanistische inzichten in virale opruiming verkregen door het testen van bacteriestammen in 3D-HPV-infectiemodellen. Uiteindelijk zal dit werk een bruikbaar kader scheppen voor hoe het vaginale microbioom HPV-infecties moduleert, met implicaties voor de ontwikkeling van microbioom-gebaseerde diagnostiek en therapieën die natuurlijke opruiming bevorderen en progressie naar baarmoederhalskanker voorkomen.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Verhoeven Veronique
• Co-promotor: Ahannach Sarah
• Co-promotor: Lebeer Sarah

Onderzoeksgroep(en)

• Eerstelijns - en interdisciplinaire zorg Antwerpen (ELIZA)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Het Isala initiatief is het grootste burgerwetenschapsinitiatief ter wereld rond vrouwengezondheid en de vaginale microbiota. Via grootschalige staalname en community engagement werd een biobank opgebouwd met meer dan 10.000 vaginale stalen en >3.000 micro-organismen. Het programma onderzoekt verbanden tussen microbiota en factoren zoals leeftijd, menstruatiehygiëne, anticonceptie en culturele praktijken, en ontwikkelt innovatieve tools voor microbiologische diagnostiek en gezondheidsbevordering.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Ahannach Sarah

Onderzoeksgroep(en)

• Laboratorium voor Toegepaste Microbiologie en Biotechnologie (LAMB)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Het Luna-project wil de impact van menstruatiehygiëneproducten op de vulvaire en vaginale microbiomen onderzoeken, een cruciaal en onderbelicht aspect van menstruatiegezondheid. Door toegang tot menstruatiehygiëne te erkennen als een mensenrecht, pakt het project aanzienlijke hiaten aan in het begrip van hoe verschillende producten de gezondheid van vrouwen kunnen beïnvloeden, inclusief risico's zoals Menstrual Toxic Shock Syndrome (mTSS). Door gebruik te maken van een substantiële biobank van het Isala-project, betrekt Luna een cohort van 100 gezonde menstruerende vrouwen van 18-40 jaar en evalueert microbioomeffecten gedurende vijf menstruatiecycli met behulp van zowel traditionele als duurzame hygiëneproducten. De studie onderscheidt zich door de opname van vulvaire microbioomanalyse, een gebied dat vaak over het hoofd werd gezien in eerder onderzoek dat zich voornamelijk richtte op vaginale gezondheid. Het project veronderstelt dat menstruatiehygiëneproducten het urogenitale ecosysteem op manieren beïnvloeden die verder gaan dan mTSS. Met behulp van geavanceerde sequentietechnieken naast uitgebreide onderzoeken probeert Luna de overtuigingen en percepties van vrouwen met betrekking tot menstruatiehygiëneproducten te begrijpen. De longitudinale interventiestudie zal microbioomverschuivingen in de loop van de tijd analyseren gedurende vijf menstruatiecycli met verschillende producten, waarbij verbanden met vulvovaginale symptomen worden geïdentificeerd. Uiteindelijk streeft het Luna-project ernaar om bevindingen te vertalen naar bruikbare inzichten, de betrokkenheid van belanghebbenden bij beleidsvorming en industrienormen te stimuleren en tegelijkertijd bij te dragen aan de Duurzame Ontwikkelingsdoelen met betrekking tot gezondheid en gendergelijkheid. Met deze BOF SRG streeft Luna ernaar om kritisch bewijs te genereren dat menstruatiegezondheidspraktijken verbetert en vrouwen in staat stelt om geïnformeerde keuzes te maken met betrekking tot hun reproductieve gezondheid.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Ahannach Sarah

Onderzoeksgroep(en)

• Laboratorium voor Toegepaste Microbiologie en Biotechnologie (LAMB)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Geweld tegen vrouwen is een urgent wereldwijd probleem, aangezien meer dan een derde van de vrouwen wereldwijd tijdens hun leven het slachtoffer is geworden van fysiek en/of seksueel geweld. En opmerkelijk genoeg leidt slechts 25% van de gemelde verkrachtingszaken in Europa uiteindelijk tot een veroordeling, vaak vanwege de moeilijkheid om bewijs te leveren. Recente ontwikkelingen op het gebied van microbiële profilering hebben aan het licht gebracht dat elk individu de thuisbasis is van complexe microbiële gemeenschappen. Deze gemeenschappen bewonen alle oppervlakken van het menselijk lichaam (bijvoorbeeld het maag-darmkanaal, de luchtwegen, het urogenitale kanaal, de huid) en vertegenwoordigen samen de menselijke microbiota, waarbij hun microbiële DNA-handtekeningen het microbioom vormen. Recent onderzoek suggereert dat het microbioom forensisch onderzoek enorm kan helpen als een veelbelovend hulpmiddel om traditionele forensische onderzoeksmethoden te versterken en gerelateerde kennislacunes op te vullen. Grootschalige microbioomstudies geven aan dat microbiële vingerafdrukken forensisch kunnen helpen op gebieden zoals sporenbewijs, bronopsporing, geolocatie en omstandigheden van overlijden. Het doel van dit project is om het potentieel van het vrouwelijke microbioom te onderzoeken als een aanvullend forensisch hulpmiddel in strafrechtelijke onderzoeken, met een focus op gevallen van seksueel geweld. Dit willen we op drie manieren doen. Ten eerste willen we een grote, samengestelde dataset opzetten met 16S rRNA en (shallow) shotgun-sequenties van vaginale, huid- en speekselstalen. Ten tweede willen we forensisch relevante stalen (ookwel mock crime scenes genoemd) zoals mengsels, langdurig opgeslagen sporen, stalen na seksuele betrekking, enz. opnieuw creëren in een gecontroleerde omgeving. Deze voorbeelden zullen een cruciale toegevoegde waarde hebben voor de samengestelde dataset die als trainingsset zal dienen. Ten slotte willen we onze hypothesen en het ontwikkelde classificatiemodel valideren in samenwerking met het Instituut voor Forensische Geneeskunde van de Universiteit van Zürich. Deze tool zal in staat zijn: i) sporen van lichaamslocaties/vloeistoffen afkomstig van andere lichaamslocaties/vloeistoffen te voorspellen of, met andere woorden, "puur" te onderscheiden van mengselstalen; ii) aan de hand van een vaginaal staal te voorspellen of er recentelijk seksuele betrekking heeft plaatsgevonden. Voor de validatie van dit model streven we ernaar om het microbioom van minstens 100 vaginale, huid- en speekselstalen te sequensen van echte seksueel geweldsdelicten die plaatsvonden in het arrondissement Antwerpen. Dit is niet alleen zeer gunstig maar ook noodzakelijk om een robuuste dataset te hebben om hypothesen te testen en die als solide testset kan functioneren. In staat zijn om 100 monsters van aanranding te sequensen, zou een sterke kans bieden om onze hypothesen en classificatiemodel te valideren.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Ahannach Sarah

Onderzoeksgroep(en)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

In dit project willen we d.m.v. een combinatie van bio-informatica en labo-experimenten het gedrag van model Lactobacillus stammen onderzoeken, met focus op Lactobacillus rhamnosus/casei. Deze behoren tot de melkzuurbacteriën, een diverse groep van bacteriën die terug te vinden zijn in planten, dieren (vooral vlees en melk) en mensen (o.a. in het maagdarmkanaal, het urogenitaal stelsel en melk). Het Lactobacillus genus vormt de grootste groep binnen de melkzuurbacteriën, maar er is weinig geweten over de niche-flexibiliteit van dit bacteriële genus. De niches waarop we in dit project zullen focussen, zijn nog maar weinig onderzocht (o.a. gefermenteerde wortels, de bovenste luchtwegen en urogenitaal kanaal). Experimenten omvatten niche-swap, experimentele evolutie en functionele analyse via knock-out mutanten. Speciale aandacht gaat naar de rol van adhesines in niche kolonisatie. Zo werd in voorbereidend onderzoek een nieuw type fimbriae ontdekt dat verder onderzocht zal worden.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Lebeer Sarah
• Mandaathouder: Ahannach Sarah

Onderzoeksgroep(en)

Project website

Project type(s)

• Onderzoeksproject