Onderzoeksgroep

Expertise

Netwerkreconstructie voor het bestuderen van de verwerving en het onderhoud van het cellot. Het ontcijferen van de rol van chromatine-organisatie bij het verwerven van normale en afwijkende celloten.

Het ontcijferen van de rol van chromatine organisatie in de keuze voor alternatieve isovormen in het menselijke brein. 01/11/2023 - 31/10/2025

Abstract

Isovormexpressie is zeer celtype-specifiek, bepaalt het lot van de cel, beïnvloedt de reactie op medicijnen en ontregeling ervan kan ziekten veroorzaken. Al richt het onderzoek zich traditioneel op alternatieve splicing, het gebruik van alternatieve transcriptie start sites (TSSs) en terminatie sites (TTSs) is grotendeels verantwoordelijk voor de transcriptionele diversiteit bij de mens. Toch is er weinig bekend over wat de keuze van alternatieve TSS- en TTS-isovormen bepaalt. Uit onze resultaten blijkt dat de organisatie van het chromatine, via 3D interacties, mogelijks een cruciale rol speelt, maar er is nog geen grondig onderzoek gedaan. Onze hypothese is dat de organisatie van chromatine een centrale coördinator is van de isovormkeuze. Gezien het brein de grootste isovormdiversiteit bevat, is ideaal om deze vraag te beantwoorden. Ik zal experimentele methoden gebruiken waaronder onze gepatenteerde chromatine organisatie methode, de enige methode in staat om 3D chromatine organisatie interacties op isovorm-level te detecteren in zeldzame celpopulaties met hoge resolutie, alsook computationele methoden voor integratieve regelgevende netwerk inferentie om de aandrijvers van isovormkeuze te identificeren. Dit project zal de grondregels van isovormkeuze bepalen, wat doorslaggevend kan zijn voor het begrijpen van de rol van isovormen in gezondheid en ziekte en het regelgevingsparadigma zal verschuiven van gencentrisch naar isovormcentrisch.

Onderzoeker(s)

Onderzoeksgroep(en)

Project type(s)

  • Onderzoeksproject

Ontwikkeling van neuro-immune hersenorganoïden als een platform voor onderzoek naar neurodegeneratieve en neurologische ontwikkelingsziekten. 01/11/2022 - 31/10/2024

Abstract

In de afgelopen tien jaar zijn organoïden naar voren gekomen als een aantrekkelijke middenweg tussen 2D-celculturen, die de 3D-omgeving niet volledig recapituleren, en diermodellen, die technische en ethische grenzen stellen. Met name cerebrale organoïden zijn in opkomst als de volgende stap in patiënt-afgeleide in vitro modellen voor zowel neurologische als neurodegeneratieve ziekten. Cerebrale organoïden zijn echter meestal gebaseerd op alleen neuronale cellen, terwijl er steeds meer aanwijzingen zijn dat de rol van niet-neuronale typen (microglia, astrocyten, endotheelcellen) in deze omstandigheden van cruciaal belang is. Integratie van deze celtypes zal de in vivo cellulaire omgeving in gezondheid en ziekte beter nabootsen en vormt de grootste uitdaging van dit project. De gevestigde neuro-immune organoïdetechnologie zal een breed scala aan toepassingen vinden als modellen voor het bestuderen van fundamentele mechanismen die ten grondslag liggen aan cellulaire biologie en genetische pathofysiologie, evenals voor efficiënte screening van geneesmiddelen.

Onderzoeker(s)

Onderzoeksgroep(en)

Project type(s)

  • Onderzoeksproject