Onderzoek Gerrit Beemster

Abstract

Naast de groeistimulerende interacties tussen de bodemmicrobioom en planten is er toenemend bewijs dat bovengrondse plantenweefsels beschikken over hun eigen microbioom van endophyten. Verschillende hiervan stimuleren groei onder optimale of limiterende condities, wat kan bijdragen tot een duurzame verbetering van gewasproductiviteit, maar hoe ze de groeiende weefsels beïnvloeden is nog onduidelijk. Het doel van dit project is het bestuderen van de effecten van endophytische schimmels en bacteriën op bladgroeiregulatie en productiviteit in mais onder optimale en droogte condities. Endophytische schimmels en bacteriën geïsoleerd uit de bladgroeizone van grassen uit aride gebieden zullen functioneel worden gekarakteriseerd met een multidisciplinaire studie. Dit omvat cultivatie en in-planta testen van isolaten voor hun effect op bladgroei onder optimale en droogte condities. Het genoom van groeistimulerende isolaten zal worden gesequeneerd, geannoteerd en phylogentisch geanalyseerd. Functionele analyse van de endophyten in planta zal bestaan uit kinematische analyses van celdeling en expansie, flow-cytometrie, NGS sequenering (plant en endophytic mRNA), metaboloom analyse en kwantificatie van endophyt-aantallen onder controle en droogtecondities. De invloed van de plant op de ontwikkeling van de endophyten zal worden getest door de kolonisatie en groeieffecten te vergelijken tussen maïsvarieteiten en specifieke mutanten.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Beemster Gerrit
• Co-promotor: Abd Elgawad Hamada

Onderzoeksgroep(en)

• Geïntegreerd Moleculair Plantenfysiologisch Onderzoek (IMPRES)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Microorganismen worden al sinds de vroegste tijden gebruikt voor brood bakken, bier brouwen, wijn maken en voedselconservering. De enorme biochemische en fysiologische verscheidenheid van microorganismen wordt vandaag steeds meer benut om chemicaliën en nanomaterialen te produceren, en ook voor de ontwikkeling van nieuwe bio-electrische systemen en nieuwe methoden voor afvalwaterzuivering. Bovendien is het duidelijk dat mensen, dieren en planten sterk beïnvloed worden door hun microbioom, wat heeft geleid tot nieuwe medische behandelingen en landbouwkundige toepassingen. Recente vooruitgang in de moleculaire biologie en genetische manipulatie bieden ongekende mogelijkheden voor de ontwikkeling van nieuwe microbiologie-gebaseerde technologieën. Net zoals de natuurkunde en techniek het leven in de 20e eeuw hebben getransformeerd, zo kan de snelle ontwikkeling van (micro)biologie de wereld in de komende decennia veranderen. Het Excellentie Centrum "Microbiële Systeem Technologie" (MST) zal de expertise in microbiële ecologie en technologie aan de UAntwerpen bundelen en consolideren. MST zal de meest recente technologieën en interdisciplinaire systeembiologie benaderingen toepassen om microorganismen en hun omgeving beter te leren kennen en zo de ontwikkeling van nieuwe technologieën en toepassingen te bevorderen. MST verbindt recent ontwikkelde onderzoekslijnen binnen UAntwerpen in de onderzoeksgebieden microbiële ecologie, medische microbiële ecologie, plantenfysiologie, biomaterialen en nanotechnologie met essentiële expertise in nieuwe sequencing-technieken en bioinformatica. Door de krachten te bundelen kunnen nieuwe en interessante ontwikkelingen sneller worden geïntegreerd in het onderzoek, wat zal leiden tot een stimulering van de ontwikkeling van nieuwe microbiële producten en processen, zoals functionele voeding, diervoeder en meststoffen, probiotica, en nieuwe biosensoren en bio-electronica toepassingen. Hierdoor kan MST een belangrijke bijdrage leveren aan een duurzame verbetering van humane gezondheid en van de leefomgeving.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Meysman Filip
• Co-promotor: Beemster Gerrit
• Co-promotor: Laukens Kris
• Co-promotor: Lebeer Sarah
• Co-promotor: Verbruggen Erik
• Co-promotor: Vlaeminck Siegfried

Onderzoeksgroep(en)

• Geobiologie

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Koude in het voorjaar is een belangrijke limiterende factor voor maïsteelt in Noord-West Europa. In het algemeen zijn koude periodes kortstondig en het is vastgesteld dat de herstelcapaciteit van variëteiten bepalend is voor hun opbrengst. Desondanks zijn de mechanismen die het herstel bepalen, in contrast tot de directe effecten van stress condities, tot nu toe nauwelijks bestudeerd. Dit project beoogt om deze kennis te vergaren door gebruik te maken van een innovatief experimenteel systeem waar kortdurende blootstellingen aan koude worden toegediend tijdens verschillende fasen van de ontwikkeling van het 4e blad van maïsvariëteiten met contrasterende koudetolerantie. Geavanceerde groeianalyse zal worden gebruikt om het effect op de groei van het blad te bepalen gedurende en tijdens het herstel van de koude, totdat het blad stopt te groeien. Kinematische analyse zal worden gebruikt om de cellulaire basis van de groeiresponse en het herstel te quantificeren. We zullen de moleculaire veranderingen in de bladgroeizone tijdens de response en herstelfase analyseren door middel van mRNA sequencing, metabolische analyse van antioxidanten en suikers en biochemische bepaling van enzymactiviteiten. Op het fysiologisch vlak zullen we de response van fotosynthese en waterhuishouding bepalen. Gebaseerd op deze brede, geïntegreerde analyse, zullen we kandidaat herstelgenen identificeren. Hiervan zullen mutanten en transgene lijnen worden bestudeerd, zowel in onze gestandaardiseerde experimentele condities als in het veld. De verkregen kennis zal wetenschappelijk vernieuwend en relevant voor de veredeling zijn.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Beemster Gerrit
• Co-promotor: Abd Elgawad Hamada
• Mandaathouder: Lainé Cindy

Onderzoeksgroep(en)

• Geïntegreerd Moleculair Plantenfysiologisch Onderzoek (IMPRES)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Recent onderzoek naar klimaatverandering legt een nieuwe en significante trend bloot: weerpatronen op gematigde breedtegraden, zoals in West-Europa, worden persistenter. Wat betreft regenval betekent dit langere droogtes, maar ook langere periodes met veel regen. Tot hiertoe ontbreken studies over de ecologische gevolgen van zulke shifts in het neerslagregime. Kunnen ecosystemen zich aanpassen, of zal de opeenvolging van droogtestress en watersaturatie hen uitputten? Ontstaan er gemeenschappen met nieuwe, aangepaste combinaties van soortkenmerken en een meer volatiele soortendynamiek als gevolg van de afwisselende stressfactoren? En zijn zulke nieuwe systemen robuust aan verdere milieuveranderingen? Deze studie onderzoekt de mogelijke impact van de huidige shift in de opeenvolging van droge en natte periodes op uiteenlopende, onderling verbonden niveaus van biologische organisatie. Daarvoor wordt een nieuw experimenteel platform aan de Universiteit Antwerpen gebruikt, ontworpen in het kader van de Europese infrastructuur voor ecosysteem-onderzoek 'AnaEE'. In deze set-up simuleren we, in de open lucht, veranderingen in regenval en geassocieerde temperatuurswijzigingen met behulp van een gradiënt-design dat acht verschillende neerslagregimes omvat, waardoor we niet-lineaire responsen en plotse omslagpunten in ecosysteemtoestand heel precies kunnen detecteren. Het project omspant een breed bereik, van planten tot bodemorganismen zoals bacteriën en schimmels, en van cellulair metabolisme en genetische regulatie bestudeerd m.b.v. bio-informatica tot de studie van ecosysteemprocessen. Deze benadering onderschrijft expliciet de connecties binnen ecosystemen, en het belang van moleculaire en cellulaire kennis om grootschalige systeem-effecten op gebied van biologische productiviteit, broeikasgasfluxen en biodiversiteit mechanistisch te kunnen verklaren. Drie omvangrijke experimenten worden gepland: (i) in jaar 1 wisselen we droge en natte fases met elkaar af, met een duur variërend van 1 tot 60 dagen, gedurende een volledig groeiseizoen; (ii) in jaar 2 focussen we op naijleffecten en het belang van veranderingen in de bodemgemeenschap; (iii) in jaar 3 koppelen we neerslagregimes aan overeenkomstige temperatuurregimes om de impact van opwarming die doorgaans gepaard gaat met droogte (een belangrijke natuurlijke feedback die de stress op planten verhoogt) te onderzoeken. Een serie van onderling verbonden, hypothese-gedreven metingen wordt uitgevoerd, en de bekomen gegevens worden geïntegreerd met twee technieken: 'structural equation modelling' (padanalyse) en ecosysteemmodellering. Het projectteam heeft succesvol samengewerkt in het verleden. De complementaire expertise die wordt samengebracht zal niet enkel leiden tot een beter begrip van sleutelprocessen, maar opent ook de deur naar manieren om de impact van klimaatverandering op ecosystemen te matigen.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Nijs Ivan
• Co-promotor: Asard Han
• Co-promotor: Beemster Gerrit
• Co-promotor: Laukens Kris
• Co-promotor: Verbruggen Erik

Onderzoeksgroep(en)

• Planten- en Ecosystemen (PLECO) - Ecologie in tijden van verandering

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit project beoogt om de moleculaire mechanismen te onderzoeken die ten grondslag liggen aan het therapeutisch effect van cinnamaldehyde (het actieve ingredient van een nieuw medicijn voor zwangerschapsdiabetes. We maken hierbij gebruik van Next Generation Sequencing (NGS), expressie analyse en biologische interpretatie via clustering, overrepresentatie en pathway analyse, waardoor we ook nieuwe effectieve signaalmoleculen hope te identificeren.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Beemster Gerrit

Onderzoeksgroep(en)

• Geïntegreerd Moleculair Plantenfysiologisch Onderzoek (IMPRES)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Planten hebben licht nodig voor groei en hoe planten hun groei reguleren in response op licht is het centrale thema van dit project. Licht is nodig voor de productie van suikers via fotosynthese en suikers op hun beurt fungeren als signaalmoleculen die ontwikkelingsprocessen sturen, inclusief celdeling en expansie. Studies van groeiregulatie door suikers zijn voornamelijk uitgevoerd in Arabidopsis, maar wij gebruiken het maisblad vanwege zijn grotere omvang, wat ons toestaat om analyses van het suikermetabolisme te doen specifiek gericht op delende en expanderende cellen die groei drijven. Onze preliminaire data tonen aan dat het beschaduwen van volwassen bladere de groei van jonger bladeren remt, maar dat beschaduwen van het volwassen deel van het groeiende blad de groei ervan stimuleert. Ook hebben we 4 mutanten van genen in het suikermetabolisme die een veranderd groeifenotype vertonen. Om te begrijpen hoe deze regulatie werkt, zullen we bestuderen in hoeverre suiker wordt getransporteerd van source bladeren en van het volwassen deel van het groeiende blad (via studies van radioactieve 11CO2 toegediend aan de verschillende bladeren). Hoe suiker de bladgroei reguleert op het cellulair (deling en expansie), metabolisch (suikers en hormonen), biochemisch (enzym activiteiten) en transcriptional (mRNA) in de groeizone aan de basis van het blad. Onze gecombineerde resultaten zullen leiden tot nieuwe kennis van de mechanismen die genetische, moleculaire, cellulaire en physiologische niveaus en hoe deze zijn gekoppeld aan groei op het orgaanniveau. Deze kennis kan dan worden gebruikt om de groei van gewassen te verbeteren in de context van veranderende klimaatcondities.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Beemster Gerrit
• Mandaathouder: Abd Elgawad Hamada

Onderzoeksgroep(en)

• Geïntegreerd Moleculair Plantenfysiologisch Onderzoek (IMPRES)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Het grootste deel van het onderzoek op mais bladgroei focusseert op de invloed van omgevingsfactoren. Ondanks het belang hiervan, leveren deze data maar een gelimiteerd begrip van de regulatorische sleutelcomponenten in bladgroei. Daarom heeft ons laboratorium 5 unieke mais lang blad mutanten geïndentificeerd door de screening en selectie van chemisch gemuteerde mais lijnen. Het doel van dit project is de karakterisering van 3 van deze lang blad mutanten om ons begrip van bladgroei regulatie te vergroten. Als eerste zullen we proberen om de (unieke) mutatie die het lange blad fenotype veroorzaakt te identificeren. We moeten valideren of de hypothetische mutatie inderdaad het lange blad fenotype veroorzaakt via het selecteren/creëren van een onafhankelijke lijn met een mutatie in het betreffend gen. Daarnaast zullen we evalueren wat de effecten van de mutatie zijn op de expressie van andere genen en regulatorische systemen. In de tweede plaats is er een noodzaak om het fenotype meer in detail te karakteriseren. Dit zal worden gedaan op het cellulaire niveau (waar celdeling en expansie, die samen bladgroei bepalen, in meer detail zullen worden bepaald), en op het hele plant niveau. Tot slot zullen de resultaten van de voorgaande experimenten resulteren in nieuwe informatie, waarop we specifieke cellulaire, metabolische en enzyme activiteit metingen kunnen basere.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Beemster Gerrit
• Mandaathouder: Sprangers Katrien

Onderzoeksgroep(en)

• Geïntegreerd Moleculair Plantenfysiologisch Onderzoek (IMPRES)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Vervuiling met cadmium (Cd) veroorzaakt door industriële activiteit in het verleden is een belangrijk probleem in de Kempen. Cd remt plantengroei en het begrijpen van deze reactie zou de groei van planten op vervuilde bodems mogelijk kunnen maken, waardoor Cd kan accumuleren in biomassa welke kan worden verwijderd. Vanuit een wetenschappelijk perspectief is de response van plantengroei op Cd interessant omdat het specifieke regulatorische mechanismen, waaronder de celcyclus, celwandbiochemie en redox regulatie, verstoort. Daarom kan de rol van deze processen in plantengroeiregulatie worden ontrafeld. Door de groeizone in het mailblad te bestuderen kunnen we kinematische analyses van celdeling en expansie snelheden combineren met moleculaire en fysiologische studies die niet mogelijk zijn in de modelsoort Arabidopsis. Door zowel korte als lange blootstellen aan Cd te bestuderen is het mogelijk signalen en regulatorische interacties in groeiregulatie te ontrafelen. De effecten op celdeling zullen verder worden geanalyseerd met flowcytometrie en op expanderend weefsel door de extensibiltiteit van de celwand te meten. De onderliggende moleculaire mechanismen zullen worden bestudeerd in iedere zone (celdeling, elongatie en saturatie) op het niveau van transcriptoom, metaboloom en enzyme activiteiten. In eerste instantie zullen wildtype maïslijnen worden gebruikt. Gebaseerd op de verkregen resultaten zullen mutanten met verstoringen van de sleutel mechanismen worden bestudeerd. Alle data zullen worden geïntegreerd met behulp van bio-informatica, zo dat een holistische begrip van groeiregulatie in zijn algemeenheid en van de response op Cd in het bijzonder word verkregen.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Beemster Gerrit

Onderzoeksgroep(en)

• Geïntegreerd Moleculair Plantenfysiologisch Onderzoek (IMPRES)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Een recente analyse van een collectie segregerende mutantenlijnen onder veldcondities, ons laboratorium identificeerde 35 maïsmutanten met een toegenomen bladgrootte. Ik heb 5 van deze mutanten met het sterkste fenotype kunnen bevestigen onder gecontroleerde groeikamercondities. In tegenstelling tot andere modelsoorten, is de groeizone in het maïsblad groot genoeg om afzonderlijke stalen te oogsten van delende, expanderende en volwassen stadia die zich in een longitudinale gradient aan de basis van het blad bevinden. Daardoor geven deze mutanten ons een unieke mogelijkheid om nieuwe inzichten te verkrijgen van de mechanismen waarmee planten orgaangroei reguleren. De doelstelling van dit project is om een mechanistisch begrip te krijgen van het fenotype fan 3 van deze mutanten door: - De mutatie die het lange blad fenotype veroorzaakt te mappen. Om te valideren of de geïdentificeerde mutaties inderdaad het geobserveerde lange bladfenotype veroorzaken, zullen we een aantal onafhankelijke lijnen met een mutatie van hetzelfde gen selecteren of creëren. - Een genoomwijde transcriptoom analyse uitvoeren om te identificeren welke genen en regulatiecascades worden beïnvloed door de mutatie. - De cellulaire basis (celdeling en expansie) van het fenotype bepalen en het effect van de mutatie op andere delen van de plant bepalen. - Het uitvoeren van fysiologische, metabolische en enzym-activiteitsbepalingen focusserend op de specifieke regulatiecascades geïdentificeerd met behulp van de voorgaande analyses. De behaalde resultaten zullen een meer geïntegreerd begrip van de cruciale regulatorische processen in bladgroei en bladgrootte bepaling opleveren.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Beemster Gerrit
• Mandaathouder: Sprangers Katrien

Onderzoeksgroep(en)

• Geïntegreerd Moleculair Plantenfysiologisch Onderzoek (IMPRES)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Lokale Argentijnse rijstcultivars vertonen grote verschillen in koudetolerantie. In de context van haar lopende doctoraatsproject heeft de kandidate aangetoond dat dit is gerelateerd aan verschillen in fysiologische parameters, in het bijzonder gerelateerd aan fotosynthese en efficiëntie van waterverbruik. Momenteel voert ze een transcriptoomanalyse en een metabolisme analyse uit om verschillen in genexpressie en specifieke metabolische mechanismen tussen lijnen met contrasterende koudetolerantie te onderzoeken. Het voorgestelde project aan de UA heeft als doelstelling deze analysen te complementeren met een kinematische analyse van celdeling en expansie in the groeiende bladeren van contrasterende rijstcultivars die onder optimale en koudestress condities worden opgegroeid om de cellulaire basis van de groei effecten te bepalen. Vervolgens zal een proteoom analyse van de blad groeizone worden uitgevoerd met behulp van de iTraq methode die recentelijk in het gastlaboratorium op punt is gesteld.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Beemster Gerrit
• Mandaathouder: Gazquez Ayelén

Onderzoeksgroep(en)

• Geïntegreerd Moleculair Plantenfysiologisch Onderzoek (IMPRES)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit project kadert in een onderzoeksopdracht tussen enerzijds UA en anderzijds Erasmus Mundus. UA levert aan Erasmus Mundus de onderzoeksresultaten genoemd in de titel van het project onder de voorwaarden zoals vastgelegd in voorliggend contract.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Beemster Gerrit

Onderzoeksgroep(en)

• Geïntegreerd Moleculair Plantenfysiologisch Onderzoek (IMPRES)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit project betreft fundamenteel kennisgrensverleggend onderzoek gefinancierd door het Fonds voor Wetenschappelijk Onderzoek-Vlaanderen. Het project werd betoelaagd na selectie door het bevoegde FWO-expertpanel.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Beemster Gerrit

Onderzoeksgroep(en)

• Geïntegreerd Moleculair Plantenfysiologisch Onderzoek (IMPRES)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit project beoogt om in een sterk samenwerkend verband tussen Antwerpse onderzoeksgroepen een "next generation sequencing" platform te ontwikkelen ter bevordering van research in geneeskunde en biologie. Het consortium omvat meer dan 16 onderzoeksgroepen uit verschillende disciplines in de geneeskunde, biologie en biomedische informatica. Identificatie van nieuwe genen en mutaties in een brede waaier van zeldzame Mendeliaanse aandoeningen, het verwerven van meer inzichten in de genetische oorzaken van kanker en het ontrafelen van de genetische basis van infectieziekten zijn belangrijke doelstellingen van het project. Deze nieuwe kennis zal in belangrijke mate bijdragen tot betere diagnostiek en behandeling van deze ziekten bij de mens. Het project zal ook de interactie tussen omgeving en genen bestuderen. De effecten van omgevingsfactoren op genetische variatie bij waterorganismen, het effect van teratogene factoren op de embryologische ontwikkeling van gewervelde dieren en de invloed van omgeving op groei van mais en Arabidopsis, zullen geanalyseerd worden. De verwerking van deze grote hoeveelheden genomische en transcriptomische data, verkregen vanuit de verschillende onderzoeksgroepen, zal gecoördineerd worden door de recent opgerichte UZA/UA bioinformatica onderzoeksgroep Biomina.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Mortier Geert
• Co-promotor: Beemster Gerrit
• Co-promotor: Blust Ronny
• Co-promotor: Goossens Herman
• Co-promotor: Knapen Dries
• Co-promotor: Laukens Kris
• Co-promotor: Peeters Marc
• Co-promotor: Van Hul Wim
• Co-promotor: Vrints Christiaan

Onderzoeksgroep(en)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

In dit netwerk willen we bestuderen hoe de wortel en de scheut elkaar beïnvloeden en hoe deze interactie bijdraagt tot de ontwikkeling van de plant. Omdat zo'n geïntegreerde aanpak de mogelijkheid geeft tot de identificatie van belangrijke componenten betrokken in de plantengroei, willen we deze kennis ook toepassen op het gewas maïs.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Beemster Gerrit

Onderzoeksgroep(en)

• Geïntegreerd Moleculair Plantenfysiologisch Onderzoek (IMPRES)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit project kadert in een onderzoeksopdracht tussen enerzijds UA en anderzijds Erasmus Mundus. UA levert aan Erasmus Mundus de onderzoeksresultaten genoemd in de titel van het project onder de voorwaarden zoals vastgelegd in voorliggend contract.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Beemster Gerrit

Onderzoeksgroep(en)

• Geïntegreerd Moleculair Plantenfysiologisch Onderzoek (IMPRES)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Ontwikkelingsprocessen, worden gereguleerd door een interactienetwerk van meerdere regulatorische processen, die traditioneel afzonderlijk worden bestudeerd. Wij stellen een systeembiologische benadering voor, waarbij experimentele biologen nauw samenwerken met wiskundige modelleerders om de functionele relaties tussen auxine signalering, celdeling en expansie en bladmorfogenese te ontrafelen.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Beemster Gerrit
• Co-promotor: Broeckhove Jan
• Co-promotor: Prinsen Els
• Co-promotor: Vanroose Wim
• Co-promotor: Vissenberg Kris

Onderzoeksgroep(en)

• Geïntegreerd Moleculair Plantenfysiologisch Onderzoek (IMPRES)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit project betreft fundamenteel kennisgrensverleggend onderzoek gefinancierd door het Fonds voor Wetenschappelijk Onderzoek-Vlaanderen. Het project werd betoelaagd na selectie door het bevoegde FWO-expertpanel.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Asard Han
• Co-promotor: Beemster Gerrit
• Co-promotor: Janssens Ivan
• Co-promotor: Nijs Ivan

Onderzoeksgroep(en)

• Geïntegreerd Moleculair Plantenfysiologisch Onderzoek (IMPRES)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit project betreft fundamenteel kennisgrensverleggend onderzoek gefinancierd door het Fonds voor Wetenschappelijk Onderzoek-Vlaanderen. Het project werd betoelaagd na selectie door het bevoegde FWO-expertpanel.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Beemster Gerrit

Onderzoeksgroep(en)

• Geïntegreerd Moleculair Plantenfysiologisch Onderzoek (IMPRES)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit project kadert in een onderzoeksopdracht tussen enerzijds UA en anderzijds EU. UA levert aan EU de onderzoeksresultaten genoemd in de titel van het project onder de voorwaarden zoals vastgelegd in voorliggend contract.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Beemster Gerrit

Onderzoeksgroep(en)

• Geïntegreerd Moleculair Plantenfysiologisch Onderzoek (IMPRES)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Onderzoeker(s)

• Promotor: Beemster Gerrit

Onderzoeksgroep(en)

• Geïntegreerd Moleculair Plantenfysiologisch Onderzoek (IMPRES)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Het project beoogt een 3-D mathematisch simulatiemodel op te zetten dat interacties op het moleculair, cellulair en orgaanniveau tijdens bladgroei in Arabidopsis thaliana omvat. Gestart wordt van een 2-D model van vasculaire ontwikkeling dat in de vorige groep van de Promotor werd gebouwd. Dit model zal worden uitgebreid naar meerdere cellagen en modules voor celgroei en celdeling.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Beemster Gerrit
• Co-promotor: Broeckhove Jan
• Co-promotor: Vanroose Wim

Onderzoeksgroep(en)

• Geïntegreerd Moleculair Plantenfysiologisch Onderzoek (IMPRES)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit project beoogt het identificeren en functioneel analyseren van nieuwe genen en regulatorische ketens die een rol spelen in de respons van Arabidopsis thaliana op droogtestress. In samenwerking met het Visie lab zal een geautomatiseerde beeldanalyse worden ontwikkeld waarmee aantal, compositie en grootte van cellen in opgeklaarde bladeren van een 75-tal lijnen kan worden bepaald. De meest belovende lijnen zullen in detail worden gekarakteriseerd.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Beemster Gerrit

Onderzoeksgroep(en)

• Geïntegreerd Moleculair Plantenfysiologisch Onderzoek (IMPRES)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

De rol van het groeiregulerende plantenhormoon auxine in de respons op abiotische stress zoals droogte is tot nu toe nauwelijks onderzocht. Op basis van microarraydata hebben we aanwijzingen dat de expressie een 45-tal auxineresponsgenen specifiek is voor delende cellen en sterk wordt beïnvloedt door droogte. In dit project zullen mutanten van deze genen worden geïsoleerd en getest voor hun effect op groei in optimale en droogtecondities.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Beemster Gerrit

Onderzoeksgroep(en)

• Geïntegreerd Moleculair Plantenfysiologisch Onderzoek (IMPRES)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Het onderzoeksplan "Systeembiologie van orgaangroei" verwijst naar het enorme belang van plantengroei voor de maatschappij en economie (onder andere een belangrijke bron van hernieuwbare energie). De vraag is hoe het mogelijk is dat planten aan de ene kant sterk en op een heel voorspelbare manier kunnen reageren op genetische variaties en omgevingsfactoren en aan de andere kant een morfologie kunnen genereren die voldoende karakteristiek is dat de hele taxonomie erop kan worden gebaseerd. De systeembiologische benadering zal worden uitgewerkt met een sterke focus op de rol van celdeling en celexpansie. Het onderzoeksplan beoogt om om een complete kwantitatieve beschrijving van fenotypes veroorzaakt door genetische veranderingen of verschillen in omgevingsfactoren mogelijk te maken en vervolgens de opgedane kennis om te zetten in dynamische en mechanistische simulatiemodellen waarin nieuwe hypothesen in detail kunnen worden getest en om uiteindelijk dit inzicht te gebruiken om het belangrijke landbouwgewas maïs te verbeteren.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Beemster Gerrit
• Mandaathouder: Beemster Gerrit

Onderzoeksgroep(en)

• Geïntegreerd Moleculair Plantenfysiologisch Onderzoek (IMPRES)

Project website

Project type(s)

• Onderzoeksproject