Onderzoeksgroep
Expertise
Ik ontwikkel kwantitatieve modellen en computationele workflows om besluitrelevante inzichten te halen uit immunologische en klinische data, met focus op immunologie en infectieziekten. Mijn werk combineert mechanistische modellering met biostatistiek en verbindt binnen-gastheer immuunkinetiek met processen op populatieniveau om vaccinrespons, immuunheterogeniteit en ziektedynamiek te bestuderen. Ik bouw mechanistische en multischalige modellen, waaronder ODE-gebaseerde dynamische systemen en agent-based simulaties, voor analyse van T-cel- en antilichaamdynamiek, virale transmissie en ziekteprogressie. Daarnaast pas ik farmacometrische methoden toe (nonlinear mixed-effects modellen) en voer ik PBPK-casework uit voor exposure–response interpretatie en translationele vragen. Een belangrijk onderdeel van mijn onderzoek is end-to-end analyse van T-cell receptor (TCR) repertoiredata: van preprocessing en QC van ruwe sequencingdata tot downstream repertoirestatistiek en integratie met immuunuitkomsten. Mijn werk is opgebouwd in reproduceerbare pipelines in R, Python en MATLAB, met ondersteuning van HPC/SLURM voor grootschalige simulaties en automatische rapportering. Ik ontwikkel ook interactieve tools (o.a. R Shiny dashboards), QC-frameworks en gestandaardiseerde rapporteringsworkflows voor traceerbaarheid en hergebruik. Ik werk momenteel aan extra methodemanuscripten en preprints rond TCR-analyse en pipelineontwikkeling.