Abstract
Extra-intestinale pathogene Escherichia coli (ExPEC), in het bijzonder sepsis-geassocieerde E. coli (SEPEC), is wereldwijd een belangrijke oorzaak van bloedbaaninfecties en neonatale sepsis, maar het genomische landschap in Sub-Sahara Afrika (sSA) is nauwelijks onderzocht. Wij stellen de hypothese dat de genomische diversiteit van SEPEC-stammen in sSA verschilt van die in andere regio's en van niet-SEPEC-stammen. Om dit te onderzoeken zullen we een uitgebreide genomische karakterisering uitvoeren van SEPEC- en neonatale SEPEC-isolaten uit sSA, in de context van mondiale SEPEC-, diarree- en gemeenschapsstammen. We maken gebruik van publiek beschikbare sequentiedata, eerder gegenereerde datasets uit het CABU-EICU-project in DR Congo en Burkina Faso, en nieuw verzamelde collecties. Onze studie zal: (i) de genomische diversiteit van SEPEC in sSA beschrijven in vergelijking met mondiale SEPEC- en niet-SEPEC-stammen met behulp van geavanceerde genomische epidemiologie; (ii) genetische determinanten van pathogeniteit en antimicrobiële resistentie onderzoeken, waaronder O-antigeendiversiteit, virulentiefactoren, AMR-genen en plasmide-replicons, om hun genomische context en co-occurrencepatronen te begrijpen; en (iii) de resolutie van evolutionaire analyses verbeteren door in silico-studies van weinig onderzochte recombinatiegebeurtenissen, zoals tandem repeats, te integreren. Dit onderzoek zal cruciale inzichten bieden in de evolutie en adaptatie van SEPEC in sSA en bijdragen aan mondiale strategieën voor surveillance, preventie en behandeling van E. coli-infecties.
Onderzoeker(s)
Onderzoeksgroep(en)
Financiering
Project type(s)