Onderzoek Timon Vandamme

Abstract

T-cellen zijn niet alleen cruciale actoren in onze verdediging tegen microben, maar spelen ook een belangrijke rol bij de bescherming tegen kanker. T-cellen herkennen hun doelwitten via de T-celreceptor (TCR), welke bestaat uit een TCRa en TCRb keten. Er is aangetoond dat het TCR-repertoire tegen/in kankerweefsel het vermogen heeft om te voorspellen welke kankerpatiënten zullen reageren op therapie met checkpointremmers, waardoor het concept wordt ondersteund dat het weefselspecifieke TCR-repertoire moet worden beschouwd als een stratificatiebiomarker. Het decoderen van het gepaarde TCRab-repertoire uit het routinematig verkregen FFPE-weefsel vereist de ontwikkeling van een nieuwe single-cell workflow-methode die FFPE-weefsel-gepaarde TCRab-sequencing mogelijk maakt. Dit zou mogelijk een revolutie betekenen, niet alleen op het gebied van oncologie, maar ook op het gebied van auto-immuniteitsziekten, waarbij schadelijke T-cellen in aangetaste weefsels kunnen worden aangetroffen. In dit project zullen we een experimenteel protocol creëren, ontwikkelen en valideren om gepaarde TCRabgegevens uit FFPE-weefsel te verkrijgen.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Ogunjimi Benson
• Co-promotor: Vandamme Timon

Onderzoeksgroep(en)

• Centrum voor Gezondheidseconomisch Onderzoek en Modelleren van Infectieziekten (CHERMID)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Neuro-endocriene neoplasma's (NEN's) vereisen regelmatige controle van tumorgroei en respons op behandeling. Echter, adequate, niet-invasieve tumormarkers ontbreken op dit moment. Onlangs toonden we aan dat sequentiële genoombrede CNA (copy number alteration) profilering van circulerend celvrij DNA (ccfDNA) kan dienen als nieuwe, niet-invasieve biomarker in NEN-patiënten. Op basis van deze bevindingen willen we in dit project een nieuwe analytische aanpak, GIPXplore, onderzoeken en vergelijken met de huidige gouden standaard voor ccfDNA CNA-analyse (ichorCNA). Bovendien zullen afwijkende methylatie profielen in het ccfDNA geanalyseerd worden met behulp van de nieuwe, zeer gevoelige MSRE-smMIP-seq technologie. Beide methoden voor detectie en kwantificering van tumor-DNA zullen gecorreleerd worden aan klinische bevindingen in een uitgebreid, prospectief verzameld cohort van 250 NEN-patiënten. Dit cohort zal tot stand komen door de internationale samenwerking tussen de Belgische ENETS CoEs en het Nederlandse FORCE initiatief. Op deze manier zullen we de potentiële toegevoegde waarde van ccfDNA-analyse voor klinische besluitvorming bij NEN-patiënten valideren om zo klinische implementatie vergemakkelijken.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Vandamme Timon

Onderzoeksgroep(en)

• Centrum voor Oncologisch Onderzoek (CORE)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Neuro-endocriene neoplasieën (NENs) vertonen klinische en biologische heterogeniteit, wat diagnosticeren uitdagend maakt. Bovendien hebben NENs de neiging traag te evolueren, waardoor langdurige opvolging nodig is om tumorgroei en respons op therapie te controleren. De huidige modaliteiten voor diagnose en opvolging van NENs zijn gebaseerd op beeldvorming en (herhaalde) weefselbiopsieën, maar deze hebben verschillende tekortkomingen wat een directe impact heeft op het leven van de patiënt. Vloeibare biopsieën winnen aan belangstelling als minimaal-invasieve manier voor snelle tumordetectie en voor het verzamelen van moleculaire informatie van de tumor met circulerend tumor DNA (ctDNA) als één van de meest veelbelovende nieuwe merkers. Dit ctDNA reflecteert zowel genetische als epigenetische alteraties van de tumor. Bijgevolg beoogt dit project gebruik te maken van vloeibare biopsieën om de diagnostische nauwkeurigheid te verbeteren en real-time monitoring mogelijk te maken. Daarom zullen NEN-specifieke moleculaire alteraties, namelijk copynumber alteraties en differentieel gemethyleerde CpGs, geïdentificeerd en geselecteerd worden om detectie en kwantificatie van ctDNA mogelijk te maken. Aangezien de huidige detectiemethoden, shallow whole genome sequencing en methyleringsarrays, niet in staat zijn om zeer lage concentraties ctDNA te detecteren, zullen twee nieuwe, zeer gevoelige multiplex assays gebaseerd op DNA sequencing en foto-elektrochemie, gebruikt worden.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Vandamme Timon
• Mandaathouder: Vandamme Timon

Onderzoeksgroep(en)

• Centrum voor Oncologisch Onderzoek (CORE)

Project type(s)

• Onderzoeksproject