Onderzoeksgroep
Expertise
Mijn onderzoek richt zich op microbiële genomics, bio-informatica en microbiële evolutie. Ik bestudeer hoe bacteriën, en in het bijzonder melkzuurbacteriën, zich aanpassen aan hun omgeving en genetisch materiaal uitwisselen. Deze processen bepalen mee hun eigenschappen, hun rol binnen microbiële gemeenschappen en hun classificatie. Daarbij werk ik met uiteenlopende ecosystemen, waaronder gefermenteerde voeding en het menselijke microbioom. Door het analyseren van grootschalige microbiële datasets wil ik beter begrijpen hoe microbiële diversiteit ontstaat en hoe micro-organismen evolueren.
Recombinatiedynamiek in de evolutie van Lactobacillaceae en Enterobacteriaceae
Abstract
Recombinatie is een belangrijke evolutionaire kracht en signaal in bacteriën. De snelheid, oorsprong en impact ervan zijn onderbelicht. Dit project richt zich op fundamentele hiaten in ons begrip van recombinatiedynamica en de gevolgen daarvan voor bacteriële evolutie, taxonomie en functionele diversiteit. Lactobacillaceae en Enterobacteriaceae worden bestudeerd als ecologisch en fylogenetisch verschillende modelfamilies. Lactobacillaceae worden veel gebruikt in probiotica en voedselfermentaties, waar een nauwkeurige taxonomie essentieel is voor de veiligheid en functionaliteit. Enterobacteriaceae omvatten klinisch relevante pathogenen, waarbij resolutie op stamniveau cruciaal is voor het opsporen van uitbraken en het monitoren van antimicrobiële resistentie. We gaan homologe en plaatsspecifieke recombinatie binnen en tussen soorten beoordelen, het verband tussen variaties in recombinatiesnelheden en de levenswijze van soorten onderzoeken en het bestaan van intraspecifieke recombinatiebarrières evalueren. Hiervoor gaan we nieuwe computationele tools ontwikkelen: een recombinatiebewuste assemblagefoutdetector, verbeterde fylogenetische methoden en een schaalbare soortclassificator. De tools zullen het fundamenteel evolutionair onderzoek ondersteunen en een kader bieden voor hoe recombinatie bijdraagt aan microbiële diversificatie. Het project zal kernconcepten in microbiële evolutie en taxonomie bevorderen, met brede relevantie voor de prokaryotische biodiversiteit.Onderzoeker(s)
- Promotor: Lebeer Sarah
- Co-promotor: Van Puyvelde Sandra
- Co-promotor: Wittouck Stijn
- Mandaathouder: Eilers Tom
Onderzoeksgroep(en)
Financiering
- FWO
Project type(s)
- Onderzoeksproject