Onderzoek Wim Vanden Berghe

Abstract

Eiwitfosforylering is een omkeerbare post-translationele modificatie die een cruciale rol speelt bij het controleren van eiwitactiviteit bij gezondheid en ziekte. Het profileren van eiwitkinase-activiteit is een cruciaal onderdeel geworden in de precisiegeneeskunde van de moleculaire klinische biologie en vormt een veelbelovend hulpmiddel voor het ontdekken van therapeutische doelwitten voor nieuwe geneesmiddelen. De huidige strategieën kunnen echter alleen afzonderlijke kinase-activiteiten meten of impliceren complexe procedures en infrastructuur die hun beoordeling bemoeilijken. Het PPES-platform voert parallelle metingen uit van kinase-activiteiten door fosforyleringsveranderingen in realtime vast te leggen, waardoor een realistischer beeld ontstaat van de cellulaire signaleringstoestanden en moleculaire netwerkmechanismen die werkzaam zijn in het ziekteproces of geneesmiddel werkingsmechanisme. De PPES-servicefaciliteit voor Global Kinase Activity-profilering (https://www.kinases-epigenetics-ppes.com/) gebruikt het Pamstation 12 toestel (Pamgene NVA, Nederland), een volledig geautomatiseerd instrument dat is ontworpen om peptide-microarrays (pamchips) te verwerken. Deze technologie maakt gelijktijdige meting van meerdere kinase-activiteiten mogelijk (activering of remming) door zeer gevoelige meting van de fosforyleringsdynamiek van 144 serine/threonine of 196 tyrosine kinase peptidesubstraten, aanwezig in (klinische) biosamples van belang (cellen, weefsels, organoïden, ipscs, patiëntenbiopten). Onze groep heeft unieke expertise opgebouwd in de profilering van kinase-activiteit in een breed scala aan biologische monsters, waaronder cellijnen (glioblastoom, pancreaskanker, neuroblastoom, multipel myeloom, T-cel acute lymfatische leukemie, borstkanker), cellen en van patiënten afkomstige xenotransplantaten, van patiënten afkomstige organoïden, biologische stalen van muis en menselijk weefsel (hersenen en colon), en vloeibare biopsieën van patiënten. Door combineren van "farmacologie on-chip" evaluatie van kinaseremmers enerzijds en nieuwe systeembiologische integratie vana kinoom-gegevens met andere omics-technieken (bijv. transcriptoom-, fosfo-proteoom- en epigenoomgegevens) anderzijds, wordt het eenvoudiger om kinase doelwitten voor nieuwe geneesmiddel-toepassingen experimenteel te valideren. Onze technologie kan worden toegepast in een breed spectrum van fundamenteel, translationeel, diagnostisch en klinisch onderzoek: a) Identificeren van nieuwe therapeutische doelwitten bij therapieresistentie, b) om werkingsmechanisme te achterhalen van farmacologische verbindingen, of voedingsbestanddelen, c) het uitvoeren van kinase interactiestudies, d) voor enzymatische karakterisering van nieuwe of gemuteerde kinasen, e) voor de identificatie van substraten voor nieuwe, gemuteerde of posttranslationeel gemodificeerde kinasen, f) identificatie van diagnostische biomerkers voor therapiegevoeligheid/resistentie en g) evaluatie van farmacologische geneesmiddeldosering of combinatietherapie. Met het IOF-serviceplatform, willen we toegevoegde waarde creëren door combinatie van Biotech- en ICTservices om de commerciële groei (valorisatie) van het initiële (reeds draaiende) platform nog verder kunnen versterken. We zullen de service aanbieden aan academische onderzoeksgroepen, klinische onderzoekslaboratoria, evenals geneesmiddelenscreening, farmaceutische en biotechbedrijven.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Vanden Berghe Wim
• Co-promotor: Van Laere Steven

Onderzoeksgroep(en)

• Proteïne-biochemie, proteoom & epigenoom signaalmechanismen (PPES)

Project website

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

De huidige infrastructuuraanvraag voorziet in een uitbreiding van de platformen voor fundamenteel basisonderzoek en geneesmiddelonderzoek voor infectieziekten en inflammatie aan de Universiteit Antwerpen. Uitbreiding is noodzakelijk om flexibele en veelzijdige beeldvorming en biochemische analyses in levende cellen mogelijk te maken, met de mogelijkheid tot hoge doorvoer. Het apparaat zal worden ingebed in een high-end immunoprofileringsplatform en BSL-2-omgeving bij het Laboratorium voor Microbiologie, Parasitologie en Hygiëne (LMPH) waar onderzoek met infectieuze microbiële organismen mogelijk is. De TECAN SPARK Cyto 600 is een zeer veelzijdige multimodale plaatlezer die cellulaire en in situ moleculaire testen mogelijk maakt in gecontroleerde omgeving (O2/CO2 , vochtigheid en temperatuur) met realtime absorptie-, fluorescentie- en luminescentiemetingen. Er zijn drie verschillende mogelijkheden voor optische metingen door gebruik van filters, monochromators of fusie-optica, waardoor het compromis tussen gevoeligheid en flexibiliteit wordt geëlimineerd. De unieke functie voor het optillen van het deksel maakt substraattoevoeging of activering van immune cellen mogelijk via de meegeleverde 2-kanaalsinjector. SPARK Cyto 600 is uitgerust met 2×, 4× en 10× objectieven en een CMOS-camera om live cell imaging mogelijk te maken. Naast bright field is fluorescente beeldvorming voorzien in 4 optische kanalen met de mogelijkheid van Time-Resolved Fluorescence (TRF) en Fluorescence Resonance Energy Transfer (FRET). Een bijkomend voordeel is de compatibiliteit met Alpha Technology, bead-gebaseerde proximiteitsassays waarvoor geoptimaliseerde filters en laser-gebaseerde excitatie geïntegreerd zijn. Terwijl concurrerende systemen voor live celbeeldvorming zich beperken tot bright field en fluorescentiemetingen, maakt de SPARK Cyto 600 ook realtime detectie van gloei- en flitsluminescentiesignalen en Bioluminescence Resonance Energy Transfer (BRET)-toepassingen mogelijk om gevoelige real-time opvolging van eiwit-eiwit interacties in cellen mogelijk te maken. Gezien de grote veelzijdigheid en dringende behoefte aan dergelijke apparatuur voor onderzoek naar infectie- en ontstekingsziekten, zal dit unieke apparaat real-time beeldvorming van zowel cellulaire als moleculaire responsen onder gecontroleerde omstandigheden mogelijk maken. Deze nieuwe infrastructuur zal daarom het onderzoek van tal van onderzoeksgroepen aan Universiteit Antwerpen een impuls geven en zal bijdragen tot fundamentele inzichten op cellulair en moleculair niveau en tot de ontwikkeling van nieuwe therapieën en diagnostiek.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Caljon Guy
• Co-promotor: Augustyns Koen
• Co-promotor: Sterckx Yann
• Co-promotor: Vanden Berghe Wim
• Co-promotor: Wullaert Andy

Onderzoeksgroep(en)

• Laboratorium voor Microbiologie, Parasitologie en Hygiëne (LMPH)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Epigenetische regulatie blijkt een rol te spelen bij de resistentie tegen ferroptose therapie. Ferroptose wordt in toenemende mate erkend als een veelbelovende behandelingsoptie voor kanker. Momenteel ontbreken diagnostische hulpmiddelen die de gevoeligheid van tumoren voor ferroptose meten. Daarom zal in dit Baekeland PhD project een multi-stappen aanpak worden toegepast om (i) een "ferroptomics" epifingerprint te identificeren die deze ferroptose gevoeligheid bepaalt, (ii) een gevoelige, kost-efficiënte en draagbare nFERROCATCH assay te ontwikkelen om ferroptose gevoeligheid te voorspellen op basis van TGS, een van de in house technieken van OHMX.bio (precisiediagnostiek op basis van Nanopore sequencing) en (iii) valideren van de assay aan de hand van experimentele en klinische stalen. Deze nFERROCATCH assay zal worden aangeboden als een dienst en kan ook verder gecommercialiseerd worden.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Vanden Berghe Tom
• Co-promotor: Vanden Berghe Wim
• Mandaathouder: Vintea Iuliana

Onderzoeksgroep(en)

• Pathofysiologie

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

De onderzoeksactiviteiten van het consortium IPPON (Integrated Personalized & Precision Oncology Network) leveren een belangrijke bijdrage aan geïntegreerde gepersonaliseerde kankergeneeskunde, met de nadruk op 1) het ontwikkelen van nieuwe en effectievere therapeutische strategieën; 2) een verbeterde detectie en een groter inzicht in mechanismen van therapeutische resistentie; en 3) het identificeren en valideren van biomerkers voor vroege opsporing en gepersonaliseerde therapie, in verschillende kankertypes met een hoge nood aan verbeterde therapeutische resultaten. Ons doel is om op deze manier op het juiste moment de juiste behandeling aan de juiste kankerpatiënt te geven. Nieuwe en internationaal belangrijke strategieën tegen kanker die we onderzoeken, omvatten - maar zijn niet beperkt tot - locoregionale perfusie, doelgerichte therapie, immunotherapie, koude atmosferische plasmatherapie en nieuwe combinatietherapieën. We zijn ervan overtuigd dat de interdisciplinaire samenwerking tussen basis-, translationele en klinische onderzoekers, gekatalyseerd via dit consortium, ons in staat zal stellen om brandende onderzoeksvragen en klinische onvervulde behoeften aan te pakken om zo het domein van gepersonaliseerde kankergeneeskunde vooruit te stuwen. De leden van ons consortium brengen ongeëvenaarde toegang tot biobankpatiëntsamples en tot een specifieke klinische fase I/II oncologische studie-unit samen met een unieke en complementaire reeks methoden en vaardigheden die het hele spectrum omvatten van moleculaire technieken, 2D en 3D cellulaire testen (in vitro en ex vivo), dierstudies met kleine en grote dieren en klinische studies. IPPON verenigt experts met een excellente track record op het gebied van fundamenteel, translationeel en klinisch kankeronderzoek naar nieuwe chirurgische technieken, doelgerichte therapie, immunotherapie, (epi)genomics, (epi)transcriptomics, proteomics, imaging, vloeibare biopsieën, pathologie en klinische studies.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Peeters Marc
• Co-promotor: Dewilde Sylvia
• Co-promotor: Hendriks Jeroen
• Co-promotor: Lardon Filip
• Co-promotor: Pauwels Patrick
• Co-promotor: Smits Evelien
• Co-promotor: Van Dam Peter
• Co-promotor: Van den Wyngaert Tim
• Co-promotor: Vanden Berghe Wim

Onderzoeksgroep(en)

• Centrum voor Oncologisch Onderzoek (CORE)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

COVID-19 is de infectieziekte die veroorzaakt wordt door het SARS-CoV-2 virus. Het virus is wereldwijd verspreid en deze uitbraak wordt door de Wereldgezondheidsorganisatie erkend als een pandemie. De klinische presentatie van een SARS-CoV-2 virale infectie varieert van asymptomatisch, verkoudheidsverschijnselen of grieperig gevoel tot zeer ernstige bilaterale longontsteking en de dood. De mortaliteit is het hoogst in de oudere bevolking of mensen met bestaande onderliggende aandoening zoals kanker. Daarnaast werd reeds aangetoond dat in patiënten met een ernstige COVID- 19 infectie de cytokine waardes in het bloed erg verhoogd zijn, wat kan leiden tot orgaan falen. Aangezien in kankerpatiënten de cytokine productie reeds sterk verhoogd is door hun ziekte en door de behandeling, impliceert dit een hogere vatbaarheid voor het ontwikkelen van ernstige COVID-19 wanneer een overdreven immuunreactie op dit virus nog meer cytokines produceert ("cytokine storm"). Het doel van dit project is om preventief te kunnen opsporen wanneer er zich een risico vormt tot het ontwikkelen van een "cytokine storm" zodat potentiële therapie zoals cytokine-inhibitoren kan aangewend worden. Om dit te bewerkstelligen zal de reactie van het immuun systeem op een SARS-Cov2 infectie in kaart gebracht worden in dit project. Dit zal gebeuren door immunologische testen uit te voeren op bloedstalen afkomstig van kankerpatiënten en een gezonde populatie medewerkers van de oncologische units die seropositief zijn voor de SARS-CoV-2 infectie. Zowel bloedstalen afkomstig van symptomatische als van de asymptomatische COVID-19 personen zullen immunologisch onderzocht worden. De immunologische testen omvatten immunoassays, flowcytometrie en immunomethylomics. De collectie van bloedstalen is reeds gestart eind maart 2020 en de inclusie periode bedraagt 3 maanden zodat de vroege fase, de piekfase en de uitdovende fase van de pandemie omvat wordt. Bij kankerpatiënten wordt tijdens routine bloedafnames toestemming gevraagd voor het afnemen van extra bloedstalen. Bij de groep gezonde medewerkers wordt maandelijks een bloedstaal gevraagd ( 4 stalen in per deelnemer). Allereerst zullen aan de hand van een serologische test de seropositieve stalen opgespoord worden. Deze resultaten leveren ook inzicht op met betrekking tot de proportie geïnfecteerde hoog risico patiënten in een ziekenhuisomgeving. Aan de hand van de immunologische testen zal de immuunreactie vergeleken worden tussen de symptomatische kankerpatiënten en asymptomatische kankerpatiënten en "matched controlled" gezondheidsmedewerkers. Op deze manier kunnen immunologische risicofactoren tot het ontwikkelen van ernstige COVID-19 geïdentificeerd worden en kan een nieuwe uitbraak op wetenschappelijk verantwoorde manier bestreden worden.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Van Dam Peter
• Co-promotor: Huizing Manon
• Co-promotor: Peeters Marc
• Co-promotor: Vanden Berghe Wim
• Co-promotor: Vulsteke Christof

Onderzoeksgroep(en)

• Centrum voor Oncologisch Onderzoek (CORE)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Obesitas is een belangrijk gezondheidsprobleem, enerzijds door de toenemende prevalentie en anderzijds vanwege de bijbehorende morbiditeit. Het wordt geassocieerd met vetophoping in vetweefsel en niet-vetweefsel zoals lever en skeletspier. Ectopisch vet in de lever (non-alcoholic fatty liver disease, NAFLD) leidt tot dyslipidemie en insulineresistentie, en een verhoogd risico op de ontwikkeling van diabetes type 2. Naast calorierijke voeding en gebrek aan lichaamsbeweging, wordt ook blootstelling aan pesticiden en endocrien verstorende chemische stoffen vandaag steeds meer erkend als een "obesogene" risicofactor. Uit recente genoom- en epigenoomwijde associatiestudies blijkt bovendien dat er een belangrijke wisselwerking is tussen vele obesitas-geassocieerde genetische varianten en omgevingsfactoren (voeding, pesticiden, lichaamsbeweging, alcoholgebruik, roken, drugs, medicijnen) met DNA methylatieveranderingen op proximale promotors en enhancers. Zo hebben we onlangs een sterke associatie vastgesteld tussen het paraoxonase 1 (PON1) p.Q192R genotype, pesticide blootstelling en epigenetische (her)programmering van endocriene signaalwegen verantwoordelijk voor obesitas en hoog lichaamsvetgehalte. PON(1-3) eiwitten hydrolyseren verschillende pesticiden, een aantal exogene en endogene lactonen en metaboliseren toxische geoxideerde low/high density lipoproteïnen (LDL en HDL). Een daling van PON(1-3) expressie resulteert echter in een ongunstige vetstofwisseling, is een belangrijke risicofactor voor cardiometabolische ziekte en is onlangs ook vastgesteld bij kinderen en volwassenen met obesitas, leversteatose en het zwaardere subtype van steatohepatitis. Gezien de cruciale rol van PON-eiwitten bij de bescherming tegen schadelijke vervuiling en pesticide blootstelling in het milieu en obesitas, is er een dringende behoefte aan verder moleculair en klinisch onderzoek naar de (epi)genetische regulatiemechanismen betrokken bij PON(1-3) expressie. In deze GOA, willen we verder onderzoek doen naar het verband tussen klinisch gekarakteriseerde obesitas fenotypes met genetische PON(1-3)-varianten (SNP polymorfismen, gencopij varianten), overeenkomstige epigenetische DNA-methylatieveranderingen in het PON(1-3) locus en PON(1-3) expressie in bloed, lever, vet- of serum-stalen van klinische patiënten-cohorten gediagnosticeerd met obesitas, NAFLD /NASH en dit in relatie tot pesticide blootstelling of een medische behandeling (liraglutide of bariatrische chirurgie). Functioneel onderzoek naar de genetische-epigenetische wisselwerking bij PON(1-3) expressie na blootstelling aan pesticiden of na medische ingrepen zal verder worden onderzocht in relatie tot de biochemische parameters van obesitas / leversteatose /vetceldifferentiatie in celmodellen in vitro en in een zebravismodel in vivo. Als zodanig, kan een beter begrip van variabele PON(1-3) regulatie van obesitas-geassocieerde fenotypes door schadelijke pesticiden of interventiestrategieën nieuwe perspectieven bieden om obesitas te voorkomen en/of de cardiometabole gezondheid te bevorderen.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Van Hul Wim
• Co-promotor: Francque Sven
• Co-promotor: Knapen Dries
• Co-promotor: Vanden Berghe Wim

Onderzoeksgroep(en)

• Medische Genetica (MEDGEN)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit project richt zich op de Kichwa-gemeenschap in het bijzonder in de stad Tena en verschillende verstedelijkingsgebieden rond de provincie Napo in Ecuador. We proberen de rol van de zuivelvoeding bij Kichwa-moeders en hun invloed op hun kind tijdens de borstvoeding te onderzoeken. Dit zal gebeuren door de beschikbaarheid van voedsel, de sociaal-culturele omgevingen en de overspraak met voedings-gezondheidsfactoren in het mondspeekselepigenoom / microbioom van de moeders en kinderen tijdens de borstvoeding in Tena te onderzoeken. Dit voorstel is cruciaal omdat (i) het de culturele betekenis identificeert van het voedselselectieproces voor deze plattelandsbevolking (ii) de voedings-, gezondheids- en omgevingsfactoren bij moeders en kinderen identificeert. (iii) Het bepaalt de invloed van het dieet van de moeder op het speekselepigenoom / microbioom van de kinderen, (iv) het creëert preventieprogramma's en gezondheid-voedingsbeleid, (v) het bevordert het gebruik van traditioneel lokaal voedsel en bevordert nieuw onderzoek in de volksgezondheid.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Vanden Berghe Wim

Onderzoeksgroep(en)

• Proteïne-biochemie, proteoom & epigenoom signaalmechanismen (PPES)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Alzheimer's dementia (AD) is increasingly being recognized as one of the most important medical and social problems in older people in industrialized and non-industrialized nations. Sofar, little is known about possible changes in protein kinase activity in the pathology of AD progression. Today, kinase inhibitors upstream or downstream of amyloid-β oligomer signaling hold promise as effective disease modifying strategies to attenuate or prevent AD progression. In this respect, there is an urgent need to investigate changes in protein kinase activity and the associated signalling pathways during AD progression and the potential of these kinases to be used as diagnostic biomarkers and drug targets. The low benefit of drugs which target one single kinase has enforced research towards multitargeting kinase inhibitor strategies in AD drug-discovery and to develop brain-permeable multitargeting protein kinase inhibitors with low cellular toxicity which attenuate protein kinase hyperactivity but do not block their physiological activity levels in normal cells. In the current proposal we will combine phosphopeptidome profiling and functional kinase silencing approaches in the transgenic AD model APP23 and relevant cell and/or brain organoid models to characterize the Ser/Thr/Tyr kinome inhibitor profile of 2 promising AD modifying therapeutic compounds withaferin A and saracatinib AZD0530 which already have shown to attenuate and/or reverse AD pathology in vivo.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Vanden Berghe Wim

Onderzoeksgroep(en)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Glucocorticoïde (GC) hormoontherapie wordt frequent gebruikt als behandeling voor verschillende bloedkankers, waaronder acute lymfatische leukemie (ALL), chronische lymfatische leukemie (CLL), multipel myeloma (MM), Hodgkin en non-Hodgkin lymfomen. Deze kwaadaardigheden die kinderen, jonge volwassenen en ouderen beïnvloeden, worden allemaal gekenmerkt door de abnormale groei van cellen uit de myeloïde of lymfoïde afstamming. Ondanks het gebruik van GC als succesvolle anti-kanker geneesmiddelen, worden de meeste patiënten op termijn hiervoor resistent wat meestal resulteert in een slechte prognose. Ofschoon de gemiddelde overleving van leukemiepatiënten is verbeterd de voorbije jaren en gemiddeld ongeveer 45% bedraagt 10 jaar na de initiële diagnose, is er een subgroep van hoogrisico patiënten met agressieve leukemie die vroegtijdig sterven binnen de vijf jaar na initiële diagnose. De oorzaak van GC resistentie is nog niet opgehelderd. Kankercellen zijn namelijk zeer namelijk meesterbedriegers door hun snelle aanpassingsvermogen om via ingenieuze veranderingen in genexpressie, GC opgewekte celdoodmechanismen te blokkeren en kankertherapie te omzeilen. In dit licht heeft dit project twee hoofddoelstellingen: 1. het preklinisch testen van withaferine A, afgezonderd uit de medicinale plant withania somnifera ("Ashwagandha" genoemd in de traditionele Ayurvedische geneeskunde), voor het overwinnen van GC therapieresistentie. 2. het preklinisch valideren van nieuwe diagnostische biomerkermethodes die GC en/of WA therapiegevoeligheid voorspellen in hoogrisico B-cel of T-cel leukemie en/of multipel myeloom patiëntstalen met een slechte prognose. Ondanks zijn veelbelovende therapeutische eigenschappen in vitro, werd Withaferine A (combinatie)therapie met GC nog niet gevalideerd in leukemiemodellen in vivo, door gebrek aan betrouwbare muismodellen voor B-cel, T-cel leukemie en/of multipel myeloom. Bovendien is er zeer weinig commerciële interesse in preklinische studies met Withaferine A, omdat natuurlijke producten niet gepatenteerd kunnen worden (weinig return on investment, onvoldoende winstmarge) en omdat zuivering van plantenextracten of volledige stereoselectieve synthese van complexe natuurlijke moleculen problematisch kan zijn voor kwaliteitscontrole bij biomedische geneesmiddeltoepassingen. In dit project zullen de krachten gebundeld worden van het PPES labo (Universiteit Antwerpen) van Prof. W. Vanden Berghe en het labo voor bloedcel- ontwikkelingsziektes van Prof. P. Van Vlierberghe (centrum voor Medische Genetica, Universiteit Gent). In eerste instantie zal WA chemosensitisatie van GC-resistente B- en T-cel leukemie-, en multipel myelomacellen van Withaferine A preclinisch worden geëvalueerd in verschillende in vitro (celmodellen) en in vivo modellen (genetisch gemanipuleerde muismodellen en patiënt-afgeleide xenograften bij immunodeficiënte dieren). In tweede instantie zal een nieuwe biomerkertechnologie worden ontwikkeld die op basis van een fosfopeptide vingerafdruk van de tumorcellen van de patiënt de GC therapiegevoeligheid (of resistentie) en therapie-sensitiserende werking van Withaferine A combinatietherapie kan inschatten. Deze methode kan in de toekomst verder klinisch worden gevalideerd als een diagnostisch en / of voorspellend hulpmiddel voor gepersonaliseerde therapeutische toepassingen bij Withaferine A behandeling van GC therapieresistente in B- of T-cel leukemie of multipel myeloompatiënten.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Vanden Berghe Wim

Onderzoeksgroep(en)

• Proteïne-biochemie, proteoom & epigenoom signaalmechanismen (PPES)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit project heeft als doel de huidige sequentie infrastructuur, beschikbaar aan de Universiteit Antwerpen (UA), naar een volgend niveau te tillen door middel van de aankoop van een derde generatie sequentie (3GS) platform. Het toppunt van deze derde generatie sequencers, de PacBio Sequel, maakt gebruik van het natuurlijk replicatieproces om individuele DNA moleculen uit te lezen tijdens het replicatieproces. 3GS opent op die manier nieuwe deuren voor sequentie-gebaseerd onderzoek voor dit consortium dat bestaat uit 14 UA onderzoeksgroepen uit verschillende vakgebieden zoals geneeskunde, biologie en bioinformatica. Bijkomend hebben een aantal derde partijen toegezegd deze technologie te willen gebruiken voor hun lopende en toekomstige onderzoeksprojecten. Binnen dit consortium zal 3GS gebruikt worden om prokaryote en eukaryote genomen te sequeneren, inclusief moeilijk te sequeneren deelgebieden, nieuwe genen en mutaties te identificeren in diverse zeldzame Mendeliaanse stoornissen, epigenetische modificaties te identificeren om aldus een beter begrip te krijgen van biologische processen zoals genexpressie en gastheer-pathogeen interacties, het microbioom van de mens, muis en omgeving in kaart te brengen en dit in relatie met bepaalde ziektebeelden en verschillende stresfactoren uit de omgeving, nieuwe preventiestrategieën te ontwikkelen voor infectiegeassocieerde ziekten met het oog op betere doelwitten voor medicijnen. De analyse van de grote hoeveelheden genoom en transcriptoom data van de verschillende onderzoeksgroepen zal gecoördineerd worden door de UZA/UA bioinformatica groep Biomina

Onderzoeker(s)

• Promotor: Malhotra Surbhi
• Co-promotor: Kumar-Singh Samir
• Co-promotor: Laukens Kris
• Co-promotor: Mortier Geert
• Co-promotor: Smet Annemieke
• Co-promotor: Van Rie Annelies
• Co-promotor: Vanden Berghe Wim

Onderzoeksgroep(en)

• Laboratorium voor Medische Microbiologie (LMM)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Elk jaar worden meer dan 22.000 mensen gediagnosticeerd met multipel myeloom (MM). Bij dit type kanker hopen maligne plasmacellen zich oncontroleerbaar op in het beenmerg en veroorzaken verwoestende en vaak dodelijke symptomen. Hoewel er tegenwoordig verschillende therapieën bestaan die de kwaliteit van leven en de overlevingskans kunnen verbeteren, worden de kankercellen vaak resistent waardoor de ziekte ongeneeslijk wordt. Vandaar wordt momenteel een nieuwe en veelbelovende klasse voor geneesmiddelen tegen kanker onderzocht, die bekend staat als epigenetische (modificerende) geneesmiddelen. In deze nieuwe behandelingsaanpak ligt de focus op het herstellen van de vervormde genexpressie en epigenetisch gewijzigde plasmacellen die beide verantwoordelijk zijn voor het kwaadaardige karakter van de ziekte en de toegenomen therapieresistentie. Dit project heeft tot doel het werkingsmechanisme van een nieuwe klasse van epigenetische bioactieve fytochemicaliën zoals Withaferin A op te lossen, die therapieresistentie in MM kan overwinnen. Recente studies in het laboratorium (PPES) suggereren dat het therapeutisch potentieel van Withaferin A ligt in zijn vermogen om genexpressie te veranderen en zelfs kankerceldood te induceren via een nieuwe alternatieve oxidatieve stress en ijzerafhankelijke vorm van celdood, genoemd "ferroptosis". Door het combineren van meerdere innovatieve farmacologische (farmacologie op een chip), proteomische en epigenomische strategieën, proberen we epigenetische controlemechanismen van Withaferin A-afhankelijke ferroptose te identificeren om therapieresistentie bij multipel myeloom te overwinnen.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Vanden Berghe Wim
• Mandaathouder: Logie Emilie

Onderzoeksgroep(en)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit project combineert de prioriteiten van VLIR - UOS van Volksgezondheid met de ICT-ontwikkeling en het milieubeleid en -beheer in Cuba. Gepersonaliseerde geneeskunde is een van de belangrijkste doelen van de moderne geneeskunde in de zoektocht naar duurzame therapie en welzijn van de patiënt. Karakterisering van de geografische spreiding van genotypes en epigenetische biomarkers tussen de etnische groepen van de Cubaanse bevolking in combinatie met bio-informatica en moleculaire technieken moet toelaten om de cost-efficiëntie van longkankertherapie in Cuba te verbeteren.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Vanden Berghe Wim

Onderzoeksgroep(en)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit project heeft als doel de implementatie van een referentie centrum voor farmaceutische en farmacologische studies in Cuba ter ondersteuning van het gebruik van formulaties op basis van inheemse natuurproducten. Dit omvat de bereiding van plantenextracten, extractie en opzuivering, analyse en structuuropheldering, farmacologische evaluatie, en ontwikkelen van systemen voor optimale biologische beschikbaarheid. Dit dient te gebeuren volgens internationale standaarden, om het gebruik van natuurproducten in het National System of Health (NSH) in Cuba te bevorderen.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Apers Sandra
• Promotor: Pieters Luc
• Co-promotor: Kiekens Filip
• Co-promotor: Pieters Luc
• Co-promotor: Vanden Berghe Wim

Onderzoeksgroep(en)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit project betreft fundamenteel kennisgrensverleggend onderzoek gefinancierd door het Fonds voor Wetenschappelijk Onderzoek-Vlaanderen. Het project werd betoelaagd na selectie door het bevoegde FWO-expertpanel.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Van Der Linden Annemie
• Co-promotor: Ponsaerts Peter
• Co-promotor: Vanden Berghe Wim
• Mandaathouder: Kara Firat

Onderzoeksgroep(en)

• Bio-imaging lab

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit project kadert in een onderzoeksopdracht tussen enerzijds UA en anderzijds de Herculesstichting. UA levert aan de Herculesstichting de onderzoeksresultaten genoemd in de titel van het project onder de voorwaarden zoals vastgelegd in voorliggend contract.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Vanden Berghe Wim
• Co-promotor: Kooy Frank
• Co-promotor: Lardon Filip
• Co-promotor: Pauwels Patrick
• Co-promotor: Van Ostade Xaveer

Onderzoeksgroep(en)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit project betreft fundamenteel kennisgrensverleggend onderzoek gefinancierd door het Fonds voor Wetenschappelijk Onderzoek-Vlaanderen. Het project werd betoelaagd na selectie door het bevoegde FWO-expertpanel.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Vanden Berghe Wim

Onderzoeksgroep(en)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Op voorstel van de Universiteit, kent de Francqui-Stichting elk jaar twee Francqui-Leerstoelen toe aan de UAntwerpen. Deze zijn bedoeld om de uitnodiging mogelijk te maken van een Professor van een andere Belgische Universiteit of uit het buitenland, voor een reeks van tien lesuren. De Francqui-Stichting betaalt aan de titularis van een Francqui-Leerstoel het honorarium voor deze tien lessen.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Vanden Berghe Wim

Onderzoeksgroep(en)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit project betreft fundamenteel kennisgrensverleggend onderzoek gefinancierd door het Fonds voor Wetenschappelijk Onderzoek-Vlaanderen. Het project werd betoelaagd na selectie door het bevoegde FWO-expertpanel.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Vanden Berghe Wim
• Co-promotor: Van Ostade Xaveer

Onderzoeksgroep(en)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

De snelle ontwikkeling van analytische methodes zoals "Next Generation Sequencing" en Massaspectrometrie zorgt momenteel voor een exponentiële groei aan datasets en toenemende vraag naar systemische analyse van transcriptoom-, epigenoom- en proteoomdatasets in systeembiologisch onderzoek. De grootte en diversiteit van datasets bij routineonderzoek is daarbij spectaculair toegenomen. De toegenomen opslagcapaciteit en beschikbaarheid van datasets heeft reeds geleid tot de ontwikkeling van diverse bioinformatica toepassingen die toelaten om specifieke datasets te interpreteren. Echter, aparte analyses van verschillende types data volstaan niet meer om complexe biologische processen en ziektes te begrijpen. Om meer inzicht te krijgen op verschillende regulatieniveaus (proteoom, transcriptoom, epigenoom) is een geïntegreerde aanpak nodig waarbij verschillende "omics"-lagen gecombineerd worden bij de analyses. Deze aanpak is echter nog onvoldoende ontwikkeld in de bioinformatica waardoor veel datasets onderbenut worden bij datamining. In het PPES labo voor proteomics & epigenetische signalisatie werden reeds parallelle transcriptoom, epigenoom and chemoproteoom experimenten uitgevoerd in kankercellen behandeld met een beloftevol tumorselectief anti-kankermiddel Withaferine A, met de bedoeling meer inzicht te verwerven in de chemosensitiserende werking van Withaferin A. Door een geïntegreerde analyse van de beschikbare dataets, willen we cruciale eiwitten/signaalwegen identificeren die betrokken zijn bij de chemosenstiserende anti-kankerwerking van Withaferin A. In dit project zullen nieuwe bioinformatica methodes worden ontwikkeld en bestudeerd die geïntegreerde analyse toelaten van 3 quantitatieve omics datatypes (transcriptoom, epigenoom en proteoom), die zeer relevant zijn voor toekomstige data-analyses binnen/buiten de universiteit.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Vanden Berghe Wim
• Co-promotor: Laukens Kris
• Mandaathouder: Naulaerts Stefan

Onderzoeksgroep(en)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit project kadert in een onderzoeksopdracht tussen enerzijds UA en anderzijds VLIR . UA levert aan VLIR de onderzoeksresultaten genoemd in de titel van het project onder de voorwaarden zoals vastgelegd in voorliggend contract.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Vanden Berghe Wim

Onderzoeksgroep(en)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit 'proof-of-concept' onderzoek spitst zich toe op de ontwikkeling van innovatieve langdurig werkzame en selectieve glucocorticoïde receptor agonisten voor de topicale behandeling van cutane inflammatoire ziekten zoals atopische dermatitis en psoriasis.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Augustyns Koen
• Co-promotor: Joossens Jurgen
• Co-promotor: Lambert Julien
• Co-promotor: Maes Louis
• Co-promotor: Sobott Frank
• Co-promotor: Van Der Veken Pieter
• Co-promotor: Vanden Berghe Wim

Onderzoeksgroep(en)

• Medicinale chemie (UAMC)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Glucocorticoïden (GC) zijn succesvolle therapeutica voor de behandeling van acute en chronische inflammatoire aandoeningen. desalniettemin zijn er belangrijke klinische nadelen aan verbonden. Het algemene doel van dit project is de moleculaire basis van deze problemen te onderzoeken daar ze een succesvolle brede toepassing van GC verhinderen.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Vanden Berghe Wim

Onderzoeksgroep(en)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit project kadert in een onderzoeksopdracht tussen enerzijds UA en anderzijds VLIR. UA levert aan VLIR de onderzoeksresultaten genoemd in de titel van het project onder de voorwaarden zoals vastgelegd in voorliggend contract.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Vanden Berghe Wim

Onderzoeksgroep(en)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Therapieresistente metastatische tumoren met een slechte overlevingsprognose worden dikwijls gekenmerkt door een sterk inflammatoir genexpressieprofiel, zuurstof- en voedselschaarste (hypoxie- en hypoglycemie). In dit project zal in macrofagen en diverse kankercelmodellen de invloed worden nagegaan van gecombineerde hypoxie en inflammatie, op NFkB-, Stat3- en HIF-signalisatiemechanismen die inwerken op epigenetische programmering door PML, Jmjd3, LSD1 en SIRT1 chromatine-geassocieerde eiwitten

Onderzoeker(s)

• Promotor: Vanden Berghe Wim
• Co-promotor: Van Ostade Xaveer

Onderzoeksgroep(en)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Korte blootstelling aan voedingsstoffen, toxines, endocriene verstoorders, hormonen, honger, stress kan langdurige gevolgen hebben door epigenetische mechanismenen (chromatinecode, DNA-methylatie, niet-coderende RNAs) die de interpretatie en expressie van de genetische DNA-blauwdruk beïnvloeden. Zo worden chronische inflammatie-condities epigenetisch geregistreerd in het genoom, wat resulteert in toename of versnelde progressie van diverse ziektes, zoals onstekingsziektes (astma, rheuma), autoimmuunziektes, kanker, neurodegeneratie, cardiovasculaire ziektes, zwaarlijvigheid en veroudering. In dit onderzoek zal de invloed van dieet en omgevingsfactoren worden bestudeerd op epigenetische controle van immuunhomeostase in gezondheid en ziekte.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Vanden Berghe Wim
• Mandaathouder: Vanden Berghe Wim

Onderzoeksgroep(en)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Korte blootstelling aan voedingsstoffen, toxines, endocriene verstoorders, hormonen, honger, stress kan langdurige gevolgen hebben door epigenetische mechanismenen (chromatinecode, DNA-methylatie, niet-coderende RNAs) die de interpretatie en expressie van de genetische DNA-blauwdruk beïnvloeden. Zo worden chronische inflammatie-condities epigenetisch geregistreerd in het genoom, wat resulteert in toename of versnelde progressie van diverse ziektes, zoals onstekingsziektes (astma, rheuma), autoimmuunziektes, kanker, neurodegeneratie, cardiovasculaire ziektes, zwaarlijvigheid en veroudering. In dit onderzoek zal de invloed van dieet en omgevingsfactoren worden bestudeerd op epigenetische controle van immuunhomeostase in gezondheid en ziekte.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Vanden Berghe Wim

Onderzoeksgroep(en)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Onderzoeker(s)

• Promotor: Dewilde Sylvia
• Promotor: Moens Luc
• Promotor: Van Ostade Xaveer
• Promotor: Vanden Berghe Wim

Onderzoeksgroep(en)

• Proteïne-biochemie, proteoom & epigenoom signaalmechanismen (PPES)

Project type(s)

• Onderzoeksproject