De belangrijkste doelstelling van het IMDO is het behandelen van een grote waaier aan milieuthema's op een interdisciplinaire manier. Het instituut werkt samen met onderzoeksgroepen in de sociale en natuurwetenschappen. Deze samenwerking resulteert in de organisatie van interdisciplinaire programma's voor onderwijs en onderzoek.
Op het gebied van milieuwetenschappen en duurzame ontwikkeling biedt het IMDO een forum voor de uitwisseling van informatie over analyse, effecten en oplossingen, sociaaleconomische aspecten, recht en beleid, de ecologische en maatschappelijke context, onderwijs.
Het instituut wil ook wetenschappelijke kennis verspreiden door beleids- en maatschappijrelevante projecten uit te voeren of te stimuleren en door onderwijs- en opleidingsprogramma's voor verschillende doelgroepen te organiseren.