Onderzoeksgroep

Medische biochemie

Expertise

- Prolyloligopeptidase in het centraal zenuwstelsel en prolyloligopeptidase remmers: nieuw strategiën voor de behandeling van neurodegeneratieve ziekten en Carboxypeptidase M: substraten en interactiepartners met relevantie in de fysiologie en de pathologie (nier, vetweefsel). - Eiwit engineering en structuurgebaseerde ontwikkeling van geneesmiddelen: aspecten van enzymologie, eiwitchemie en moleculaire biologie. Know-how in enzymologie: onderzoek naar katalyrtische mechanismen, kinetiek en remmer karakterisatie. Enzymen momenteel bestudeerd: prolyl oligopeptidase, carboxypeptidase M, dipeptidyl peptidase van porphyromonas gingivalis. Andere enzymen: proline specifieke peptidasen, serine proteasen van de bloedstolling en de fibrinolyse, glucose isomerase, amylasen en glucoamylasen, glycolytische enzymen (triosefosfaat isomerase, glyceraldehydefosfaat dehydrogenase, glycerol kinase, hexokinase, e.a.) thiolasen, glutathionyl-spermidine synthase, peroxidasen, prostagandine H synthase (COX-1).

Het Biomoleculaire Interactie Platform (BIP) aan de UAntwerpen. 01/05/2018 - 30/04/2021

Abstract

Fysische en functionele interacties tussen biomoleculen spelen een doorslaggevende rol in alle aspecten van de humane fysio- en pathologie. Een beter inzicht in deze biomoleculaire interacties zou ons begrip van ziekten zoals kanker, metabole en neurodegeneratieve aandoeningen verbreden. Aan de UAntwerpen, hebben 7 onderzoeksgroepen de handen in mekaar geslagen om een Biomoleculair Interactie Platform (BIP) te bekomen, cruciaal voor het meten van deze interacties. Met een BIP kunnen bindingsaffiniteiten nauwkeurig worden bepaald tussen elk type molecule, van ionen en kleine moleculen tot hoogmoleculair gewicht en multi-eiwit complexen. Met een BIP kunnen ook off-targets worden gedetecteerd, tegenwoordig onmisbaar in het geneesmiddelenonderzoek. Toegang tot een BIP zou de lopende onderzoeksprojecten een belangrijke ondersteuning bieden en de impact van de bevindingen vergroten. Aangezien het meten van biomoleculaire interacties sterk afhangt van de methodologie, is het aangeraden om steeds te meten met verschillende technieken en vervolgens te optimaliseren met de meeste geschikte techniek. Daarom vraagt het consortium een BIP aan, bestaande uit verschillende complementaire toestellen die elk biomoleculaire interacties meten op basis van verschillende fysische principes. Het reeds aanwezige Isothermale Titratie Calorimetrie toestel zal worden uitgebreid met 2 complementaire state-of-the-art technieken: MicroScale Thermophoresis en Grating-Coupled waveguide Interferometrie.

Onderzoeker(s)

Onderzoeksgroep(en)

TRP kanaal sensitisatie als doelwit voor de behandeling van hypersensitiviteit (TRP-sensation) 01/07/2017 - 30/06/2021

Abstract

Ongeveer 18% van de bevolking lijdt aan IBS, 1 van de meest voorkomende aandoeningen gezien door artsen. De IBS markt is echter commercieel zwak vanwege een gebrek aan inzicht in de pathofysiologie en de beperkte therapeutische opties. IBS wordt eigenlijk eerder beschouwd als syndroom dan als ziekte. Door het ziekte-inzicht te verbeteren en therapeutische en diagnostische doelen te valideren, hebben we de ambitie om IBS van syndroom te veranderen in een ziekte. Hiervoor willen we een academisch kennisplatform realiseren en een industrieel netwerk opzetten binnen Vlaanderen dat in staat is om de belangrijkste uitdagingen in het IBS veld aan te pakken, om nieuwe therapeutische en diagnostische doelen te identificeren en te valideren en om deze te ontwikkelen tot nieuwe therapeutische en diagnostische oplossingen. Dit netwerk zal Vlaanderen in de frontlinie zetten op gebied van innovatie in het IBS veld.

Onderzoeker(s)

Onderzoeksgroep(en)

Carboxypeptidase U - Een nieuw doelwit voor de verbetering van de behandeling in acute ischemische beroerte. 01/10/2018 - 30/09/2020

Abstract

Het enzym carboxypeptidase U (CPU, TAFIa) is een belangrijke factor in de afbraak van bloedklonters, de zogenaamde fibrinolyse. Na activatie van de inactieve precursor proCPU, zorgt het vrijgestelde CPU voor een potente remming van de fibrinolyse. Inhibitie van CPU kan daarom als een nieuwe, interessante piste beschouwd worden om de fibrinolyse te versnellen in aandoeningen zoals een acuut ischemisch herseninfarct (AIH). In dit project, wordt de betrokkenheid van CPU in AIH in meer detail bestudeerd. De toepassing van verschillende assays voor het monitoren van het effect van CPU bij patiënten met een AIH zal geëvalueerd worden waarna de bruikbaarheid van CPU metingen in plasma als een diagnostische merker bij patiënten met een AIH zal worden nagegaan. Eveneens zal in een experimenteel stroke model in ratten het effect van CPU inhibitie worden geëvalueerd.

Onderzoeker(s)

Onderzoeksgroep(en)

Prolyl oligopeptidase(PREP)-inhibitoren als nieuwe kandidaten tegen synucleinopathie: inzicht in structurele, thermodynamische en kinetische parameters die instaan voor hun potentieel om PREP-gepromote alfa-Synucleineaggregatie te inhiberen 01/10/2017 - 30/09/2020

Abstract

Ontoereikende perfusie, zuurstof beperking en celmetabolische veranderingen zijn belangrijke factoren die bijdragen aan de vorming van een zure micro-omgeving in tumoren. Twee cruciale aanpassingen van tumorcellen, gerelateerd aan het handhaven van de intracellulaire pH en homeostase in een zure omgeving, hebben onlangs veel aandacht gekregen: (1) de aanwezigheid van chronische autofagie en (2) de overexpressie van koolzuuranhydrasen (CA's), voornamelijk CA IX en CA XII. Om deze essentiële overlevingsprocessen van tumoren te remmen, richt het voorstel zich op het ontdekken en grondig evalueren van nieuwe autofagie-remmers en en dubbele [autofagie-CA] -remmers. In de loop van het project worden de volgende drie werkpakketten uitgewerkt: 1) Biofarmaceutische optimalisatie van de host Atg4B-remmerset. 2) Ontwerp en synthese van dubbele [Atg4B-CA] remmers. 3) Biologische karakterisering van Atg4B- en hybride [Atg4B-CA] remmers in zure kankercelkweken en in een diermodel van colorectale kanker.

Onderzoeker(s)

Onderzoeksgroep(en)

Carboxypeptidase U - Een nieuw doelwit voor de verbetering van de behandeling in acute ischemische beroerte. 01/10/2016 - 30/09/2018

Abstract

Het enzym carboxypeptidase U (CPU, TAFIa) is een belangrijke factor in de afbraak van bloedklonters, de zogenaamde fibrinolyse. Na activatie van de inactieve precursor proCPU, zorgt het vrijgestelde CPU voor een potente remming van de fibrinolyse. Inhibitie van CPU kan daarom als een nieuwe, interessante piste beschouwd worden om de fibrinolyse te versnellen in aandoeningen zoals een acuut ischemisch herseninfarct (AIH). In dit project, wordt de betrokkenheid van CPU in AIH in meer detail bestudeerd. De toepassing van verschillende assays voor het monitoren van het effect van CPU bij patiënten met een AIH zal geëvalueerd worden waarna de bruikbaarheid van CPU metingen in plasma als een diagnostische merker bij patiënten met een AIH zal worden nagegaan. Eveneens zal in een experimenteel stroke model in ratten het effect van CPU inhibitie worden geëvalueerd.

Onderzoeker(s)

Onderzoeksgroep(en)

Prolyl carboxypeptidase in de perifere controle van lichaamsgewicht en glucose homeostase: speelt de knipping van apelin-13 een rol? 01/10/2016 - 31/12/2016

Abstract

Het complexe mechanisme betrokken in de pathogenese van metabole aandoeningen is nog steeds niet opgehelderd. Recente bevindingen tonen aan dat het enzym prolyl carboxypeptidase een rol speelt in gewichtscontrole en glucose homeostasis door de inactivatie van het hormoon alfa melanocyt stimulating hormoon, een neuropeptide dat een verlies aan eetlust veroorzaakt. We wensen na te gaan of perifere (buiten het centraal zenuwstelsel) acties van PRCP ook bijdragen aan deze functie. In preliminaire experimenten is apelin, een peptide eveneens betrokken in glucose huishouding en eetlust, geïdentificeerd als een nieuw PRCP substraat. Eerst zullen we de knipping van apelin en andere substraten in vitro karakteriseren en nagaan of knipping door PRCP de functie beïnvloedt. Vervolgens zullen we de rol van PRCP op in vivo knipping van apelin bestuderen.

Onderzoeker(s)

Onderzoeksgroep(en)

De rol van carboxypeptidase U in atherosclerose en zijn trombotische complicaties. 01/10/2015 - 30/09/2017

Abstract

Op het Labo Medische Biochemie wordt sinds jaren biochemisch en klinisch onderzoek verricht naar (patho)fysiologisch belangrijke enzymen. Eén van deze enzymen, het carboxypeptidase U (CPU of TAFIa) is in staat om de fibrinolyse drastisch af te remmen en zou zo een rol spelen in het optreden van een trombose. Intensief onderzoek heeft geleid tot de ontwikkeling van gevoelige analysetechnieken die het mogelijk maken om de precieze rol van dit enzym te bestuderen in atherosclerose en de klinische complicaties hiervan, zoals het ontstaan van een beroerte of myocard infarct. Dergelijk onderzoek kan op termijn bijdragen tot de ontwikkeling van plaque stabiliserende geneesmiddelen en een betere behandeling van acute ischemische aandoeningen.

Onderzoeker(s)

Onderzoeksgroep(en)

Medicinale chemie - drug discovery (ADDN). 01/01/2015 - 31/12/2020

Abstract

Dit project kadert in een onderzoeksopdracht toegekend door de Universiteit Antwerpen. De promotor levert de Universiteit Antwerpen de onderzoeksresultaten genoemd in de titel van het project onder de voorwaarden zoals vastgelegd door de universiteit.

Onderzoeker(s)

Onderzoeksgroep(en)

INFLA-MED - Fundamenteel onderzoek naar pathofysiologische processen van inflammatoire aandoeningen. 01/01/2015 - 31/12/2019

Abstract

Het Infla-Med consortium behelst het fundamenteel onderzoek naar pathofysiologische processen van inflammatoire aandoeningen (cardiovasculaire, gastro-intestinale, renale en infectieuze zieke) door gebruik te maken van een multidisciplinaire benadering (pathofysiologie, farmacologie, biochemie en medicinale chemie).

Onderzoeker(s)

Onderzoeksgroep(en)

Prolyl oligopeptidase: partners en pathways in neuronfunctie en neurodegeneratie. 01/01/2015 - 31/12/2018

Abstract

Dit project betreft fundamenteel kennisgrensverleggend onderzoek gefinancierd door het Fonds voor Wetenschappelijk Onderzoek-Vlaanderen. Het project werd betoelaagd na selectie door het bevoegde FWO-expertpanel.

Onderzoeker(s)

Onderzoeksgroep(en)

Expressie en rol van dipeptidyl peptidasen en verwante peptidasen bij acute longschade. 01/01/2015 - 31/12/2018

Abstract

Acute longschade blijft wereldwijd de derde belangrijkste doodsoorzaak, en het wordt verondersteld dat buitensporige inflammatoire reacties betrokken zouden zijn. De precieze rol van dipeptidyl peptidasen (DPPs; een familie van enzymen die dipeptiden afsplitsen van de aminoterminus van peptiden) in de pathofysiologie van acute longschade is onvoldoende begrepen. Ruim gezien bestaat de DPP-familie uit DPPIV, fibroblast activerend proteïne α (FAP), prolyl oligopeptidase (PREP), DPP8 en DPP9. DPPIV-inhibitoren worden gebruikt bij de behandeling van diabetes type 2, maar er zijn ook meer en meer aanwijzingen voor andere functies van DPPIV. Ondanks een vermeende rol van individuele peptidasen bij longaandoeningen blijft de kennis over DPPs bij acute longschade beperkt. Eerder hebben we aangetoond dat DPPIV-inhibitoren beschermen tegen schade ten gevolge van ischemie-reperfusie van de long. Los daarvan hebben we vastgesteld dat DPP9 een rol speelt bij de activering van macrofagen, welke een belangrijke speler zijn bij acute longschade. Doel van het huidige project is om de hypothese te verkennen dat DPPIV, DPP9 en verwante peptidasen een rol spelen in de pathofysiologie van acute longschade. We zullen de expressie van DPPs bestuderen in muismodellen voor zowel infectieuze als niet-infectieuze acute longschade. Vervolgens, zullen we het effect bepalen van de remming van DPPIV op de uiteindelijke letsels, en zal nagegaan worden of DPPs een rol hebben in longmacrofagen. We zullen de bevindingen bij proefdieren vergelijken met metingen in menselijk weefsel om het translationele potentieel van onze resultaten te bestuderen.

Onderzoeker(s)

Onderzoeksgroep(en)

Prolylcarboxypeptidase in lichaamsgewichtcontrole: de rol van perifere peptide splitsing? 01/10/2014 - 30/09/2016

Abstract

Obesitas is wereldwijd een ernstig en groeiend gezondheidsprobleem waarvan vele pathofysiologische aspecten nog ongekend zijn. Verschillende neurotransmitters en hormonen zijn betrokken bij de regulatie van de voedselinname en de energiebalans. Terwijl er reeds veel geweten is over hun synthese en afgifte, zijn de enzymen betrokken in de degradatie van deze peptiden vaak slecht gekend. Momenteel is er een hernieuwde interesse voor het enzym prolylcarboxypeptidase (PRCP) omwille van zijn rol in de regulatie van het lichaamsgewicht. Biochemische studies hebben namelijk aangetoond dat PRCP een anorexigene neuromodulator inactief maakt. We onderzoeken welke perifere peptiden, betrokken in regulatie van de voedselinname, mogelijks ook een substraat kunnen zijn van PRCP.

Onderzoeker(s)

Onderzoeksgroep(en)

Een in vitro en ex vivo studie over de expressie en de rol van dipeptidyl peptidase 9 in de long. 01/10/2014 - 30/09/2015

Abstract

Dit onderzoek zal focussen op de expressie en functie van dipeptidyl peptidase (DPP) 4, DPP8 en DPP9 in de long. Hierbij wordt de nadruk gelegd op DPP9 wegens de associatie van het DPP9-gen met idiopathische pulmonale fibrose en een mogelijke rol voor DPP9 in astma en longontwikkeling. We zullen nagaan waar de DPP's tot expressie komen en welke effecten DPP-inhibitie heeft op alveolaire macrofagen, die een belangrijke rol spelen in pro-fibrotische processen.

Onderzoeker(s)

Onderzoeksgroep(en)

Apparatuur voor hoge-snelheid, gekoelde, preparatieve ultracentrifugatie, geautomatiseerde gradiënsvorming en fractieverzameling en -analyse. 19/05/2014 - 31/12/2018

Abstract

Dit project kadert in een onderzoeksopdracht tussen enerzijds UA en anderzijds de Herculesstichting. UA levert aan de Herculesstichting de onderzoeksresultaten genoemd in de titel van het project onder de voorwaarden zoals vastgelegd in voorliggend contract.

Onderzoeker(s)

Onderzoeksgroep(en)

Ontwikkeling van een preklinisch platform aan de UA voor de evaluatie van nieuwe therapeutische benaderingen rond ziekten van het oogoppervlak. 01/01/2014 - 31/12/2015

Abstract

Aandoeningen aan het oppervlak van het oog, zoals droge ogen, vertonen een prevalentie tussen 15 en 29%. De enige FDA goedgekeurde behandeling op voorschrift is cyclosporine 0.05% (Restasis®), maar deze formulatie is niet beschikbaar in de EU. Nieuwe therapieën voor ziekte aan het oogoppervlak zijn dus noodzakelijk. De expertise aanwezig in ADDN creëert een unieke opportuniteit om hierrond een onderzoeksplatform op te zetten met als doel een verhoogde samenwerking met bedrijven.

Onderzoeker(s)

Onderzoeksgroep(en)

De rol van carboxypeptidase U in atherosclerose en zijn trombotische complicaties. 01/10/2013 - 30/09/2015

Abstract

Op het Labo Medische Biochemie wordt sinds jaren biochemisch en klinisch onderzoek verricht naar (patho)fysiologisch belangrijke enzymen. Eén van deze enzymen, het carboxypeptidase U (CPU of TAFIa) is in staat om de fibrinolyse drastisch af te remmen en zou zo een rol spelen in het optreden van een trombose. Intensief onderzoek heeft geleid tot de ontwikkeling van gevoelige analysetechnieken die het mogelijk maken om de precieze rol van dit enzym te bestuderen in atherosclerose en de klinische complicaties hiervan, zoals het ontstaan van een beroerte of myocard infarct. Dergelijk onderzoek kan op termijn bijdragen tot de ontwikkeling van plaque stabiliserende geneesmiddelen en een betere behandeling van acute ischemische aandoeningen.

Onderzoeker(s)

Onderzoeksgroep(en)

4D Proteïne Structuur. 01/01/2013 - 31/12/2016

Abstract

De twee recente, complementaire biofysische methoden natieve IM-MS (ionenmobiliteit/ massaspectrometrie) en VOA (Vibrationele Optische Activiteit) worden geïntroduceerd bij de studie van de structuur en dynamica van eiwitten met een sterk biomedische interesse. Specifiek zullen deze technieken worden getoetst met goed bestudeerde eiwitten en toegepast op conformatieveranderingen en assemblage van globines and oligopeptidasen.

Onderzoeker(s)

Onderzoeksgroep(en)

Ontwikkeling van nieuwe applicaties voor de (on)structurele biologie door middle van ion-mobiliteits-massa spectrometrie en aanverwante methoden. 01/10/2012 - 31/01/2016

Abstract

In ons onderzoek zullen we gebruik maken van state-of-the-art 'natieve' massa spectrome-trische technieken om membraan (geassocieerde) eiwitten te karakteriseren op zowel hun dynamische als structurele eigenschappen. Daarnaast onderzoeken we de verandering in con-formationele ruimte van eiwitten met behulp van ion mobiliteits massa spectrometrie wanneer zij liganden of andere eiwitten binden, met een speciale focus op ongestructureerde eiwitten.

Onderzoeker(s)

Onderzoeksgroep(en)

Prolylcarboxypeptidase in lichaamsgewichtcontrole: de rol van perifere peptide splitsing? 01/10/2012 - 30/09/2014

Abstract

Obesitas is wereldwijd een ernstig en groeiend gezondheidsprobleem waarvan vele pathofysiologische aspecten nog ongekend zijn. Verschillende neurotransmitters en hormonen zijn betrokken bij de regulatie van de voedselinname en de energiebalans. Terwijl er reeds veel geweten is over hun synthese en afgifte, zijn de enzymen betrokken in de degradatie van deze peptiden vaak slecht gekend. Momenteel is er een hernieuwde interesse voor het enzym prolylcarboxypeptidase (PRCP) omwille van zijn rol in de regulatie van het lichaamsgewicht. Biochemische studies hebben namelijk aangetoond dat PRCP een anorexigene neuromodulator inactief maakt. We onderzoeken welke perifere peptiden, betrokken in regulatie van de voedselinname, mogelijks ook een substraat kunnen zijn van PRCP.

Onderzoeker(s)

Onderzoeksgroep(en)

Carboxypeptidase M, substraten en liganden. 01/10/2010 - 31/03/2012

Abstract

De doelstelling van dit project is het opsporen van interactiepartners van humaan carboxypeptidase M (CPM). Dit onderzoek heeft twee facetten. Enerzijds bestuderen we de interactie met bioactieve peptiden die als substraat fungeren voor de carboxypeptidase activiteit. Anderzijds onderzoeken we een mogelijke rol van dit membraaneiwit in cel-cel interacties, extracellulaire matrix interacties en cel migratie.

Onderzoeker(s)

Onderzoeksgroep(en)

Prolyl oligopeptidase en prolyl oligopeptidase remmers in modellen van neurodegeneratie. 01/10/2009 - 31/03/2010

Abstract

Het doel van dit project is het bestuderen van interacties tussen prolyl oligopeptidase en relevante biomoleculen, in vitro en in de cel. Drie onderzoeklijnen worden vooropgesteld: (1) de interactie met alfa-synucleïne en de connectie met de ziekte van Parkinson, (2) de interactie met tubuline, intracellulair transport en secretie, (3) co-localisatie met andere peptidasen in het cytosol en de connectie met het aggresoom.

Onderzoeker(s)

Onderzoeksgroep(en)

Vergelijkende biochemische en functionele studie van de verschillende dipeptidyl peptidasen. 01/01/2009 - 31/12/2012

Abstract

Deze aanvraag betreft het onderzoek naar proline specifieke peptidasen. Dit project heeft de volgende concrete doelstellingen: 1.Karakterisatie van inhibitoren en selectie van krachtige en specifieke inhibitoren van aan DPP4 verwante enzymen, met name DPP8, DPP9 en FAP. 2. De studie van de expressie van verschillende DPPs (DPP2, DPP4, DPP8, FAP en DPP9) in endothelia van verschillende oorsprong en dit zowel onder normoxie als hypoxie. 3.Het in vitro bestuderen van het effect van selectieve en niet-selectieve DPP remming op endotheelcel activatie. 4. Het in vitro bestuderen van het effect van selectieve en niet-selectieve DPP remming op het collageenmetabolisme van fibroblasten

Onderzoeker(s)

Onderzoeksgroep(en)

Dipeptidyl peptidasen voorbij glucose homeostase: van biochemie tot fysiologisch belang. 01/01/2009 - 31/12/2012

Abstract

Dit project heeft als doel inzicht te verwerven in de effecten van chronische dipeptidyl peptidase (DPP) inhibitie op bepaalde aspecten van de (patho)fysiologie van het hart, de nier en het bot. Selectieve remmers worden ontwikkeld als onderzoeksinstrument. Expressie en inhibitie van DPP4 en verwante peptidasen worden bestudeerd op moleculair niveau, in celcultuur en in rat modellen van ischemie/reperfusie schade van hart en nier.

Onderzoeker(s)

Onderzoeksgroep(en)

Bacteriële virulentie als nieuw doelwit voor protease remmers. 01/01/2009 - 31/12/2012

Abstract

Dit project stelt als doel meer inzicht te verwerven in de rol en toepasbaarheid van protease (DPP4) inhibitoren bij bacteriële infecties. De proof-of-concept wordt uitgewerkt aan de hand van Porphyromonas gingivalis modellen, waarbij volgende specifieke objectieven en werkpakketten worden vooropgesteld: 1. Ontwikkeling van in vitro en in vivo virulentiemodellen voor P. gingivalis. 2. Evaluatie van enzym remmers met gezuiverd recombinant P. gingivalis DPP4. 3. Evaluatie van DPP/protease remmers in bacteriële in vitro en in vivo modellen. 4. SAR en optimalisatie van de gevonden "lead compounds". 5. Biochemische karakterisatie van "lead compound" - doelwit enzym interacties.

Onderzoeker(s)

Onderzoeksgroep(en)

Hoog performante LC-tandem massaspectrometrie als noodzakelijke apparatuur rond structuuropheldering van chemische- en biomoleculen en kwantitatieve bepalingen van geneesmiddelen, metabolieten en biomoleculen in biologische matrices. 19/12/2008 - 18/12/2013

Abstract

Dit project kadert in een onderzoeksopdracht toegekend door de Universiteit Antwerpen. De promotor levert de Universiteit Antwerpen de onderzoeksresultaten genoemd in de titel van het project onder de voorwaarden zoals vastgelegd door de universiteit.

Onderzoeker(s)

Onderzoeksgroep(en)

  • Geïntegreerd Moleculair Plantenfysiologisch Onderzoek (IMPRES)

Oligopeptidase inhibitoren in hersenfuncties en -dysfuncties: naar nieuwe therapeutische strategieën voor neuroprotectie (NEUROPRO). 01/10/2008 - 30/09/2012

Abstract

De drie belangrijkste objectieven van het consortium zijn: 1) uitzoeken hoe PREP en PREP-like enzymen een rol spelen in gezondheid en ziekten 2) nieuwe geneesmiddelen ontwikkelen 3) nieuwe therapeutische doelwitten ontdekken. Dit omvat onderzoek naar de identiteit van fysiologische substraten van PREP en PREPL en naar de cellulaire processen waarbij ze zijn betrokken.

Onderzoeker(s)

Onderzoeksgroep(en)

Carcoxypeptidase M, substraten en liganden. 01/10/2008 - 30/09/2010

Abstract

De doelstelling van dit project is het opsporen van interactiepartners van humaan carboxypeptidase M (CPM). Dit onderzoek heeft twee facetten. Enerzijds bestuderen we de interactie met bioactieve peptiden die als substraat fungeren voor de carboxypeptidase activiteit. Anderzijds onderzoeken we een mogelijke rol van dit membraaneiwit in cel-cel interacties, extracellulaire matrix interacties en cel migratie.

Onderzoeker(s)

Onderzoeksgroep(en)

Onderzoek naar prolyl oligopeptidase als therapeutisch doelwit bij neuropathologische aandoeningen: remmers, substraten en liganden. 01/01/2008 - 31/12/2011

Abstract

Het doel van dit project is om de interacties van P0 te onderzoeken met relevante moleculen, in vitro en binnen de cel. Vier onderzoekslijnen worden voorzien: (1) de interactie met alpha-synucleïne en de connectie met de ziekte van Parkinson, (2) de interactie met microtubuli, intracellulair transport en secretie, (3) co-lokalisatie met andere cytosolische peptidasen en de connectie met het aggresoom, (4) vergelijkende peptidoomanalyse van muizenhersenen na toediening van een P0 remmer. Deze onderzoekslijnen hebben onderlinge raakpunten.

Onderzoeker(s)

Onderzoeksgroep(en)

Carboxypeptidase M, substraten en liganden. 01/10/2007 - 30/09/2008

Abstract

De doelstelling van dit project is het opsporen van interactiepartners van humaan carboxypeptidase M (CPM). Dit onderzoek heeft twee facetten. Enerzijds bestuderen we de interactie met bioactieve peptiden die als substraat fungeren voor de carboxypeptidase activiteit. Anderzijds onderzoeken we een mogelijke rol van dit membraaneiwit in cel-cel interacties, extracellulaire matrix interacties en cel migratie.

Onderzoeker(s)

Onderzoeksgroep(en)

Substraatspecificiteit van basische carboxypeptidasen. 01/10/2006 - 31/12/2008

Abstract

De doelstelling is het systematisch bestuderen van de substraatspecificiteit van de basische carboxypeptidasen CPU, CPN, CPM, proCPU en het pancreasenzym CPB. Dit zal gebeuren door middel van een bibliotheek van korte peptiden waarop 1 of 2 aminozuren voorafgaand aan de C-terminale arginine worden gevarieerd. Bovendien zal ook de afbraak van een serie gekende of gepostuleerde natuurlijke peptide-substraten worden nagegaan. De kennis van de substraatspecificiteit zal worden toegepast voor het ontwikkelen van specifieke enzymatische meetmethoden voor CPU, CPN en CPM in plasma of serum, en voor CPM aan celoppervlakken en in membraanbereidingen.

Onderzoeker(s)

Onderzoeksgroep(en)

Moleculaire karakterisatie van carboxypeptidase M, een extracellulair membraangebonden peptidase betrokken bij de weefselspecifieke respons op bioactieve peptiden. 01/10/2006 - 30/09/2008

Abstract

Carboxypeptidase M (CPM) is een membraangebonden carboxypeptidase dat C-terminale basische aminozuren van bioactieve peptides verwijdert. CPM komt voor op het oppervlak van een grote verscheidenheid van cellen. Het komt ook voor op specifieke immunologische en inflammatoire cellen. De fysiologische rol van CPM is nog moeilijk te achterhalen uit de huidige literatuur. Meestal wordt aangenomen dat het een belangrijke rol speelt in de « processing » of inactivatie van peptide hormonen, groeifactoren, inflammatoire peptiden, enz. Gezien de zeer fragmentarische kennis van de moleculaire eigenschappen van CPM stellen wij ons tot doel het katalytisch mechanisme en de substraatspecificiteit van CPM systematisch te onderzoeken. Dit moet toelaten de gelijkenissen en verschillen te onderkennen met de plasma basische carboxypeptidasen, in het bijzonder wat de substraatspecificiteit betreft. Carboxypeptidase U remmers worden momenteel door verschillende groepen onderzocht als geneesmiddel ter bevordering van de fibrinolyse. Het is belangrijk de selectiviteit van deze remmers te kennen ten opzichte van andere carboxypeptidasen. CPM verdient speciale aandacht omwille van zijn constitutieve aanwezigheid in verschillende organen. Mogelijk kunnen we ook een beter inzicht krijgen in de biologisch relevante substraten van CPM en hun invloed op de cellen die CPM dragen. In een eerste fase betekent dit het uitwerken van een zuiveringsmethode, het cloneren en tot expressie brengen van recombinant humaan CPM en een vergelijkende studie met het natuurlijke eiwit. De verschillende elementen van het katalytisch proces zullen worden bestudeerd op een systematische manier met enzymologische methoden. Via plaatsgerichte mutagenese kan dan de ontrafeling van de substraatspecificiteit van CPM aanvangen. In de tweede fase van het project stellen we ons tot doel natuurlijke substraten voor CPM te identificeren in weefselextracten. Hiervoor zal een 'proteomics' benaderingswijze worden gebruikt. De geëxtraheerde polypeptiden zullen worden gefractioneerd en geanalyseerd op de aanwezigheid van substraat (LC-MS). De enzymkinetiek van deze substraten zal dan in vitro bestudeerd worden. Een laatste doelstelling is het aanleggen van een gegevensbank van CPM waarden in normale en klinische stalen. De resultaten van dit project kunnen worden toegepast bij de ontwikkeling van selectieve carboxypeptidase U remmers. Een bevestiging van de betrokkenheid van CPM bij inflammatie in specifieke weefsels kan de weg openen naar nieuwe therapeutische strategiën. In de galenica wordt onderzoek verricht naar de mogelijkheden om peptiden als geneesmiddel via de longen toe te dienen in aerosol. De aanwezigheid van CPM op de alveolaire type I cellen kan de absorptie en farmacokinetiek van deze geneesmiddelen beïnvloeden.

Onderzoeker(s)

Onderzoeksgroep(en)

Biochemische studie van recent ontdekte dipeptidyl peptidasen bij de mens. 01/01/2005 - 31/12/2008

Abstract

Via dit onderzoeksproject willen we bijdragen tot de karakterisering van de familie der dipeptidyl peptidasen, meer bepaald FAP, DPPII, DP8 en DP9. Het eerste luik van het project omvat voor elk van die enzymen het bestuderen van de substraatspecificiteit en efficientie van peptidesplitsing. Het tweede luik behelst het bestuderen van inhibitoren. De identificatie van peptidesubstraten en de beschikbaarheid en karakterisatie van selectieve remmers zijn belangrijk voor verder functioneel onderzoek. Afhankelijk van de resultaten zal gestart worden met het onderzoek naar de functie van een of meerdere van de peptidasen.

Onderzoeker(s)

Onderzoeksgroep(en)

Substraatspecificiteit en structuur-functierelaties in de prolyloligopeptidasefamilie van serine proteasen. 01/10/2004 - 30/09/2006

Abstract

Prolyloligopeptidase (PO) en dipeptidyl peptidase IV (DPP-IV) zijn proline specifieke peptidasen, waarvan de biologische functie verband houdt met het metabolisme van biologisch actieve peptiden. Er wordt algemeen aangenomen dat ze hun katalytische functie uitoefenen volgens het klassieke serine protease mechanisme. De specificiteit en de selectiviteit worden in belangrijke mate bepaald door de primaire bindingsplaats en een aantal subbindingsplaatsen voor aangrenzende aminozuren. De substraatspecificiteit van DPP-IV voor natuurlijke peptiden kon niet voorspeld worden op basis van deze veronderstellingen en de gegevens bekomen met kleine dipeptide-afgeleide substraten. Solvent isotoop-effecten lieten niet toe ondubbelzinnig de snelste stap in het mechanisme te identificeren. In bepaalde condities blijkt een conformatieverandering snelheidsbepalend te zijn voor de PO gekatalyseerde hydrolyse van chromogene substraten. Ook blijft de interpretatie van structuur-activiteitsrelaties van remmers moeilijk. Doel van dit project is een beter inzicht te krijgen in de details van het katalytisch mechanisme van PO en DPP-IV. Verschillende benaderingswijzen worden overwogen: kinetische experimenten, gerichte mutagenese in het actief centrum en de putatieve substraatbindingsplaatsen in PO, kwantitatieve structuur-activiteitsrelaties van remmers en liganden.

Onderzoeker(s)

Onderzoeksgroep(en)

Moleculaire karakterisatie van carboxypeptidase M, een extracellulair membraangebonden peptidase betrokken bij de weefselspecifieke respons op bioactieve peptiden. 01/10/2004 - 30/09/2006

Abstract

Carboxypeptidase M (CPM) is een membraangebonden carboxypeptidase dat C-terminale basische aminozuren van bioactieve peptides verwijdert. CPM komt voor op het oppervlak van een grote verscheidenheid van cellen. Het komt ook voor op specifieke immunologische en inflammatoire cellen. De fysiologische rol van CPM is nog moeilijk te achterhalen uit de huidige literatuur. Meestal wordt aangenomen dat het een belangrijke rol speelt in de « processing » of inactivatie van peptide hormonen, groeifactoren, inflammatoire peptiden, enz. Gezien de zeer fragmentarische kennis van de moleculaire eigenschappen van CPM stellen wij ons tot doel het katalytisch mechanisme en de substraatspecificiteit van CPM systematisch te onderzoeken. Dit moet toelaten de gelijkenissen en verschillen te onderkennen met de plasma basische carboxypeptidasen, in het bijzonder wat de substraatspecificiteit betreft. Carboxypeptidase U remmers worden momenteel door verschillende groepen onderzocht als geneesmiddel ter bevordering van de fibrinolyse. Het is belangrijk de selectiviteit van deze remmers te kennen ten opzichte van andere carboxypeptidasen. CPM verdient speciale aandacht omwille van zijn constitutieve aanwezigheid in verschillende organen. Mogelijk kunnen we ook een beter inzicht krijgen in de biologisch relevante substraten van CPM en hun invloed op de cellen die CPM dragen. In een eerste fase betekent dit het uitwerken van een zuiveringsmethode, het cloneren en tot expressie brengen van recombinant humaan CPM en een vergelijkende studie met het natuurlijke eiwit. De verschillende elementen van het katalytisch proces zullen worden bestudeerd op een systematische manier met enzymologische methoden. Via plaatsgerichte mutagenese kan dan de ontrafeling van de substraatspecificiteit van CPM aanvangen. In de tweede fase van het project stellen we ons tot doel natuurlijke substraten voor CPM te identificeren in weefselextracten. Hiervoor zal een 'proteomics' benaderingswijze worden gebruikt. De geëxtraheerde polypeptiden zullen worden gefractioneerd en geanalyseerd op de aanwezigheid van substraat (LC-MS). De enzymkinetiek van deze substraten zal dan in vitro bestudeerd worden. Een laatste doelstelling is het aanleggen van een gegevensbank van CPM waarden in normale en klinische stalen. De resultaten van dit project kunnen worden toegepast bij de ontwikkeling van selectieve carboxypeptidase U remmers. Een bevestiging van de betrokkenheid van CPM bij inflammatie in specifieke weefsels kan de weg openen naar nieuwe therapeutische strategiën. In de galenica wordt onderzoek verricht naar de mogelijkheden om peptiden als geneesmiddel via de longen toe te dienen in aerosol. De aanwezigheid van CPM op de alveolaire type I cellen kan de absorptie en farmacokinetiek van deze geneesmiddelen beïnvloeden.

Onderzoeker(s)

Onderzoeksgroep(en)

Moleculaire karakterisatie van carboxypeptidase M, een extracellulair membraangebonden peptidase betrokken bij de weefselspecifieke respons op bioactieve peptiden. 01/10/2003 - 30/09/2004

Abstract

Carboxypeptidase M (CPM) is een membraangebonden carboxypeptidase dat C-terminale basische aminozuren van bioactieve peptides verwijdert. CPM komt voor op het oppervlak van een grote verscheidenheid van cellen. Het komt ook voor op specifieke immunologische en inflammatoire cellen. De fysiologische rol van CPM is nog moeilijk te achterhalen uit de huidige literatuur. Meestal wordt aangenomen dat het een belangrijke rol speelt in de « processing » of inactivatie van peptide hormonen, groeifactoren, inflammatoire peptiden, enz. Gezien de zeer fragmentarische kennis van de moleculaire eigenschappen van CPM stellen wij ons tot doel het katalytisch mechanisme en de substraatspecificiteit van CPM systematisch te onderzoeken. Dit moet toelaten de gelijkenissen en verschillen te onderkennen met de plasma basische carboxypeptidasen, in het bijzonder wat de substraatspecificiteit betreft. Carboxypeptidase U remmers worden momenteel door verschillende groepen onderzocht als geneesmiddel ter bevordering van de fibrinolyse. Het is belangrijk de selectiviteit van deze remmers te kennen ten opzichte van andere carboxypeptidasen. CPM verdient speciale aandacht omwille van zijn constitutieve aanwezigheid in verschillende organen. Mogelijk kunnen we ook een beter inzicht krijgen in de biologisch relevante substraten van CPM en hun invloed op de cellen die CPM dragen. In een eerste fase betekent dit het uitwerken van een zuiveringsmethode, het cloneren en tot expressie brengen van recombinant humaan CPM en een vergelijkende studie met het natuurlijke eiwit. De verschillende elementen van het katalytisch proces zullen worden bestudeerd op een systematische manier met enzymologische methoden. Via plaatsgerichte mutagenese kan dan de ontrafeling van de substraatspecificiteit van CPM aanvangen. In de tweede fase van het project stellen we ons tot doel natuurlijke substraten voor CPM te identificeren in weefselextracten. Hiervoor zal een 'proteomics' benaderingswijze worden gebruikt. De geëxtraheerde polypeptiden zullen worden gefractioneerd en geanalyseerd op de aanwezigheid van substraat (LC-MS). De enzymkinetiek van deze substraten zal dan in vitro bestudeerd worden. Een laatste doelstelling is het aanleggen van een gegevensbank van CPM waarden in normale en klinische stalen. De resultaten van dit project kunnen worden toegepast bij de ontwikkeling van selectieve carboxypeptidase U remmers. Een bevestiging van de betrokkenheid van CPM bij inflammatie in specifieke weefsels kan de weg openen naar nieuwe therapeutische strategiën. In de galenica wordt onderzoek verricht naar de mogelijkheden om peptiden als geneesmiddel via de longen toe te dienen in aerosol. De aanwezigheid van CPM op de alveolaire type I cellen kan de absorptie en farmacokinetiek van deze geneesmiddelen beïnvloeden.

Onderzoeker(s)

Onderzoeksgroep(en)

Substraatspecificiteit en structuur-functierelaties in de prolyloligopeptidasefamilie van serine proteasen. 01/10/2002 - 30/09/2004

Abstract

Prolyloligopeptidase (PO) en dipeptidyl peptidase IV (DPP-IV) zijn proline specifieke peptidasen, waarvan de biologische functie verband houdt met het metabolisme van biologisch actieve peptiden. Er wordt algemeen aangenomen dat ze hun katalytische functie uitoefenen volgens het klassieke serine protease mechanisme. De specificiteit en de selectiviteit worden in belangrijke mate bepaald door de primaire bindingsplaats en een aantal subbindingsplaatsen voor aangrenzende aminozuren. De substraatspecificiteit van DPP-IV voor natuurlijke peptiden kon niet voorspeld worden op basis van deze veronderstellingen en de gegevens bekomen met kleine dipeptide-afgeleide substraten. Solvent isotoop-effecten lieten niet toe ondubbelzinnig de snelste stap in het mechanisme te identificeren. In bepaalde condities blijkt een conformatieverandering snelheidsbepalend te zijn voor de PO gekatalyseerde hydrolyse van chromogene substraten. Ook blijft de interpretatie van structuur-activiteitsrelaties van remmers moeilijk. Doel van dit project is een beter inzicht te krijgen in de details van het katalytisch mechanisme van PO en DPP-IV. Verschillende benaderingswijzen worden overwogen: kinetische experimenten, gerichte mutagenese in het actief centrum en de putatieve substraatbindingsplaatsen in PO, kwantitatieve structuur-activiteitsrelaties van remmers en liganden.

Onderzoeker(s)

Onderzoeksgroep(en)

Selectieve immuunsuppressie via de CD26/DPPIV T cel activatiemerker. 01/01/1999 - 31/12/1999

Abstract

Het bewijs dat CD26 betrokken is in T cell activatie wordt geleverd door het gebruik van mAb en CD26 transfectie in menselijke leukemie T cell lijnen.

Onderzoeker(s)

Onderzoeksgroep(en)

    Selectieve immuunsuppressie via de CD26/DPPIV T celactivatiemerker. 01/01/1997 - 31/12/2000

    Abstract

    Het bewijs dat CD26 betrokken is in T cell activatie wordt geleverd door het gebruik van mAb en CD26 transfectie in menselijke leukemie T cell lijnen.

    Onderzoeker(s)

    Onderzoeksgroep(en)

      Studies inzake eiwitontwerp met twee monomere tim-barrel eiwitten: naar nieuwe actieve sites van chitinase en monomere triosefosfaat isomerase.(MONOTIM) 01/11/1996 - 31/10/1999

      Abstract

      Het objectief van dit project is de studie van structurele determinanten met betrekking tot enzymatische activiteit substraatspecificiteit en stabiliteit bij monomere TlM-barrel eiwitten, in casu monoTlM en twee onderling verwante chitinases. Uiteindelijk zou deze studie moeten leiden tot het gebruik van het TlM-barrel motief voor het ontwerpen van enzymes met specifiek gewijzigde eigenschappen. Door veranderingen aan te brengen op specifieke plaatsen zal een poging worden gedaan om monoTlM om te vormen tot een xylose isomerase. Het doel van de chitinase studie is het bekomen van een kleiner, actiever en stabieler enzym met rationeel bepaalde substraatspecificiteit.

      Onderzoeker(s)

      Onderzoeksgroep(en)