Onderzoeksgroep
Ondersteuning instandhouding wetenschappelijke apparatuur (BAMS).
Abstract
Onderzoeker(s)
- Promotor: Esmans Edgard
- Promotor: Lemière Filip
- Promotor: Lemière Filip
- Promotor: Sobott Frank
- Co-promotor: Lemière Filip
Onderzoeksgroep(en)
Project type(s)
- Onderzoeksproject
Uitgebreide vloeistofchromatografie gekoppeld met ion mobility-quadrupool-time-of-flight massaspectrometrie voor innovatieve metabolomics.
Abstract
De aangevraagde infrastructuur (performante vloeistofchromatografie-ion mobiliteit-quadrupoolvluchttijd-massaspectrometer LCxLC-IM-QTOFMS) combineert drie state-of-the art technieken in één innovatief platform. Hiermee wensen wij het metabolomics onderzoek aan de UAntwerpen tot een uitmuntend niveau te brengen. Het toestel is in staat een 5-dimensionele scheiding uit te voeren en zou het eerste op Belgische bodem zijn. Het instrument is voorbestemd voor metabolomics onderzoek, de studie van endogene metabolieten in cellen, weefsels en organismen. De beoogde infrastructuur kan de complexe en uitgebreide chemische mengsels (van polaire aminozuren tot apolaire lipiden en hormonen) op een efficiënte wijze scheiden, detecteren én identificeren tot op nanomolaire concentraties. Tot op heden zijn metabolomics inspanningen aan de UA versnipperd en er ontbreekt een 'toegewijd' toestel. Metabolomics onderzoek omvat geneesmiddelenonderzoek (werkingsmechanisme en farmacokinetiek), biomerker- en toxiciteitsstudies alsook data-analyse en systeembiologie studies. Een investering in een uniek, hyperanalytisch platform biedt de mogelijkheid om negen onderzoeksgroepen van vijf departementen en twee faculteiten te laten samenwerken in één kernfaciliteit om zo het metabolomics onderzoek aan de UA te stroomlijnen en deze groeipool om te zetten in een speerpunt. Deze aanpak is revolutionair en zal de UA op de kaart zetten bij de (metabol)omics-onderzoeksgroepen van de BeNeLux en wereldwijd.Onderzoeker(s)
- Promotor: Covaci Adrian
- Co-promotor: Augustyns Koen
- Co-promotor: Baggerman Geert
- Co-promotor: Bervoets Lieven
- Co-promotor: De Meester Ingrid
- Co-promotor: De Meyer Guido
- Co-promotor: Hermans Nina
- Co-promotor: Laukens Kris
- Co-promotor: Lemière Filip
- Co-promotor: Maes Louis
- Co-promotor: van Nuijs Alexander
Onderzoeksgroep(en)
Project type(s)
- Onderzoeksproject
1H-NMR en LCMS-metabolomics studie van humaan plasma en perifeer bloed mononucleaire cellen (PBMC) voor vroege detectie van colorectale kanker.
Abstract
De functionele niveau's van een biologisch systeem omvatten het genoom, transcriptoom, proteoom en metaboloom, en dit laatste is meest typisch voor het fenotype. Tumoren ontwikkelen een tumor-specifiek metabolisme waardoor ze sterk proliferatief worden, onafhankelijk van het weefseltype, waarvan ze een aantal kenmerken behouden. Onderzoek van het kanker metaboloom wordt beschouwd als een veelbelovende manier om fenotypische veranderingen op te sporen en om zo specifieke biomerkers te identificeren. 1H-NMR spectroscopie en LC-MS zijn de twee voornaamste spectroscopische technieken gebruikt bij metabole analyse. Dit project focust op colorectale kanker, en het opsporen van biomerkers in plasma en peripheer bloed mononucleaire cellen (PBMC).Onderzoeker(s)
- Promotor: Apers Sandra
- Promotor: Pieters Luc
- Co-promotor: Lemière Filip
- Co-promotor: Peeters Marc
- Co-promotor: Pieters Luc
- Mandaathouder: Custers Deborah
Onderzoeksgroep(en)
Project type(s)
- Onderzoeksproject
MALDI massaspectrometrie Imaging (MALDI-MSI): Het overbruggen van proteomics en beeldvorming.
Abstract
In dit project wordt een `matrix assisted laser desorption ionization time-of-flight' (MALDI-TOF) massaspectrometer aangevraagd, die uitgerust is voor massaspectrometrie gebaseerde beeldvorming. Deze techniek is speciaal ontwikkeld voor de identificatie van biomoleculen waarbij de cytologische en histologische patronen bewaard blijven. Deze nieuwe techniek, afgekort MALDI-MSI, begeeft zich op het zeer interessante en productieve raakvlak tussen massaspectrometrie en beeldvormingstechnieken. Daardoor vormt dit project de brug tussen 3 CORE faciliteiten van Universiteit Antwerpen: Center for Proteomics, Bio-Imaging lab en de Biomedical Microscopic Imaging Core. Verschillende onderzoeksgroepen, die bij elkaar gebracht zijn door een gemeenschappelijke interesse in onderzoek naar de moleculaire schade die wordt veroorzaakt door afwijkende verouderingsprocessen, zullen door het gebruik van MALDI-MSI een ganse reeks van moleculen kunnen identificeren rechstreeks op de weefselcoupes en dit gaande van kleine molecules (peptiden en metabolieten) tot grotere eiwitten. Dit is onmogelijk met andere gebruikte proteomics, metabolomics technieken en zelf meer geavanceerde beeldvormingstechnieken.Onderzoeker(s)
- Promotor: Maudsley Stuart
- Co-promotor: Baggerman Geert
- Co-promotor: Blust Ronny
- Co-promotor: Bogers John-Paul
- Co-promotor: Dewilde Sylvia
- Co-promotor: Husson Steven
- Co-promotor: Laukens Kris
- Co-promotor: Lemière Filip
- Co-promotor: Mertens Inge
- Co-promotor: Sobott Frank
- Co-promotor: Valkenborg Dirk
- Co-promotor: Van Der Linden Annemie
- Co-promotor: Van Ostade Xaveer
Onderzoeksgroep(en)
Project type(s)
- Onderzoeksproject
Analyse van proteïne- en nucleïnzuurcomplexen met behulp van niet-denaturerende ionenmobiliteits massaspectrometrie.
Abstract
De vele functies van nucleïnezuren (DNA, RNA) hangen af van hun precieze 3D structuur en hoe ze interageren met proteïnen. Als we de moleculaire basis van ziekten of infecties willen begrijpen, dan moeten we de interacties die optreden tijdens de celcyclus en proteïnesynthese begrijpen. De proteïnen die interageren met nucleïnezuren zijn typisch nauw betrokken in de structuur en activiteit van het genoom. In dit doctoraatswerk zullen we werken op proteïne complexen die interageren met nucleïnezuren en die betrokken zijn bij de structurele en ruimtelijke organisatie van DNA en gen regulatie. Dit omvat de analyse van de structuur en samenstelling van cruciale cellulaire complexen en hun werkingsmechanismen, met behulp van natieve/niet-denaturerende massaspectrometrie (MS) en ionenmobiliteit spectroscopie (IM). Deze technieken laten toe informatie te verzamelen over massa en lading, maar ook over grootte en vorm van de bestudeerde moleculaire complexen. We zullen actief zijn in verschillende internationale samenwerkingsverbanden (Oxford, Bristol) die zich toeleggen op de studie van proteïnen die instaan voor het structureel onderhoud van chromosomen (SMC proteins) en de daar bij horende bindingspartners die het DNA organiseren tijdens de cel cyclus. Mijn project houdt ook in dat we nieuwe methoden ontwikkelen om op natieve/niet-denaturerende manier MS analyses te doen van proteïnen en proteïne/nucleïnezuur complexen, en het gebruik van modeleringstechnieken om de verkregen data te interpreteren en voorstellen te doen voor de globale structuur van de moleculaire complexen. Op deze manier hopen we informatie over de genoom-huishouding op moleculair niveau te kunnen verbinden met mechanismen van overerving en fysiologische adaptatie.Onderzoeker(s)
- Promotor: Sobott Frank
- Co-promotor: Lemière Filip
- Mandaathouder: Kotter (geb. Butterer) Annika
Onderzoeksgroep(en)
Project type(s)
- Onderzoeksproject
Post-fermentatieve productie van een 2de generatie mannosylerythritollipiden biosurfactants voor specialty toepassingen.
Abstract
Dit project kadert in een onderzoeksopdracht tussen enerzijds UA en anderzijds IWT. UA levert aan IWT de onderzoeksresultaten genoemd in de titel van het project onder de voorwaarden zoals vastgelegd in voorliggend contract.Onderzoeker(s)
- Promotor: Lemière Filip
- Co-promotor: Wijnants Marc
- Mandaathouder: Goossens Eliane
Onderzoeksgroep(en)
Project type(s)
- Onderzoeksproject
Afscheiding, herwinning en hergebruik van organotinderivaten.
Abstract
Organotinverbindingen vormen een zeer belangrijke klasse reagentia in de organische synthesechemie. Door de toxiciteit van de huidig gebruikte tin reagentia, de moeilijke zuivering van de reactieproducten en de problemen om het gevormde tinafval op eenvoudige manier te herwinnen en hergebruiken zijn de industriële toepassingen voorlopig beperkt gebleven. Dit project beschrijft een eenvoudige doch duurzame oplossing voor de drievoudige problematiek.Onderzoeker(s)
- Promotor: Maes Bert
- Co-promotor: Lemière Filip
- Co-promotor: Sobott Frank
Onderzoeksgroep(en)
Project type(s)
- Onderzoeksproject
Onderzoek naar specifieke anti-microbiële activiteit van mannosylerythritol lipide biosurfactanten, na zuivering en karakterisatie (BACTIMEL).
Abstract
Complexe mengsels van fermentatief-geproduceerde mannosylerythritol lipiden (MEL) biosurfactanten zullen opgezuiverd en gekarakteriseerd worden met behulp van vloeistofchromatografie en massaspectrometrie. De componenten zullen daarna worden gescreend naar hun activiteit tegen bacteriën en fungi.Onderzoeker(s)
- Promotor: Lemière Filip
- Co-promotor: Wijnants Marc
Onderzoeksgroep(en)
Project type(s)
- Onderzoeksproject
Hoge-resolutie ionmobiliteitsmassaspectrometer: een krachtig instrument voor fragiele structuren.
Abstract
Dit project kadert in een onderzoeksopdracht tussen enerzijds UA en anderzijds Hercules Stichting. UA levert aan Hercules Stichting de onderzoeksresultaten genoemd in de titel van het project onder de voorwaarden zoals vastgelegd in voorliggend contract.Onderzoeker(s)
- Promotor: Sobott Frank
- Co-promotor: Guisez Yves
- Co-promotor: Lemière Filip
- Co-promotor: Maes Bert
- Co-promotor: Moens Luc
- Co-promotor: Tavernier Serge
- Co-promotor: Van Ostade Xaveer
- Co-promotor: Van Schil Paul
- Co-promotor: Wijnants Marc
- Co-promotor: Witters Erwin
Onderzoeksgroep(en)
Project type(s)
- Onderzoeksproject
Analytische karakterisatie van mannosylerythritol lipide biosurfactanten, fermentatief geproduceerd uit reststromen van de agro-food industrie.
Abstract
Een fermentatieproces gebaseerd op ruwe substraten vanuit reststromen van de agro-food industrie voor de biosynthese van mannosylerythritol lipiden biosurfactanten (KdG-BIOMEL project) levert een zeer complex mengsel van biomoleculen met veelbelovende eigenschappen voor voeding-, farmaceutische, cosmetische en schoonmaakapplicaties. In dit project wordt nagestreefd om gedetailleerde protocols aan te leveren van een gestandaardiseerde procedure voor de isolatie, de zuivering, de kwantificering en de identificatie van de huidige en nieuwe MEL's vanuit organische fermentatiecocktails.Onderzoeker(s)
- Promotor: Lemière Filip
- Co-promotor: Covaci Adrian
- Co-promotor: Wijnants Marc
Onderzoeksgroep(en)
Project type(s)
- Onderzoeksproject
Invloed van geïsoleerde longperfusie met melphalan op het (fosfo)-proteoom.
Abstract
Dit project bestudeert regulatie, fosforylatie en adductvorming van proteinen in tumoren oiv. Melphalan. LC-MS methodes worden op punt gesteld mbv. een representatieve celcultuur. Een diermodel ondergaat geisoleerde longperfusie met melphalan (geinduceerde tumoren), vooraleer humane tumoren bestudeerd worden. Einddoel is de selectie van kandidaat biomerkers ((fosfo-)protein, melphalan-proteinadduct,...) met prognostische waarde voor de behandeling van longmetastasen door ILuP met melphalan.Onderzoeker(s)
- Promotor: Lemière Filip
- Co-promotor: Van Schil Paul
Onderzoeksgroep(en)
Project type(s)
- Onderzoeksproject
Intelligente analyse en data-mining van massa-spectrometrische proteoom-gegevens.
Abstract
Massa spectrometrie (MS) is een krachtige analytische techniek om de structuur van moleculen, zoals eiwitten, op te helderen. Tot op heden blijft een aanzienlijke fractie van de gegevens die daaruit voortkomen oninterpreteerbaar. In dit project worden state-of-the-art data mining technieken toegepast op een zeer grote MS dataset, met de bedoeling nieuwe patronen terug te vinden die kunnen wijzen op onbekende structuurmodificaties.Onderzoeker(s)
- Promotor: Goethals Bart
- Co-promotor: Laukens Kris
- Co-promotor: Lemière Filip
Onderzoeksgroep(en)
Project type(s)
- Onderzoeksproject
Hoog performante LC-tandem massaspectrometrie als noodzakelijke apparatuur rond structuuropheldering van chemische- en biomoleculen en kwantitatieve bepalingen van geneesmiddelen, metabolieten en biomoleculen in biologische matrices.
Abstract
Dit project kadert in een onderzoeksopdracht toegekend door de Universiteit Antwerpen. De promotor levert de Universiteit Antwerpen de onderzoeksresultaten genoemd in de titel van het project onder de voorwaarden zoals vastgelegd door de universiteit.Onderzoeker(s)
- Promotor: Guisez Yves
- Co-promotor: Lambeir Anne-Marie
- Co-promotor: Lemière Filip
- Co-promotor: Maes Bert
- Co-promotor: Maes Louis
- Co-promotor: Moens Luc
- Co-promotor: Van Ostade Xaveer
Onderzoeksgroep(en)
Project type(s)
- Onderzoeksproject
Perfluoralkyl chemicaliën in de voedselketen: een beleidsondersteunende risico-analyse (PERFOOD).
Abstract
Dit project levert een kwantitatief model aan dat de risico's van blootstelling aan de persistente stoffen voor de volksgezondheid karakteriseert. De bijdrage van de belangrijkste eetwaren en voedselketens wordt in kaart gebracht. Op basis van deze informatie kunnen normen worden afgeleid, zonodig maatregelen worden genomen om blootstellingsroutes in te dijken en eventueel bijkomende beleidsmaatregelen te treffen (bvb. naar analogie met het consumptieverbod van in het wild gevangen paling).Onderzoeker(s)
- Promotor: Bervoets Lieven
- Promotor: De Coen Wim
- Co-promotor: Bols Peter
- Co-promotor: Lemière Filip
- Co-promotor: Maes Bert
- Co-promotor: Robbens Johan
Onderzoeksgroep(en)
Project type(s)
- Onderzoeksproject
Ontwikkeling en optimalisatie van de analyse van perfluoralkyl verbindingen in geselecteerde voedingsmatrices.
Abstract
Onderzoeker(s)
- Promotor: Lemière Filip
- Mandaathouder: Smits Koen
Onderzoeksgroep(en)
Project type(s)
- Onderzoeksproject
Integratie van Arabidopsis thaliana tap data tot een celcylus gerelateerd eiwit-eiwit interactienetwerk.
Abstract
Onderzoeker(s)
- Promotor: Lemière Filip
- Mandaathouder: Henderickx Kim
Onderzoeksgroep(en)
Project type(s)
- Onderzoeksproject
Ontwikkeling van nieuwe analysemethoden voor de detectie van urinaire nucleosiden en nucleoside mono-, di-, en trifosfaten met behulp van geminiaturiseerde HPLC ES-Tandem MS.
Abstract
Het basisconcept is voor beide deelprojecten gelijkaardig: er zal getracht worden om geminiaturiseerde multi-dimensionale chromatografieën te koppelen met Electrospray-massaspectrometrie. In een eerste chromatografische dimensie worden de gezochte componenten (Nucleosiden/nucleotiden) op basis van een gemeenschappelijk kenmerk gescheiden van de bulk (Staalopzuivering en preconcentratie). In de tweede dimensie worden dan de gezochte componenten onderling gescheiden en dan finaal aan de massaspectrometer aangeboden om geïdentificeerd en/of gekwantificeerd te worden. Dit on line brengen van de staalvoorbereiding en preconcentratie moet dan ook resulteren in een belangrijke afname van de totale analysetijden, wat in de huidige High Throughput-cultuur niet onbelangrijk is. Daarenboven laat de miniaturisatie van de chromatografie in combinatie met ESMS toe om zeer gevoelige systemen te ontwikkelen.Onderzoeker(s)
- Promotor: Lemière Filip
- Co-promotor: Esmans Edgard
- Mandaathouder: Tuytten Robin
Onderzoeksgroep(en)
Project type(s)
- Onderzoeksproject
Ontwikkeling en implementatie van de koppeling van microfluidic devices en massaspectrometrie.
Matching fund bij FWO-Krediet aan navorsers 'Ontwikkeling en implementatie van de koppeling van microfluidic devices en massa spectrometrie'
Urinaire nucleosiden als tumorindicatoren: De ontwikkeling van geminiaturiseerde multidimensionele HPLC-ESMS methoden.
Abstract
Onderzoeker(s)
- Promotor: Esmans Edgard
- Co-promotor: Lemière Filip
Onderzoeksgroep(en)
Project type(s)
- Onderzoeksproject
Ontwikkeling en implementatie van de koppeling tussen chip-based scheidingen en massaspectrometrie.
Stabiele isotoop gemerkte moleculen voor de tandem massaspectrometrische studie van DNA-adducten en andere organische verbindingen
"(S)-Bioallethrine: micro LC-MS studie van de DNA-adducten"
Abstract
Onderzoeker(s)
- Promotor: Esmans Edgard
- Co-promotor: Lemière Filip
- Mandaathouder: Geens Robin
Onderzoeksgroep(en)
Project type(s)
- Onderzoeksproject
Ontwikkeling van nieuwe analysemethoden voor de detectie van urinaire nucleosiden en nucleoside mono-, di-, en trifosfaten met behulp van geminiaturiseerde HPLC ES-Tandem MS.
Abstract
Onderzoeker(s)
- Promotor: Lemière Filip
- Co-promotor: Esmans Edgard
- Mandaathouder: Tuytten Robin
Onderzoeksgroep(en)
Project type(s)
- Onderzoeksproject