Onderzoeksgroep

Centrum voor Proteomics (CfP). 01/01/2022 - 31/12/2026

Abstract

Het Centrum voor Proteomics werd ongeveer tien jaar geleden opgericht als een ultramodern massaspectrometrieplatform van UAntwerpen/VITO als voortzetting van de voormalige UAntwerpen CeProMa kernfaciliteit. Sinds 2017 lag de belangrijkste focus van het UAntwerpen/VITO-team op het gebruik van proteomics benaderingen om biomerkers te identificeren voor vroege diagnose van ziekte. In de loop van de jaren hebben we een multidisciplinair team van laboranten, massaspectrometrie-experts, biologen, biochemici, (bio)medische experts, wiskundigen en (bio)-informatici opgebouwd om goede experimentele studies op te zetten, kwaliteitscontroletools te ontwikkelen, aanvullende software voor data analyse ontwikkelen, … Bovendien geven de nauwe interacties die we nu hebben met klinische en academische partners (met complementaire expertise en biobanken) ons toegang tot hoogwaardige klinische monsters en medische expertise. Vandaag hebben we de expertise, het netwerk en de infrastructuur die ons zullen helpen de kloof tussen ontdekking, vertaling en klinische toepassingen te overbruggen. Massaspectrometrie gebaseerde proteomics van biovloeistoffen en weefsels is complementair aan andere technieken die momenteel beschikbaar zijn aan de UAntwerpen. MS heeft het voordeel dat het modificaties kan detecteren en verschillende proteovormen kan onderscheiden. Dit is niet mogelijk met op PCR gebaseerde technieken en zelfs nieuwe en veelbelovende technieken zoals single molecule protein sequencing hebben beperkingen in vergelijking met op MS gebaseerde technieken. Daarom maken we een combinatie van deze technieken met als doel om een zo volledig en nauwkeurig mogelijk proteoomprofiel te creëren voor (bio)medische toepassingen. Naast proteomics zijn we ook gespecialiseerd in peptidomics, waarbij we ons bezighouden met de analyse van natuurlijk voorkomende kleine peptiden die een belangrijke regulerende rol spelen in alle meercellige organismen en die vooral relevant zijn voor het bestuderen van cellulaire interacties van het immuunsysteem. Dit type analyse vereist gespecialiseerde technologische vaardigheden, vooral op het gebied van monstervoorbereiding, analytische technieken en data analyse. Sommige teamleden zijn wereldwijd pioniers op dit gebied. Dit is de reden waarom verschillende bedrijven (J&J, MyNeo, …) samenwerken met het CfP voor precies dit soort deskundige wetenschappelijke ondersteuning. Dankzij investeringen van VITO en UAntwerpen (Hercules) zijn we uitgerust met ultramoderne massaspectrometers en gekoppelde apparatuur die wedijveren met de beste proteomics centra in Europa. Onze Tims-Tof massaspectrometer en Rapiflex maldi imager zijn uniek in Vlaanderen. Met dit proteomics en peptidomics platform richten we ons op toepassingsgedreven onderzoek waardoor het mogelijk is om nauwer samen te werken met de markt dan typische academische onderzoeksgroepen. Dit is een duidelijke meerwaarde voor zowel onze universiteit, VITO als de industriële partners.

Onderzoeker(s)

Onderzoeksgroep(en)

Project website

Project type(s)

  • Onderzoeksproject

Uitgebreide vloeistofchromatografie gekoppeld met ion mobility-quadrupool-time-of-flight massaspectrometrie voor innovatieve metabolomics. 01/05/2018 - 30/04/2021

Abstract

De aangevraagde infrastructuur (performante vloeistofchromatografie-ion mobiliteit-quadrupoolvluchttijd-massaspectrometer LCxLC-IM-QTOFMS) combineert drie state-of-the art technieken in één innovatief platform. Hiermee wensen wij het metabolomics onderzoek aan de UAntwerpen tot een uitmuntend niveau te brengen. Het toestel is in staat een 5-dimensionele scheiding uit te voeren en zou het eerste op Belgische bodem zijn. Het instrument is voorbestemd voor metabolomics onderzoek, de studie van endogene metabolieten in cellen, weefsels en organismen. De beoogde infrastructuur kan de complexe en uitgebreide chemische mengsels (van polaire aminozuren tot apolaire lipiden en hormonen) op een efficiënte wijze scheiden, detecteren én identificeren tot op nanomolaire concentraties. Tot op heden zijn metabolomics inspanningen aan de UA versnipperd en er ontbreekt een 'toegewijd' toestel. Metabolomics onderzoek omvat geneesmiddelenonderzoek (werkingsmechanisme en farmacokinetiek), biomerker- en toxiciteitsstudies alsook data-analyse en systeembiologie studies. Een investering in een uniek, hyperanalytisch platform biedt de mogelijkheid om negen onderzoeksgroepen van vijf departementen en twee faculteiten te laten samenwerken in één kernfaciliteit om zo het metabolomics onderzoek aan de UA te stroomlijnen en deze groeipool om te zetten in een speerpunt. Deze aanpak is revolutionair en zal de UA op de kaart zetten bij de (metabol)omics-onderzoeksgroepen van de BeNeLux en wereldwijd.

Onderzoeker(s)

Onderzoeksgroep(en)

Project type(s)

  • Onderzoeksproject

1H-NMR en LCMS-metabolomics studie van humaan plasma en perifeer bloed mononucleaire cellen (PBMC) voor vroege detectie van colorectale kanker. 01/10/2016 - 30/09/2019

Abstract

De functionele niveau's van een biologisch systeem omvatten het genoom, transcriptoom, proteoom en metaboloom, en dit laatste is meest typisch voor het fenotype. Tumoren ontwikkelen een tumor-specifiek metabolisme waardoor ze sterk proliferatief worden, onafhankelijk van het weefseltype, waarvan ze een aantal kenmerken behouden. Onderzoek van het kanker metaboloom wordt beschouwd als een veelbelovende manier om fenotypische veranderingen op te sporen en om zo specifieke biomerkers te identificeren. 1H-NMR spectroscopie en LC-MS zijn de twee voornaamste spectroscopische technieken gebruikt bij metabole analyse. Dit project focust op colorectale kanker, en het opsporen van biomerkers in plasma en peripheer bloed mononucleaire cellen (PBMC).

Onderzoeker(s)

Onderzoeksgroep(en)

    Project type(s)

    • Onderzoeksproject

    MALDI massaspectrometrie Imaging (MALDI-MSI): Het overbruggen van proteomics en beeldvorming. 01/05/2016 - 30/04/2020

    Abstract

    In dit project wordt een `matrix assisted laser desorption ionization time-of-flight' (MALDI-TOF) massaspectrometer aangevraagd, die uitgerust is voor massaspectrometrie gebaseerde beeldvorming. Deze techniek is speciaal ontwikkeld voor de identificatie van biomoleculen waarbij de cytologische en histologische patronen bewaard blijven. Deze nieuwe techniek, afgekort MALDI-MSI, begeeft zich op het zeer interessante en productieve raakvlak tussen massaspectrometrie en beeldvormingstechnieken. Daardoor vormt dit project de brug tussen 3 CORE faciliteiten van Universiteit Antwerpen: Center for Proteomics, Bio-Imaging lab en de Biomedical Microscopic Imaging Core. Verschillende onderzoeksgroepen, die bij elkaar gebracht zijn door een gemeenschappelijke interesse in onderzoek naar de moleculaire schade die wordt veroorzaakt door afwijkende verouderingsprocessen, zullen door het gebruik van MALDI-MSI een ganse reeks van moleculen kunnen identificeren rechstreeks op de weefselcoupes en dit gaande van kleine molecules (peptiden en metabolieten) tot grotere eiwitten. Dit is onmogelijk met andere gebruikte proteomics, metabolomics technieken en zelf meer geavanceerde beeldvormingstechnieken.

    Onderzoeker(s)

    Onderzoeksgroep(en)

      Project type(s)

      • Onderzoeksproject

      Analyse van proteïne- en nucleïnzuurcomplexen met behulp van niet-denaturerende ionenmobiliteits massaspectrometrie. 01/10/2013 - 30/09/2016

      Abstract

      De vele functies van nucleïnezuren (DNA, RNA) hangen af van hun precieze 3D structuur en hoe ze interageren met proteïnen. Als we de moleculaire basis van ziekten of infecties willen begrijpen, dan moeten we de interacties die optreden tijdens de celcyclus en proteïnesynthese begrijpen. De proteïnen die interageren met nucleïnezuren zijn typisch nauw betrokken in de structuur en activiteit van het genoom. In dit doctoraatswerk zullen we werken op proteïne complexen die interageren met nucleïnezuren en die betrokken zijn bij de structurele en ruimtelijke organisatie van DNA en gen regulatie. Dit omvat de analyse van de structuur en samenstelling van cruciale cellulaire complexen en hun werkingsmechanismen, met behulp van natieve/niet-denaturerende massaspectrometrie (MS) en ionenmobiliteit spectroscopie (IM). Deze technieken laten toe informatie te verzamelen over massa en lading, maar ook over grootte en vorm van de bestudeerde moleculaire complexen. We zullen actief zijn in verschillende internationale samenwerkingsverbanden (Oxford, Bristol) die zich toeleggen op de studie van proteïnen die instaan voor het structureel onderhoud van chromosomen (SMC proteins) en de daar bij horende bindingspartners die het DNA organiseren tijdens de cel cyclus. Mijn project houdt ook in dat we nieuwe methoden ontwikkelen om op natieve/niet-denaturerende manier MS analyses te doen van proteïnen en proteïne/nucleïnezuur complexen, en het gebruik van modeleringstechnieken om de verkregen data te interpreteren en voorstellen te doen voor de globale structuur van de moleculaire complexen. Op deze manier hopen we informatie over de genoom-huishouding op moleculair niveau te kunnen verbinden met mechanismen van overerving en fysiologische adaptatie.

      Onderzoeker(s)

      Onderzoeksgroep(en)

        Project type(s)

        • Onderzoeksproject

        Post-fermentatieve productie van een 2de generatie mannosylerythritollipiden biosurfactants voor specialty toepassingen. 01/09/2012 - 31/08/2016

        Abstract

        Dit project kadert in een onderzoeksopdracht tussen enerzijds UA en anderzijds IWT. UA levert aan IWT de onderzoeksresultaten genoemd in de titel van het project onder de voorwaarden zoals vastgelegd in voorliggend contract.

        Onderzoeker(s)

        Onderzoeksgroep(en)

          Project type(s)

          • Onderzoeksproject

          Afscheiding, herwinning en hergebruik van organotinderivaten. 05/01/2012 - 04/01/2013

          Abstract

          Organotinverbindingen vormen een zeer belangrijke klasse reagentia in de organische synthesechemie. Door de toxiciteit van de huidig gebruikte tin reagentia, de moeilijke zuivering van de reactieproducten en de problemen om het gevormde tinafval op eenvoudige manier te herwinnen en hergebruiken zijn de industriële toepassingen voorlopig beperkt gebleven. Dit project beschrijft een eenvoudige doch duurzame oplossing voor de drievoudige problematiek.

          Onderzoeker(s)

          Onderzoeksgroep(en)

          Project type(s)

          • Onderzoeksproject

          Onderzoek naar specifieke anti-microbiële activiteit van mannosylerythritol lipide biosurfactanten, na zuivering en karakterisatie (BACTIMEL). 01/01/2012 - 31/12/2013

          Abstract

          Complexe mengsels van fermentatief-geproduceerde mannosylerythritol lipiden (MEL) biosurfactanten zullen opgezuiverd en gekarakteriseerd worden met behulp van vloeistofchromatografie en massaspectrometrie. De componenten zullen daarna worden gescreend naar hun activiteit tegen bacteriën en fungi.

          Onderzoeker(s)

          Onderzoeksgroep(en)

            Project type(s)

            • Onderzoeksproject

            Hoge-resolutie ionmobiliteitsmassaspectrometer: een krachtig instrument voor fragiele structuren. 22/07/2010 - 21/07/2015

            Abstract

            Dit project kadert in een onderzoeksopdracht tussen enerzijds UA en anderzijds Hercules Stichting. UA levert aan Hercules Stichting de onderzoeksresultaten genoemd in de titel van het project onder de voorwaarden zoals vastgelegd in voorliggend contract.

            Onderzoeker(s)

            Onderzoeksgroep(en)

              Project type(s)

              • Onderzoeksproject

              Analytische karakterisatie van mannosylerythritol lipide biosurfactanten, fermentatief geproduceerd uit reststromen van de agro-food industrie. 01/01/2010 - 31/12/2011

              Abstract

              Een fermentatieproces gebaseerd op ruwe substraten vanuit reststromen van de agro-food industrie voor de biosynthese van mannosylerythritol lipiden biosurfactanten (KdG-BIOMEL project) levert een zeer complex mengsel van biomoleculen met veelbelovende eigenschappen voor voeding-, farmaceutische, cosmetische en schoonmaakapplicaties. In dit project wordt nagestreefd om gedetailleerde protocols aan te leveren van een gestandaardiseerde procedure voor de isolatie, de zuivering, de kwantificering en de identificatie van de huidige en nieuwe MEL's vanuit organische fermentatiecocktails.

              Onderzoeker(s)

              Onderzoeksgroep(en)

                Project type(s)

                • Onderzoeksproject

                Invloed van geïsoleerde longperfusie met melphalan op het (fosfo)-proteoom. 01/07/2009 - 31/12/2013

                Abstract

                Dit project bestudeert regulatie, fosforylatie en adductvorming van proteinen in tumoren oiv. Melphalan. LC-MS methodes worden op punt gesteld mbv. een representatieve celcultuur. Een diermodel ondergaat geisoleerde longperfusie met melphalan (geinduceerde tumoren), vooraleer humane tumoren bestudeerd worden. Einddoel is de selectie van kandidaat biomerkers ((fosfo-)protein, melphalan-proteinadduct,...) met prognostische waarde voor de behandeling van longmetastasen door ILuP met melphalan.

                Onderzoeker(s)

                Onderzoeksgroep(en)

                  Project type(s)

                  • Onderzoeksproject

                  Intelligente analyse en data-mining van massa-spectrometrische proteoom-gegevens. 01/07/2009 - 30/06/2013

                  Abstract

                  Massa spectrometrie (MS) is een krachtige analytische techniek om de structuur van moleculen, zoals eiwitten, op te helderen. Tot op heden blijft een aanzienlijke fractie van de gegevens die daaruit voortkomen oninterpreteerbaar. In dit project worden state-of-the-art data mining technieken toegepast op een zeer grote MS dataset, met de bedoeling nieuwe patronen terug te vinden die kunnen wijzen op onbekende structuurmodificaties.

                  Onderzoeker(s)

                  Onderzoeksgroep(en)

                  Project type(s)

                  • Onderzoeksproject

                  Hoog performante LC-tandem massaspectrometrie als noodzakelijke apparatuur rond structuuropheldering van chemische- en biomoleculen en kwantitatieve bepalingen van geneesmiddelen, metabolieten en biomoleculen in biologische matrices. 19/12/2008 - 18/12/2013

                  Abstract

                  Dit project kadert in een onderzoeksopdracht toegekend door de Universiteit Antwerpen. De promotor levert de Universiteit Antwerpen de onderzoeksresultaten genoemd in de titel van het project onder de voorwaarden zoals vastgelegd door de universiteit.

                  Onderzoeker(s)

                  Onderzoeksgroep(en)

                  Project type(s)

                  • Onderzoeksproject

                  Perfluoralkyl chemicaliën in de voedselketen: een beleidsondersteunende risico-analyse (PERFOOD). 01/07/2007 - 30/04/2012

                  Abstract

                  Dit project levert een kwantitatief model aan dat de risico's van blootstelling aan de persistente stoffen voor de volksgezondheid karakteriseert. De bijdrage van de belangrijkste eetwaren en voedselketens wordt in kaart gebracht. Op basis van deze informatie kunnen normen worden afgeleid, zonodig maatregelen worden genomen om blootstellingsroutes in te dijken en eventueel bijkomende beleidsmaatregelen te treffen (bvb. naar analogie met het consumptieverbod van in het wild gevangen paling).

                  Onderzoeker(s)

                  Onderzoeksgroep(en)

                    Project type(s)

                    • Onderzoeksproject

                    Ontwikkeling en optimalisatie van de analyse van perfluoralkyl verbindingen in geselecteerde voedingsmatrices. 01/01/2007 - 31/12/2007

                    Abstract

                    Onderzoeker(s)

                    Onderzoeksgroep(en)

                      Project type(s)

                      • Onderzoeksproject

                      Integratie van Arabidopsis thaliana tap data tot een celcylus gerelateerd eiwit-eiwit interactienetwerk. 01/10/2006 - 30/09/2008

                      Abstract

                      Onderzoeker(s)

                      Onderzoeksgroep(en)

                        Project type(s)

                        • Onderzoeksproject

                        Ondersteuning instandhouding wetenschappelijke apparatuur (BAMS). 01/01/2005 - 31/12/2022

                        Abstract

                        Onderzoeker(s)

                        Onderzoeksgroep(en)

                          Project type(s)

                          • Onderzoeksproject

                          Ontwikkeling van nieuwe analysemethoden voor de detectie van urinaire nucleosiden en nucleoside mono-, di-, en trifosfaten met behulp van geminiaturiseerde HPLC ES-Tandem MS. 01/01/2004 - 31/12/2005

                          Abstract

                          Het basisconcept is voor beide deelprojecten gelijkaardig: er zal getracht worden om geminiaturiseerde multi-dimensionale chromatografieën te koppelen met Electrospray-massaspectrometrie. In een eerste chromatografische dimensie worden de gezochte componenten (Nucleosiden/nucleotiden) op basis van een gemeenschappelijk kenmerk gescheiden van de bulk (Staalopzuivering en preconcentratie). In de tweede dimensie worden dan de gezochte componenten onderling gescheiden en dan finaal aan de massaspectrometer aangeboden om geïdentificeerd en/of gekwantificeerd te worden. Dit on line brengen van de staalvoorbereiding en preconcentratie moet dan ook resulteren in een belangrijke afname van de totale analysetijden, wat in de huidige High Throughput-cultuur niet onbelangrijk is. Daarenboven laat de miniaturisatie van de chromatografie in combinatie met ESMS toe om zeer gevoelige systemen te ontwikkelen.

                          Onderzoeker(s)

                          Onderzoeksgroep(en)

                            Project type(s)

                            • Onderzoeksproject

                            Ontwikkeling en implementatie van de koppeling van microfluidic devices en massaspectrometrie. 01/10/2003 - 31/12/2005

                            Abstract

                            Onderzoeker(s)

                            Onderzoeksgroep(en)

                              Project type(s)

                              • Onderzoeksproject

                              Matching fund bij FWO-Krediet aan navorsers 'Ontwikkeling en implementatie van de koppeling van microfluidic devices en massa spectrometrie' 01/10/2003 - 31/12/2003

                              Abstract

                              Onderzoeker(s)

                              Onderzoeksgroep(en)

                                Project type(s)

                                • Onderzoeksproject

                                Urinaire nucleosiden als tumorindicatoren: De ontwikkeling van geminiaturiseerde multidimensionele HPLC-ESMS methoden. 01/10/2002 - 30/09/2003

                                Abstract

                                Onderzoeker(s)

                                Onderzoeksgroep(en)

                                  Project type(s)

                                  • Onderzoeksproject

                                  Ontwikkeling en implementatie van de koppeling tussen chip-based scheidingen en massaspectrometrie. 01/04/2002 - 30/09/2004

                                  Abstract

                                  Onderzoeker(s)

                                  Onderzoeksgroep(en)

                                    Project type(s)

                                    • Onderzoeksproject

                                    Stabiele isotoop gemerkte moleculen voor de tandem massaspectrometrische studie van DNA-adducten en andere organische verbindingen 01/01/2002 - 31/12/2003

                                    Abstract

                                    Onderzoeker(s)

                                    Onderzoeksgroep(en)

                                      Project type(s)

                                      • Onderzoeksproject

                                      Ontwikkeling van nieuwe analysemethoden voor de detectie van urinaire nucleosiden en nucleoside mono-, di-, en trifosfaten met behulp van geminiaturiseerde HPLC ES-Tandem MS. 01/01/2002 - 31/12/2003

                                      Abstract

                                      Onderzoeker(s)

                                      Onderzoeksgroep(en)

                                        Project type(s)

                                        • Onderzoeksproject

                                        "(S)-Bioallethrine: micro LC-MS studie van de DNA-adducten" 01/01/2002 - 31/12/2003

                                        Abstract

                                        Onderzoeker(s)

                                        Onderzoeksgroep(en)

                                          Project type(s)

                                          • Onderzoeksproject

                                          Koppeling van nano HPLC met nano Electrospray voor de ontwikkeling van nieuwe analytische technieken voor de analyse van DNA-adducten en proteïnen 01/10/1999 - 31/12/2000

                                          Abstract

                                          Onderzoeker(s)

                                          Onderzoeksgroep(en)

                                            Project type(s)

                                            • Onderzoeksproject