Het speerpunt vakdidactiek focust op het onderwijs- en leerproces op microniveau. Binnen dit speerpunt wordt algemeen didactisch onderzoek uitgevoerd (bv. didactische werkvormen, lerarenteams, klasmanagement). Daarnaast gaat veel aandacht naar vakdidactisch onderzoek, meer in het bijzonder naar onderwijsvakken die ook in de Academische Lerarenopleiding (ALO) worden aangeboden (zie Onderwijs). Binnen het vakdidactisch onderzoek bestaan er drie onderzoekslijnen, die overeenstemmen met drie algemene wetenschapsdomeinen (en hun respectievelijke vakdidactiek), namelijk onderzoek naar (1) taalonderwijs, (2) wetenschapsonderwijs, (3) onderwijs humane wetenschappen.